В монастырских тюрьмах за узниками велось постоянное наблюдение. Монахи-тюремщики производили обыски, выискивая «зловредные тетрадишки и письма», так как узникам было запрещено писать. Они следили, чтобы узники не общались между собой и с караулом. Беспокойным узникам, нарушавшим суровые тюремные правила, монастырские тюремщики вкладывали в рот кляп; его вынимали только при принятии пищи. Для испанской инквизиции типичен кляп в форме груши, которая могла раздвигаться во рту. Кляп, применявшийся в монастырских тюрьмах, был проще по конструкции, но действовал не хуже испанского, когда надо было заставить узника замолчать.
В 1728 г. в один монастырь был послан иностранец Яков Иванов, принявший незадолго до того православие. Он обвинялся в том, что произносил «сумасбродные слова». Чтобы лишить его этой возможности, ему всунули в рот кляп. Такой режим предписывался и специальными инструкциями Синода: «... а если оный колодник станет произносить важные и непристойные слова, то класть ему в рот кляп и вынимать, когда пища будет дана, а что произнесет в то время, то все записывать и, содержа секретно, писать о том в Тайную канцелярию». Пищей для большинства заключенных были хлеб и вода, некоторым давался скудный тюремный паек. Среди узников были, впрочем, и привилегированные заключенные «благородного звания», которые получали пищу от своих родственников.
Рассматривая своих узников как арестантов, монастырские тюремщики хотели придать им и внешний арестантский вид. Так, архимандрит суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Серафим Чичагов пытался одеть своих заключенных в тюремную одежду. Синод, однако, был вынужден охладить рвение тюремщика, так как в монастыри часто ссылались лица без решений суда, в административном порядке. Формально они не лишались гражданских прав, поэтому обращаться с ними как с арестантами было признано неудобным. В 50-х годах XIX в. правительство в связи со слухами об изуверском отношении монахов-тюремщиков к своим узникам пыталось несколько смягчить режим в монастырских тюрьмах. Во главе арестантского отделения хотели поставить светского коменданта, а в придачу ему дать помощника из монахов. Но Синод решительно возражал против такой реформы и в монастырских тюрьмах все осталось по-старому: военная стража и тюремные служители были в полном подчинении архимандрита.
В монастырских застенках «для познания истины» заключенных нередко пытали. Епископ Георгий Конисский так описывает практиковавшиеся в конце XVII в. казни и пытки: «Казни сии были — колесовать, четвертовать и на кол сажать, а самая легчайшая — вешать и головы рубить. Вины их изыскивались от признания их самих, к тому надежным средством служило препохвальное тогда таинство — пытки, которой догмат и поныне известен из сей пословицы русской — кнут не ангел, души не вынет, а правду скажет, и которая производилась со всей аккуратностью и по указанию Соборного уложения, сиречь степенями и по порядку, батожьем, кнутом и шиною, т.е. разожженным железом, водимым с тихостью или медлительностью по телам человеческим, которые от того кипели, шкварились и вздымались. Прошедший одно испытание поступал во 2-ое, а кто не выйдет живым, тот считался за верное виновным и веден на казнь»13.
Чаще всего пытали поднятием на дыбу. Как описывает историк М. Снегирев, «поднятому на дыбу привязывали к ногам тяжелые колодки, на кои ставши палач подпрыгивал и тем самым увеличивал мучение: кости, выходя из суставов своих, хрустели, ломались, иногда кожа лопалась, жилы вытягивались, рвались и тем причинялись несносные мучения. В таком положении били кнутом по обнаженной спине так, что кожа лоскутьями летела» м. Пытки производились не только по усмотрению архимандрита, но и по настоянию епископов, которым подчинялись монастырские тюремщики. Так, епископ Холмогорский Афанасий в своей грамоте настоятелю Соловецкого монастыря прямо предписывал прибегать к пыткам, чтобы вырвать от узников нужное признание — «чистосердечное покаяние». Зная о таких монастырских порядках, архангельский губернатор в 1774 г. обратился к архимандриту Соловецкого монастыря с секретным письмом, напоминая, что пытки в монастырях формально законом не разрешались. Впрочем, нельзя осуждать одних только монастырских тюремщиков за их жестокость — ведь этого требовали от них и Синод, и правительство. Инструкции Синода, на основании которых заключались в монастырские тюрьмы узники, были очень суровы. В них указывалось, в каких тюремных помещениях следовало держать заключенных, какой должен быть для них режим, какие меры следовало применять к тем, кто начнет «сумасбродничать» — одиночное заключение, карцер, лишение пищи, телесное наказание. В инструкциях глухо упоминалась также и «вина» заключенных: «За вину его, за дела, противные благочестию, за многие вины вместо смертной казни бить нещадно кнутом и сослать в монастырь». В XIX в. режим в монастырских тюрьмах мало изменился. По-прежнему узникам запрещалось общение с монастырской братьей, из среды последней выделялись монахи для «увещевания», а по существу для систематического шпионажа за заключенными. Помимо инструкций от Синода, такие же инструкции получали монастырские тюремщики от высшей и местной администрации. Например, владимирский губернатор (ему подчинялся Суздаль, где находится Спасо-Евфимиев монастырь) требовал от монастырского начальства разные сведения о монастырских заключенных. Как видно из представленных сведений, узники не назывались по фамилиям, каждый числился под известным номером. Правом ссылки в монастырские казематы, помимо Синода, пользовались также губернские гражданские власти, местное церковное начальство. В 1835 г. ревизией Соловецкого монастыря были вскрыты значительные злоупотребления и произвол. Тогда был издан указ, запрещающий сажать в монастырские тюрьмы без особого разрешения верховной власти. Но на практике этот порядок не соблюдался.