По инициативе духовных властей проводились также массовые процессы против участников антицерковных движений. Таково было, например, дело «о богопротивных сборищах и действиях», возникшее в 1733 г. и законченное лишь в 1739 г. Сторонники этого движения искали средства для избавления от гнета и улучшения своего существования в мистическом движении.
По этому делу привлекли в качестве обвиняемых 303 человека. Хотя следствие велось в Тайной канцелярии, душой процесса были члены Синода: архиепископ Феофан Прокопович, епископы Питирим и Леонид Сарский. Феофан руководил допросом обвиняемых, читал и сличал их показания, сводил подсудимых на очные ставки. Допросы при помощи «пытки и огня» велись в его присутствии. Следствие над группой раскольников, привлеченных по этому делу и живших в Москве, вели архимандриты московских монастырей Кирилл и Евсевий. Непосредственное участие в следствии принимал также Синод. Ему представлялись подробные донесения о следствии, «экстракты» из расспросных речей. Синод оказывал давление на членов следственной комиссии, добиваясь осуждения всех привлеченных по этому делу лиц. Послушная следственная комиссия, где главенствовали церковные иерархи, осудила пятерых на смерть, 11 человек были наказаны кнутом, им вырвали языки и сослали на каторжную работу; 225 «виновных» били кнутом и сослали на каторгу; более 60 человек после наказания плетьми заточили в монастырь32.
В 1745 г. возникло новое дело, по которому было привлечено 446 обвиняемых. Следствие продолжалось 12 лет и закончилось лишь в 1757 г. Участники этого антицерковного движения в своих религиозных исканиях отразили глубокую ненависть к крепостному строю. Вместе с тем в нем выявилось и неумение крестьян найти средство борьбы с эксплуататорами. Проповедуемое участниками этого движения смирение и уход от жизни лишь уводили их в сторону от классовой борьбы. И на этот раз в следственной комиссии активную роль играли Синод и его представители: ректор Славяно-греко-латинской академии архимандрит Порфирий Крапский, священник московского Архангельского собора Иван Иванов, протопоп Петропавловского собора Михаил Слонимский и ключарь Василий Баранович. Следствие велось в московском Спасо-Андрониевом монастыре, где размещена была следственная комиссия, а заключенных держали в особом здании, вблизи монастыря.
Сенат мало вмешивался в дела следственной комиссии, зато Синод принимал в ней большое участие. Синод составлял вопросные пункты для ведения следствия, посылал своим представителям инструкции, направлял следствие в желательном для него духе, получал следственные материалы и «экстракты» из них. Следуя инструкциям Синода, духовные следователи допытывались, кто принимал участие в распространении этого антицерковного движения, и привлекали к следствию все новых и новых людей. В распоряжении следственной комиссии были заплечные мастера. Пытки, «встряски», битье кнутом не прекращались. Наконец следствие закончилось, и комиссия приступила к составлению приговора. Члены комиссии — представители Синода — добились суровой кары: пятерых приговорили к публичному сожжению26, — к другим видам смертной казни, остальных — к наказанию кнутом и плетьми, ссылке в каторжные работы и отдаче в солдаты. Приговор поступил на утверждение Сената, который заменил смертную казнь наказанием кнутом и ссылкой в каторжные работы. По отношению к остальным участникам этого антицерковного движения приговор был утвержден без всяких изменений.
В 1769 г. возникло новое дело об антицерковном движении в Тамбовской и Воронежской губерниях, по которому допрашивались 232 человека. Следствие велось так же, как и в предыдущих процессах, руководили им представители духовного ведомства. И опять многие участники движения были обречены на смерть. Сенат заменил смертную казнь ссылкой в каторжные работы и военную службу, остальных приговорили к разным наказаниям. Имущество приговоренных было конфисковано, а дети отданы в военные школы.
Массовые преследования раскольников и других противников церкви вели и местные духовные власти. В 1761 г. Тобольская духовная консистория арестовала и держала под крепким караулом 29 человек, обвиняя их в том, что они «православной церкви противники». Тобольская раскольническая контора грабила и разоряла работных людей и крестьян Исетского округа, сажала их в тюрьмы, что приводило даже к расстройству работы на казенных заводах. Сенат был вынужден смирить усердие духовных властей. Он указал консистории, что она ведет себя «весьма неприлично». Учитывая тревожное время и массовые крестьянские волнения, Сенат советовал консистории и архиерею держать крестьян и работных людей «в покое и тишине»33.