Полномочия церковных властей по борьбе с расколом все расширялись. При епископах были организованы особые мирские суды по раскольническим делам, следствие по этим делам велось в Приказе церковных дел. По настоянию Синода раскольнические дела были причислены к «злодейственным», «понеже, — как сказано в указе, — раскольничья прелесть упрямства наполненная, правоверию противна и злодейственна»27.
Особо важные дела рассматривались в Канцелярии тайных розыскных дел, но и тут на допросы и пытки являлись представители Синода. Так, в декабре 1720 г. Тайная канцелярия вела следствие о раскольнике Якове Семенове. Присутствовавший при допросах архимандрит Александро - Невского монастыря Феодосий предложил Семенова нещадно бить кнутом и, сослав в Соловецкий монастырь, держать в земляной тюрьме «до кончины жизни неисходно». Так и было сделано. В распоряжение Синода для борьбы с раскольниками предоставлялись воинские отряды. Кроме того, повсеместно рассылались синодские указы о выделении в распоряжение епархиальных властей воинских команд.
Для усиления борьбы с церковными противниками Синод издал в 1721 г. особые «Пункты для вразумления раскольников», составленные архимандритом Заиконоспасского монастыря Феофилактом Лопатинским и архимандритом Златоустовского монастыря Антонием. В этих «пунктах» вновь была сделана ссылка на постановления Кормчей книги об еретиках и на необходимость их наказания по «градским» законам. Синод ссылался также на постановления церковного собора 1666/67 г. и на Уложение 1649 г. Гражданской власти оставалось только выполнять решения Синода о наказании еретиков.
При Синоде была организована в 1723 г. особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716 по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений 111 тысяч28. Феофилакт составил особое руководство для церковников — «Обличение неправды раскольнической». В нем раскольники именовались «злокозненными и деревенскими мужиками».
В 1745 г. «Обличение» дополнил известный ростовский митрополит Арсений Мациевич. И он не жалел бранных слов по адресу раскольников, называя их «сатановерами», «хищными волками, душепогубительными бесами». Приводя примеры из Ветхого и Нового заветов, а также из церковной истории, Арсений доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «Учение Христа, — говорил он, — дает к тому достаточно оснований»29. И сожжение раскольников как врагов церкви в этот период было далеко не редким явлением.
Раскольника старца Варлаама обвинили в том, что он произносил хулу на бога и на иконы. У него вырвали язык, а затем сожгли. Сожгли живым и Матвея Николаева за его «великий раскол». Раскольник Денис Лукьянов умер под пытками, а после смерти тело его было сожжено30. Крестьянин Павел Сахаров во время насильственного причастия выплюнул дары, которые принимаются при этом. Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, где дважды пытали, затем за богохульство приговорили к сожжению. К смертной казни сожжением приговорили в 1752 г. дворцового коменданта Якова Куприянова, обвиненного в богохульстве. Иностранец Берхгольц, оставивший интересный дневник о своем пребывании в России, подробно рассказывает, как сжигали людей за богохульство. По его словам, в 1718 г. в Петербурге сожгли заживо человека, который сказал, что почитание икон является идолопоклонством, и который во время совершения церковной службы выбил икону из рук епископа. «Осужденного, — писал Берхгольц, — поставили на костер, сложенный из разных горючих веществ, и железными цепями привязали к устроенному на нем столбу с поперечной на правой стороне планкой, к которой прикрепили толстой железной проволокой и потом плотно насмоленным холстом руку, служившую орудием преступления. Сперва зажгли одну эту правую руку и дали ей одной гореть до тех пор, пока огонь не стал захватывать далее, а князь кесарь вместе с прочими вельможами не приказал поджечь костер. При таком страшном мучении преступник не испустил ни одного крика и оставался с совершенно спокойным лицом, хотя рука его горела минут семь или восемь, пока, наконец, не зажгли всего возвышения. Он неустрашимо смотрел все это время на пылавшую свою руку и только тогда отвернулся в другую сторону, когда дым уже очень стал есть ему глаза и у него начали гореть волосы»31. Рассказ очевидца — лучшее свидетельство беспощадного отношения к лицам, выступавшим против церкви и ее обрядов.