Петр I одобрил предложенные Питиримом меры борьбы с антицерковным движением. В 1718 г. им был издан указ о строгом преследовании раскольников, об оказании правительственными органами помощи церковным инквизиторам в их «равноапостольском деле», как назвал Петр кровавую расправу духовенства с врагами церкви. За неоказание такой помощи виновные карались смертью «без всякого милосердия» как враги святой церкви. Раскольнических «заводчиков» и учителей предписывалось подвергать жестокому наказанию и, вырезав ноздри, ссылать на галеры20.
Питирим составил в 1718 г. особое руководство по борьбе с расколом, назвав его «Духовной пращицей». Этой книгой в течение многих лет пользовались представители церкви как незаменимым пособием для борьбы с еретиками и прочими врагами господствующей церкви. Под видом ответов на вопросы раскольников Питирим дал в «Духовной пращице» развернутую программу борьбы против раскола. И в «доношении» на имя Петра I и в своей «Пращице» Питирим доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «В новой благодати, — писал он, — подобает наказанию и смерти предавать непокоряющихся восточной церкви». Он ссылался при этом на евангельские тексты и «творения» Иосифа Волоцкого, причем не гнушался и подлогом. Им использовалось, например, «Соборное деяние на еретика - армянина Мартина 1157 г.» для доказательства древности трехперстного знамения. Со старого пергамента были соскоблены прежние письмена и написаны новые почерком XVIII в. Эту фальшивку показывали раскольникам, хотя подложность ее была установлена еще в 1722 г. старообрядческим начетчиком Андреем Денисовым.
Питирим не ограничился только теоретическим обоснованием необходимости физического уничтожения врагов церкви. Будучи нижегородским епископом, он организовал крестовый поход против раскольников, добиваясь насилиями и угрозами массового возвращения их в православие. В Нижегородском крае, где особенно чувствовался феодально-крепостнический гнет, отступников от официальной церкви было очень много — в 1718-1724 гг. их насчитывалось 122 тысячи. Питирим лично вел допросы раскольников с пристрастием, пытал их в архиерейской тюрьме, подвергал «градскому» наказанию с вырезыванием ноздрей. Таким образом, как хвалился Питирим, в православие было обращено свыше 68 тысяч человек. Спасаясь от гонений этого инквизитора, 12701 человек бежали, 1585 — не выдержали пыток и истязаний и умерли, 598 были сосланы и отправлены на каторгу21. По инициативе Питирима раскольничьи поселения, скиты и монастыри разорялись. Даже за рубежом раскольники не чувствовали себя в безопасности от свирепого инквизитора. В 1715 г. по его настоянию был разорен раскольнический центр Ветка, куда бежали из России раскольники, беглые «сходцы», спасаясь от преследований и в поисках работы. Так меч духовный, соединившись с мечом светским, беспощадно расправлялся с противниками официальной церкви. Этого жестокого инквизитора благодарная церковь незадолго до империалистической войны объявила «святым» и с большим торжеством организовала его «прославление», сфабриковав предварительно описание 260 «чудес», якобы совершившихся у его гроба.
Жестоким инквизитором был и новгородский архиепископ Феодосий Яновский, действовавший против раскольников вместе с Преображенским приказом и Тайной канцелярией. А местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский вслед за епископом Питиримом в своем произведении «Камень веры» пытался теоретически обосновать необходимость жестоких гонений против «врагов» церкви, отмечая, что в народе часто бывают споры о вере — «пререкования и противословия». Осуждая тех, кто считал кровавый террор несовместимым с «кротостью церкви», он доказывал необходимость и «спасительность» смертной казни для церковных противников, ссылаясь при этом на опыт католической инквизиции. «Опыт показывает, — писал он, — что многие еретики, как донатисты, манахеи, альбигойцы и пр., оружием истреблялись»22. Он приводил также высказывания одного из столпов церкви — Августина о необходимости казнить еретиков. Подобно католическим инквизиторам Стефан доказывал, что церковь, предавая еретиков смерти, заботится прежде всего о спасении их души. «Если праведно убивать человекоубийц, злодеев, чародеев, — говорил он, — то тем более еретиков, которые паче разбойников душу убивают и в царстве мятеж всенародный творят»23. Призывая церковных мятежников к покаянию, Стефан грозил им, что в случае отказа «церковь оружие свое очистит, лук свой напряжет и возбудит сердца властелинов на месть расколу... И тогда достойную месть лютой кончиной воспримите»24.