Для борьбы с расколом в 1681 г. вновь созвали церковный собор во главе с патриархом Иоакимом. Этот собор решил казнить огнем первых расколоучителей и применить самые жестокие меры к их последователям. Постановления собора стали послушно выполняться, и 1 апреля 1681 г. на площади в Пустозерске сожгли в срубе раскольнических учителей протопопа Аввакума, Лазаря, Епифания и Никифорова, томившихся в местной тюрьме. По настоянию патриарха Иоакима в 1684 г. сожгли видного расколоучителя Федора Михайлова.
Один из выдающихся раскольнических учителей Никита Пустосвят, как отмечает постановление церковного собора, был «главосечен и в блато ввержен, и псам брошен на съядение»6.
Царской грамотой 1682 г. «О повсеместном сыске и предании суду раскольников» епископы получили новые полномочия в борьбе с расколом7. В церковных застенках раскольников пытали, затем духовные власти выносили решения о суде над ними, и эти решения беспрекословно исполнялись светской властью.
Несмотря на церковные проклятия и огненные казни, число раскольников не только не уменьшалось, но быстро росло. На сторону раскольников переходили крестьяне и посадские люди, видя в новой идеологии одно из средств борьбы с социальным гнетом. В 1676 г. раскольников насчитывалось уже свыше ста тысяч. Только в Нижегородском крае при населении в 302 тысячи человек было 86 тысяч раскольников8. Из раскольнической литературы видно, что в расколе под религиозной оболочкой скрывался идеологический протест против феодально - крепостнической эксплуатации. Так, в одном раскольническом произведении говорится, что «закон градской вконец истреблен», вместо законов воцарилось беззаконие, что «лихоимцы» завладели всеми городами и что на местах господствуют «злые приставники»9.
О страшном терроре против раскола свидетельствует расправа с тремя псковскими раскольниками — Иваном Меркурьевым, Мартином Кузьминым и монастырским «бобылкой», т.е. крестьянином. Этих раскольников судил в 1683 г. псковский митрополичий приказ по распоряжению митрополита Маркелла. Их обвинили в «непристойных словах» против церкви, в «богохульном расколе» и распространении «писем», содержавших критику официальной церкви. Всех обвиняемых бросили в тюрьму Печерского монастыря, где жестоко пытали. Как сообщалось в «распросных речах», они были «на пытке распрашиваны и пытаны крепко и огнем и клещами жжены многажды и были им многие встряски»10.
Вырвав нужные признания и дав им еще по сто ударов плетьми, инквизиторы отправили свои жертвы в застенок псковского воеводы Бориса Шереметьева, где по настоянию митрополита Маркелла их вновь пытали. Затем Ивана Меркурьева как главного зачинщика сожгли на костре, а пепел развеяли, чтобы «отнюдь знаков и костей не было». Мартина Кузьмина и монастырского бобылку отправили в Печерский монастырь для содержания «под крепким началом». Отобранные у них противоцерковные «письма и тетради» были сожжены11.
В 1684 г. по доносу дьякона Ивана Григорьева в церковном суде разбиралось дело о раскольнике, Кольском стрельце Иване Самсонове. Его трехкратно пытали, а затем после наказания кнутом сожгли на костре. По настоянию патриарха Иоакима был издан царский указ, которым предписывалось усилить борьбу с «церковными противниками». Людей, обвиненных в «церковных противностях», предлагалось пытать и сжигать на костре, а менее виновных — после наказания кнутом содержать «с великим бережением» в монастырских тюрьмах, давая только хлеб и воду12. Церковных противников сжигали не только на кострах, но и в раскаленных железных котлах. Так в 1669 г. были сожжены в железном котле раскольники Петр и Евдоким.
Не стерпя жестоких пыток, некоторые крестьяне - раскольники переходили в православие, но это не избавляло их от тяжких наказаний. Так, в 1684 г. в новгородском духовном приказе производилось следствие о «воре - иконнике» Михайлове. Хотя под пытками он и отказался от исповедания раскола, его все же сожгли13. В 1671 г. повесили «умоверженного» самозванца Ивашку Клеопина за то, что он, как сказано в приговоре, «иконы и книги божественные бесчестил».
Для расправы с религиозным движением в 1685 г. был издан указ, известный под именем «12 статей о раскольниках». Этот указ санкционировал массовый террор под видом охраны «чистоты» православия. Творцом указа был фанатик и злейший враг раскольников патриарх Иоаким, считавший делом своей жизни «искоренение злого плевела еретического вконец». Указ предписывал пытать тех, кто не подчинялся официальной церкви и ее служителям, — не ходил, как требовалось, к исповеди, не посещал церковных служб, не пускал в свой дом священников для исполнения треб, кто своим враждебным отношением к церкви «чинил соблазн и мятеж». «Церковных противников» вновь предлагалось сжигать в срубе, а пепел их развеивать по ветру. Раскольников, раскаявшихся под пытками, предписывалось заключать в монастырские тюрьмы и держать пожизненно в строгом заточении. Имущество церковных мятежников — крестьянские дворы, лавки посадских людей, промысла — отбиралось, а поселения «сжигались без остатку»14.