На основании этого указа епархиальные архиереи организовали массовые облавы на раскольников, подвергая их пыткам и казням. Представителей церкви сопровождали офицеры и стрельцы. По настоянию духовных властей уничтожались деревни и села, где жили раскольники, их скиты и монастыри. В Каргополе инквизиторы сожгли Андрея Семиголова и «еще Андрея с братом»; на Чаранде сожгли кузнеца Афанасия с Озерец. Предварительно его пытали в трех застенках, ломали клещами ребра, выставили на долгое время на мороз и поливали водой15. По свидетельству иностранцев, только перед пасхой 1685 г. патриархом Иоакимом было сожжено в срубах около девяноста «церковных противников»16.
Пытки и казни усилили массовое бегство крестьян и посадских жителей. Они оставляли свои деревни и слободы, бежали на Дон, за Урал, за рубеж, где организовывали раскольничьи центры со своей хозяйственной жизнью. В эти центры устремились беглые «сходны», искавшие пристанища и работы. Для сыска беглых посылались карательные отряды во главе с представителями духовенства.
Не везде крестьяне безропотно переносили гонения. Нередко они с оружием в руках защищали свое добро, право молиться, как подсказывала им совесть. Новгородский митрополит Корнилий для сыска раскольников направил в Заонежскую область протопопа Льва Иванова со стрельцами. Этот отряд был крестьянами обстрелян. В Пудожской волости упорное сопротивление отряду стрельцов, посланному епископом Афанасием, оказали крестьяне - раскольники во главе со старцем Иосифом. Не подчинились раскольники и воинскому отряду, посланному по настоянию тобольского епископа Игнатия. Стародубского священника Якова Хончинского в 1677 г. крестьяне вытащили из алтаря и избили. Нападение на церкви и духовенство и «поругание» креста и икон носило массовый характер17.
Много раскольников было на Дону, куда бежали крестьяне, спасаясь от преследований, от феодального гнета и закабаления. Репрессии против них были организованы по настоянию патриарха Иоакима. Пойманных раскольников доставляли в патриарший приказ и подвергали пыткам. Стремясь очистить Дон от «еретиков», инквизиторы вырезали им языки «за противные ругательства церкви», вытягивали их клещами, предавали смертной казни, заключали в монастырские тюрьмы18. Верные Москве зажиточные казаки помогали царю и патриарху под видом борьбы с «церковными противниками» подавлять протест крестьян против гнета и кабалы. Агентами патриарха в 1688 г. был захвачен организатор выступления против Москвы донской атаман Самойло Лаврентьев. Его пытали в духовном приказе, а затем казнили в Москве вместе с раскольничьим попом Самойлой. В Черкасске сожгли попа - раскольника за то, что тот не молился богу за царя и вел агитацию среди раскольников против Москвы.
Борясь с расколом казнями и пытками, духовное ведомство прибегало также и к идеологическому воздействию на массы. По поручению московского патриарха Иоакима противников церкви подвергали проклятиям и анафеме. Духовные власти издавали специальную литературу, которая ставила своей целью посрамить врагов царя и церкви, вызвать к ним всеобщую ненависть и презрение. В 1667 г. был издан «Жезл правления», в 1682 г. «Цвет духовный», «Обличение неправды раскольнической», составленное тверским епископом Феофилактом Лопатинским, и др. В этой литературе раскольники назывались невеждами, еретиками, злодеями, их считали заслуживающими анафемы и казни.
Инквизиционные методы борьбы с еретиками в XVIII в. получили дальнейшее развитие. В «Статьях о святительских судах», составленных в 1700 г. при Петре I по инициативе патриарха Адриана, вновь доказывалось право церкви на беспощадное уничтожение ее врагов. Следствие о «церковных мятежниках» вели патриарший приказ и епархиальные церковные суды, упорствующих отсылали в стрелецкий и другие приказы для «градского» наказания19. Идеологами и организаторами террора по отношению к раскольникам и другим противникам церкви были церковные иерархи. Филофей Лещинский, назначенный в 1702 г. сибирским митрополитом, рекомендовал Петру I истреблять церковных раскольников, а дома их разрушать до основания. Ближайший помощник Петра, нижегородский епископ Питирим в 1706г. подробно разработал программу по борьбе с антицерковным движением. Называя «церковных мятежников» государственными преступниками, которые «благочинию государственному не радуются», «на церковь вси злобою согласны», Питирим предлагал хватать их, наказывать смертью, а деревни уничтожать.