Несмотря на сопротивление со стороны церкви, массовый террор к раскольникам стал ослабевать. К этому времени раскол перестал быть оппозиционным течением и в значительной степени утратил характер социального протеста против феодально - крепостнической эксплуатации. Идейное руководство расколом перешло в руки зажиточных элементов. Раскол превратился в одну из форм церковной организации, которой вершили эти зажиточные элементы. Несмотря на протесты духовенства, правительство было вынуждено ликвидировать Раскольническую контору и отпустить содержащихся в тюрьмах раскольников, освободить их от уплаты двойного подушного оклада. Это не мешало, впрочем, вновь возбуждать против людей, не желавших подчиниться господствующей церкви, жестокие преследования. Так, в августе 1799 г. в Новороссийской губернии около 30 духоборов были сосланы в Екатеринбург навечно в каторжную работу. Их велели содержать скованными и использовать на наитягчайших работах, чтобы они, как сказано в синодском указе, «отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствовали, что есть на земле эта власть»55.
В начале XIX в. раскольников насчитывалось более миллиона. Правительство было вынуждено считаться с этим и предоставить раскольникам некоторые гражданские права и, по крайней мере формально, даже право исповедовать свою веру. Гонения на раскольников, однако, не прекратились. Защищая привилегии господствующей церкви, правительство запрещало «внешнее оказательство раскола», т.е. его открытое исповедание, рассматривая это как «нарушение общего благочиния и порядка». Представители церкви зорко следили за теми, кто отказывался от исповеди и причастия по религиозным соображениям. Борьбу с расколом вели мерами полицейского порядка. Гражданские власти обязаны были содействовать православной церкви в охранении ее господствующего положения и «незыблемости самой веры». С этой целью запечатывались раскольнические часовни, уничтожались чтимые раскольниками мощи, преследовались собрания верующих как «публичное оказательство раскола»56. Во многих губерниях были организованы особые секретные комитеты по делам раскольников. Эти комитеты продолжали борьбу с расколом, стремясь его искоренить или хотя бы ограничить. Такой же секретный комитет был создан и при Синоде. Раскольников продолжали ссылать в отдаленные места, разлучали с семьями, разрушали их хозяйства. Солдат, перешедших из православия в раскол, судили военным судом и подвергали тяжким наказаниям. Так, в 1844 г. севастопольский военный суд судил 20 солдат за отход от православия. Часть солдат забили до смерти шпицрутенами, прогнав через строй в 500 человек, остальных пороли розгами57.
Раскольники и сектанты считались неполноценными гражданами. Им запрещалось в некоторых губерниях владеть землей, не разрешалось открывать школы и учить детей грамоте, они не принимались на государственную службу, им ставились ограничения при прохождении военной службы, у них отбирали детей и, под предлогом воспитания в православной вере, ссылали в монастыри. Упорствующих преследовали в административном порядке, отправляли в ссылку. Браки раскольников, рождения и смерть долгое время не регистрировались. Одной из мер борьбы с расколом было уничтожение раскольнических молитвенных домов и монастырей. Так, в 1835 г. в иргизский Средненикольский монастырь прибыл архимандрит православного монастыря с воинским отрядом и разгромил его. Раскольники пытались оказать сопротивление, но оно было подавлено, многие участники его преданы военному суду.
Разгрому подверглись и старообрядческие церкви. За 1842-1852 гг. было уничтожено и закрыто 494 молитвенных дома, в 1856 г. были запечатаны алтари старообрядческого центра — московского Рогожского кладбища (они были распечатаны только в 1905 г., т.е. через 50 лет)58.
Раскольников обвиняли в том, что, не признавая официальной церкви, они выступают против царской власти и являются носителями революционных идей. Московский митрополит Филарет подозревал раскольников в желании отделиться от государства. Охрану православной церкви он считал «коренным правилом» православного государства, в раскольниках же и сектантах видел врагов не только церкви, но и государства.
Такое же отношение к раскольникам (старообрядцам) проявлялось и после подавления первой русской революции. Представители церкви усматривали в общинах старообрядцев социально - политический характер и пропаганду социал - демократических идей. Конечно, такое обвинение не имело под собой никакой почвы, так как старообрядческие вожди не переставали клясться в верности самодержавию59. Старообрядческие руководители горячо возражали против придания их религиозным стремлениям противоправительственного и тем более революционного характера и всюду заявляли о своей преданности самодержавию. Когда А.И. Герцен гневно осуждал церковь и царское правительство за их нетерпимое отношение к старообрядцам и сектантам, старообрядческие вожди ответили Герцену на это анафемой и назвали его «антихристовым предателем». Старообрядческий митрополит Кирилл в своей грамоте старообрядческим архиереям от 24 февраля 1869 г. призывал русских раскольников показать царю свое благоразумие, удалиться от всех его врагов и особенно от «злокозненных изменников, находящихся в Лондоне и возмущающих народ своими писаниями», т.е. от Герцена60.