Кого же и за какие «вины» заключали в монастырские тюрьмы? Ответ на этот вопрос дают секретные донесения монастырских тюремщиков. На первом месте были лица, выступавшие против господствующей православной церкви, против ее деспотизма в вопросах веры, за свободу совести: старообрядцы и сектанты, отступившие от православной церкви, осужденные «за вольные мысли насчет нравственности и религии», за непризнание «угодников», за отказ от исповеди и причастия.
В 1554 г. в Соловецкую тюрьму были брошены участники антицерковного движения, возглавлявшегося Матвеем Башкиным. Церковный собор 1554 г. приговорил Башкина к сожжению, а его соучастников к заточению в «молчательные кельи» с «великой крепостью». С 1701 г. в Головленковой башне того же монастыря томились единомышленники Григория Талицкого — тамбовский епископ Игнатий, поп Иванов и др. Сам же Талицкий, как отмечалось выше, был сожжен копчением. В 1744 г. в Соловецкую тюрьму попал Афанасий Белокопытов, обвиненный в «непокорстве» православной церкви. Вначале Белокопытова приговорили к смертной казни, затем смертную казнь заменили «неисходным до смерти содержанием» в «самом крепком каземате» с оковами на руках и ногах.
В тюрьму Николаевско-Корельского монастыря был посажен «под крепкое смотрение» ростовский митрополит Арсений Мациевич за осуждение им мероприятий правительства, направленных к отобранию у церкви ее имений15. В 1786 г. среди узников Соловецкой тюрьмы были Павел Федоров и перс Александр Михайлов. Вина их заключалась в том, что они оба, поддавшись на уговоры священников, приняли православие (первый был еврей, а второй мусульманин). Опасаясь, как бы новообращенные не вернулись к вере своих отцов, Синод распорядился заключить их до самой смерти в монастырскую тюрьму.
Ссылка и заключение в монастырские тюрьмы за свободомыслие и неподчинение господствующей церкви особенно часто применялись в XIX в. Так, в Соловецком монастыре в 1826 г. из 30 узников за «вины» против церкви страдали 29 человек, в 1836 г. - 36 (из 45), а в 1855 - 18 (из 19)16. Среди заключенных немало было и борцов против самодержавия, участников революционного движения.
В 1825 г. учителя Новоторжского училища Василия Воскресенского обвинили в богохульстве. Его подвергли жестокому наказанию кнутом, а затем заключили «навечно» в Соловецкую тюрьму. В 1851 г. сюда же сослали придворного певчего Александра Орловского — его обвинили в атеизме, в 1853 г. — вахтера Ивана Буренкова — «величайшего богоотступника».
Среди узников Соловецкой тюрьмы было немало раскольников, отступивших от православной церкви, молившихся по старым книгам и придерживавшихся некоторых старых обрядов. В расколе, как отмечалось выше, выражался стихийный протест против социального гнета и эксплуатации. Самодержавие и церковь видели в расколе и сектантстве не только отступников от православной церкви, но и государственных преступников, поэтому они расправлялись с ними с большой жестокостью. В 1821 г. в Соловецкую тюрьму на 15 лет был заключен солдат Иван Кузнецов за пропаганду раскола среди солдат. В 1857 г. за «противозаконные по расколу проступки» в тюрьму попал самарский мещанин Лазарь Шепелев. Он не выдержал сурового режима и вскоре умер. В 1860 г. в эту же тюрьму посадили основателя секты прыгунов Максима Рудометкина. Он пробыл в одиночном суровом заключении 17 лет, до смерти. В 1859 г. в Соловецкую тюрьму был заключен под строгий надзор капитан артиллерии Николай Ильин — основатель религиозной секты.