Но несмотря на заступничество обер-прокурора, ситуация в Харьковской епархии оставалась напряженной. Местный комитет сообщал обер-прокурору, что жалобы Антония «от начала и до конца не соответствуют действительности». По их словам, комитет с первых дней революции стал получать сведения «о недопустимой агитации части духовенства против нового строя. Во главе этой агитации стоял и продолжает стоять архиепископ Антоний». Именно поэтому комитет, считая «необходимым бороться с такого рода агитацией», и избрал «особое лицо... чтобы придать более официальный характер... лицо получило звание комиссара по духовным делам».
Интересно отметить, что, не найдя союзника в лице обер-прокурора, Харьковский исполнительный комитет направил телеграмму в Министерство внутренних дел с просьбой «срочно удовлетворить» прошение об удалении архиепископа на покой «с проживанием в другой епархии». Под данным прошением стояла подпись «за председателя комитета Рапп».
Сам Антоний 14 апреля выпустил воззвание, где отмечал, что в епархии по поводу его предстоящего ухода идет народное волнение, собираются митинги. ко мне являются различные депутации. скорбят о моем предстоящем удалении». Антоний писал, что он уходит «совершенно добровольно».
И хотя большинство местного духовенства поддерживало архиепископа, губернский Комитет предъявил Антонию ультиматум: в трехдневный срок покинуть город. Секретарь консистории доносил в Синод, что преосвященный «впредь до разрешения его прошения об увольнении 20 апреля отбыл для жительства в Святогорскую Успенскую пустынь». Наконец, 1 мая Антоний был официально уволен с назначением местопребывания в Валаамском Спасо-Преображенском монастыре.
С 13 по 19 мая в Харькове прошел Чрезвычайный съезд духовенства и мирян. Были выработаны правила избрания епископа, однако они удовлетворили далеко не всех. Собранная после съезда предсоборная комиссия признала их неприемлемыми. Так же считал и временно управляющий епархией епископ Феодор (Лебедев). Правила предусматривали «чрезмерное» число выборщиков — 3—4 тысячи, а такое количество, по мнению епископа, просто невозможно будет где-либо разместить. Предсоборная комиссия выработала новые правила, которые и были утверждены Феодором. Тут опять последовало вмешательство Харьковского губернского общественного комитета, который «затребовал правила о выборах святейшего». Эти правила были им признаны неприемлемыми.
Далее ситуация начала принимать непредвиденный оборот. Вместо правил Предсо борной комиссии комитет выработал свои и в ультимативной форме потребовал производить выборы именно по ним. По словам Феодора, комитет проявил «живой интерес» к выборам и желал принять в них «деятельное участие». Бюро Исполнительного комитета обратилось в Синод, указывая на «опасные обстоятельства» и возможные эксцессы, если правила выборов не будут изменены. Особенно не понравилось Комитету, что большинство в избирательном собрании остается за духовенством.
Однако голосование, состоявшееся 11 августа, прошло по правилам, разработанным предсоборной комиссией. Оно дало следующие результаты: архиепископ Антоний — 412 голосов, архиепископ Платон - 16, епископ Феодор Старобельский - 10, Серафим Тверской — 7, архиепископ Парфений Тульский — 7, епископ Митрофан — 3, епископ Андрей Уфимский — 2, епископ Василий Коневский — 1.
Это был именно тот результат, которого опасался губернский Комитет. К власти в епархии вернулся архиепископ Антоний — крупный церковный деятель, известный своими монархическими взглядами. Комитет пытался, правда, безрезультатно, опротестовать выборы. Можно предположить, что необычная активность светских властей в ходе подготовки выборов и объяснялась тем, что власти знали о симпатиях местного духовенства и мирян.
Обращает на себя внимания также позиция управляющего епархией епископа Феодора, не допустившего вмешательства светских властей в церковные дела. Синод своим определением от 16 августа постановил «избранному свободным голосованием клира и мирян архиепископу Антонию бывшему Харьковскому, пребывающему ныне на покое в Валаамском монастыре, быть архиепископом Харьковским».