Возникновение инквизиции как особого учреждения относится историками обычно к началу XIII в., когда преследование еретиков было возложено на монахов доминиканского ордена. Но и до этого католическая церковь огнем и мечом расправлялась с участниками народных антифеодальных движений, имевших религиозную оболочку. Католическая церковь боролась против прогрессивной общественной мысли, против развития просвещения и науки. Она сжигала отдельные книги и целые библиотеки, уничтожала замечательные памятники искусства, предавала смерти ученых. Епископ Августин, живший в IV в. н. э., разработал целую теорию для оправдания массового убийства людей, выступавших против церкви, используя для этого тексты Священного писания и «творения» отцов церкви. Августин доказывал, что сам бог требует физического уничтожения людей, восстававших против светской и церковной власти. Учение Августина было положено в основу деятельности католической инквизиции. Его взгляды хорошо усвоили и православные церковники.
Католическая церковь была одним из самых могущественных феодалов. Она сосредоточила в своих руках огромную экономическую и политическую силу. По словам Ф. Энгельса, церковные феодалы «эксплуатировали своих подданных так же беспощадно, как дворянство и князья, но вели себя еще более бесстыдно»5. Православная церковь также была крупнейшим феодалом в России. Ей принадлежало свыше миллиона крестьян, которых она угнетала с исключительной жестокостью, используя для этого хорошо налаженный аппарат принуждения.
Борьба народных масс против феодального гнета часто принимала религиозную оболочку, выступая в виде разных ересей. Восставая против феодальной эксплуатации, массы боролись и против церкви, так как церковь оправдывала и защищала этот гнет, освящала феодальный строй божественным авторитетом. По словам Ф. Энгельса, церковь занимала положение «наиболее общего синтеза и наиболее общей санкции существующего феодального строя. Ясно, что при этих условиях все выраженные в общей форме нападки на феодализм и прежде всего нападки на церковь, все социальные и политические революционные доктрины должны были по преимуществу представлять из себя одновременно и богословские ереси»6. Против антифеодальных движений, принимавших религиозную оболочку, и направлен был прежде всего «духовный меч», соединявшийся с мечом светским. Светская власть также использовала инквизицию для борьбы с еретическим движением, ибо еретики, как отметил Ф. Энгельс, «были столь же опасными врагами монархии в государстве, как и папства, и церкви»7. Наказание еретиков сожжением на костре было введено в светское законодательство многих стран уже в XII-XIII ее. Для оправдания этого обычно ссылались на «божественные» законы.
Инквизиция очень скоро распространила свои органы во многих европейских странах, где церковь благодаря инквизиции превратилась в самое страшное орудие абсолютизма. Она применяла такие меры устрашения, как сыск, доносы, конфискация имущества, пытки, сожжение на костре. Расследованием дел инквизиция обычно не занималась, установленного процесса судопроизводства у нее не было. Инквизиция сама определяла сущность преступления против веры, сама выносила приговоры, а затем передавала обвиняемых светской власти для приведения приговоров в исполнение. Из всех видов наказания инквизиция предпочитала смертную казнь.
Фома Аквинский (1227-1274) обосновал необходимость смертной казни для еретиков: ересь-де большее преступление, чем даже оскорбление государя. Лицемерно заявляя о нежелательности проливать кровь осужденных, Фома Аквинский рекомендовал заживо сжигать еретиков, и такой способ расправы с ними надолго вошел в практику инквизиции. Начиная со второй половины XIII в., инквизиционные костры запылали во многих европейских странах. Зажгли их и в России. Участь еретиков здесь разделили чародеи, ведьмы и другие ослушники православной церкви.
В России еретиков судили по «градскому» закону, но это — по словам историка Н. М. Карамзина - было лишь одной «пристойностью»8. Хотя православная церковь не располагала таким инквизиционным аппаратом, какой имела католическая церковь, но в борьбе с ересями, прикрывавшими, как и на Западе, движение против феодального гнета, она применяла настоящие инквизиционные методы расправы — розыск и допрос под пытками и другие способы «познания истины». Она вела часто весь судебный процесс, добиваясь угодного ей приговора и наказания. Православная церковь посылала на костры еретиков и ослушников собственной властью, светская же власть была лишь исполнительницей ее требований и приговоров. Один из основателей православной инквизиции Иосиф Волоцкий провозгласил, что царь, не желавший бороться против ересей, не слуга божий, а дьявол.