Возвращаясь к утверждению архимандрита Матфея о епархиях, изгнавших своих архиереев, трудно сказать, что он имел в виду. При такой постановке вопроса могли быть поставлены под сомнение вообще все выборы епископов в 1917 г., в первую очередь в Москве, где история удаления митрополита Макария из-за упорства последнего получила наиболее скандальный характер.
Двадцать первого марта на заседании Собора при «закрытых дверях» обсуждался вопрос о «большевизме в церкви». Была создана специальная комиссия. Но среди архиереев не нашлось желающих добровольно в нее войти. По мнению митрополита Сергия, комиссию должны были образовать люди, «стоящие совершенно в стороне от настоящего дела и лично в нем незаинтересованные», поэтому не могут войти в ее состав члены бывшего Синода или «занимающие епархии, где произошло что-либо неблагополучное». Отказался возглавить комиссию епископ Андроник, один из немногих архиереев, благодаря своей бескомпромиссной позиции после Февральской революции имевший на это моральное право. Отказались и митрополиты Кирилл (Смирнов) и Платон (Рождественский), хотя последний в конце концов был вынужден ее возглавить.
Комиссия должна была «рассмотреть дела о большевиствующих клириках и немедленно подвергнуть виновных соответствующему наказанию». В материалах комиссии отмечалось: «...к великому горю и позору нашему, многое бы не могло быть совершено мирянами под влиянием революционного угара, если бы в Церкви среди пастырей и священнослужителей не произошло раскола, не проявилась бы пагубная измена. которая началась с первых дней революции, когда съездами духовенства во многих епархиях были избраны революционные епархиальные советы, направляемые и ободряемые бывшим обер-прокурором Львовым — к самочинным и беззаконным действиям. за год своей революционной деятельности некоторые из них повергли епархии в церковную анархию и являются теперь самыми усердными помощниками социалистов-большевиков, разрушителей основ Церкви».
В этой связи показательно отношение к епархиальным советам духовенства в провинции. Благочинный протоиерей В. Образцов считал, что Тверской «епархией управляют большевики, по большей части засевшие в епархиальном совете». Епископ Алексий (Симанский) писал в июле 1917 г. архиепископу Арсению (Стадницкому) из относительно спокойной Новгородской епархии, именуя новоизбранных членов консистории «наши дурные большевики».
Члены комиссии считали, что «Собор со всей откровенностью должен коснуться и повинных в большевизме лиц епископского сана». Выводя генеалогию «церковного большевизма» с начала Февральской революции, а также понимая, по всей видимости, насколько емким и неопределенным является этот термин (под него можно было подвести всех духовных лиц, приветствовавших «новый строй» и участвовавших в таких «революционных» акциях, как чрезвычайные съезды духовенства и мирян), комиссия отметила, что «случаи прошлого церковного большевизма, изглаженные, так сказать, покаянием, следовало бы покрыть снисходительной милостью», чтобы соборное определение «карало только тех церковных большевиков, которые будут оставаться таковыми и после ведомого им постановления Собора... хотя в тех случаях, когда прошлое уже большевиствование, например некоторых епископов, оставило глубокие и больные следы на теле Православной Церкви, виновные не должны оставаться совершенно амнистированными». Особые случаи «сомнительного большевизма» предлагалось подвергать «надлежащему расследованию». Приводились примеры «церковного большевизма»: свержение настоятелей монастырей, помощь красноармейцам и комиссарам в захвате запасов продовольствия, захват консисторий по поручению комиссаров и т.п.
На заседаниях комиссии был поднят вопрос о «церковных большевиках» — мирянах, приводились факты «большевистского одичания, до которого дошли по местам прихожане церкви, искапывая, например, трупы мертвецов и предавая их сожжению или открыто предаваясь грабежу церковного достояния.» Такие факты, по мнению участников заседаний, «следовало бы классифицировать по определенной системе». Затронули члены комиссии и национальный вопрос: «.не следовало бы замалчивать того обстоятельства, что в планомерном революционно-большевистском походе против Православной Церкви работают главным образом евреи».