Начав поход против сторонников старой веры, Никон подвергал пыткам наиболее активных представителей раскола. Им резали языки, руки и ноги, сжигали на кострах. При Никоне инквизиторские костры запылали во многих местах. Яркую картину кровавого террора, предпринятого Никоном и его приспешниками, дает, в частности, раскольническая литература. «Никон, — писал в своем послании расколоучитель Аввакум, — епископа Павла Коломенского мучил и сжег в новгородских пределах; протопопа костромского Даниила уморил в земляной тюрьме в Астрахани; священнику Гавриилу в Нижнем приказал отрубить голову; старца Иону Казанца в Кольском остроге на пять частей рассекли; в Холмогорах сожгли Ивана Юродивого, в Боровске — священника Полиевкта и с ним 14 человек. В Нижнем сожгли народу много, в Казани 30 человек, а живущих на Волге в городах и селах и не хотевших принять антихристовой печати клали под меч тысячами. А со мной, —продолжал далее Аввакум, — сидело 60 человек и всех нас мучил и бил и проклинал и в тюрьме держал»1.
Расколоучитель Андрей Денисов в «Повести о жизни Никона» сравнивает участь раскольников с участью первых христиан в Римской империи. Перечисляя орудия пыток — бичи, клещи, тряски, плахи, мечи, срубы, он упоминает и о железных хомутах — типичном орудии инквизиции: «Хомуты, притягивающие главу, руки и ноги в едино место, от которого злейшего мучительства по хребту лежащие кости по суставам сокрушаются, кровь же из уст, и из ушей и ноздрей и из очей течет»2.
В другом раскольническом памятнике гонения против сторонников старой веры изображены так. «Везде бряцали цепи, везде вериги звенели, везде Никонову учению служили дыбы и хомуты. Везде в крови исповедников ежедневно омывались железо и бичи. И от такого насильственного лютого мучительства были залиты кровью все города, утопали в слезах села и города, покрывались плачем и стоном пустыни и дебри, и те, которые не могли вынести таких мук при нашествии мучителей с оружием и пушками, сжигались сами»3.
Повсеместное недовольство инквизиторской жестокостью Никона вынудило правительство (после низложения Никона в 1666 г.) расследовать деятельность этого опального патриарха. Царским указом предписывалось выяснить, кому Никон чинил наказание — «велел бить кнутом, и руки и ноги ломал, или пытал и казнями градскими казнил». Но «пытанных и казненных» было так много, что установить число пострадавших оказалось невозможно4.
Тем не менее кровавый террор над раскольниками как врагами церкви и феодально-крепостнического государства продолжался и был освящен церковным собором 1666/67 г., на который собрались виднейшие представители церкви. Собор во главе с патриархом, сменившим низложенного Никона, оправдал инквизиционные действия против раскольников и подвел под них теоретическое обоснование; противников церкви, ссылаясь на решения первых вселенских соборов, осудили на различные «томления», т.е. казни.
В соответствии с решениями этих соборов еретиков избивали воловьими жилами, им резали языки, руки, ноги, возили с позором по городу, а затем бросали в тюрьмы, где содержали до самой смерти. Ссылаясь на эти примеры, церковный собор требовал подвергнуть тяжким наказаниям и раскольников. Считая сторонников старой веры «хищными волками, на стадо Христово нападающими», и предавая их церковному проклятию, собор призывал светскую власть защищать интересы государства «крепкой десницей» и казнить раскольников смертью. «Православная церковь решила огнем да кнутом, да виселицей веру утвердить... Которые апостолы научили так? Не знаю», — писал Аввакум5.
Требования церковных иерархов были удовлетворены. Выработанная еще при Иосифе Волоцком теория инквизиции при помощи светского меча на церковном соборе 1667 г. получила дальнейшее развитие. Собором было принято решение о суровом наказании противников официальной церкви не только церковным, но и гражданским судом. Это решение беспощадно применялось и при подавлении крестьянского восстания 1667-1671 гг. под предводительством Степана Разина. Крестьянская война показала, что в выступлениях против официальной церкви часто скрывался социальный протест крестьянских масс против эксплуатации и феодального гнета. Церковные иерархи добивались, чтобы светская власть безоговорочно принимала к суду и розыску раскольников, которых ей посылали представители церкви. Они добились издания в 1672 г. указа об усилении репрессий по отношению к противникам официальной церкви.