Доклад Свечина дал яркую картину ужасающего произвола и притеснений крестьян в связи с насильственной христианизацией. Грубо русификаторская политика и христианизация населения создавала почву для народных волнений. Опасаясь повторения крестьянских восстаний, правительство было вынуждено в апреле 1764 г. закрыть Новокрещенскую контору и перейти к более тонким методам христианизации и обрусения населения. С башкир и татар сложили недоимки, родителям вернули отобранных у них детей, попам-миссионерам предложили применять более мягкие меры для побуждения населения к крещению. Закрытие Новокрещенской конторы не приостановило, однако, насильственного обращения крестьян нерусской национальности в христианство и беззастенчивый грабеж со стороны миссионеров. В 1765 г. Синод был вынужден отметить, что миссионеры-священники ездили по новокрещенским жительствам с женами и детьми, собирали с крестьян деньги, скот, овчины, холсты и всякую живность. Новокрещены, не имея никакой защиты, отдавали миссионерам все, что те требовали, и совершенно разорялись 14. За время существования Новокрещенской конторы было обращено в христианство 409864 человека — цифра по тому времени огромная 15.
Такими же кровавыми действиями отметили свой миссионерский путь и другие «просветители»: Стефан Пермский, Трифон Вятский, Гурий Казанский, Софроний Иркутский и др. Несмотря на их жестокость, церковь причислила этих инквизиторов к лику святых и заставила чтить как «угодников божьих». Духовенством распространялись легенды, будто кровавый террор миссионеров осуществлялся по божьей воле.
Татары, башкиры, чуваши и другие нерусские народы ненавидели православное духовенство за насильственную христианизацию, за поборы, за помощь, которую оно оказывало правительству в деле национального угнетения. Эта ненависть с особой силой проявилась во время крестьянской войны 1773-1775 гг. под предводительством Емельяна Пугачева. Крестьяне уничтожали церкви, убивали особо ненавистных им священников. Они оставляли навязанное им силой православие и возвращались к вере отцов. По официальным далеко не полным данным, во время восстания Пугачева было убито 237 церковников и членов их семей и сожжено свыше 60 церквей16. Удмурты, чуваши, башкиры, татары просили Пугачева избавить их от гнета священников. Пугачевский атаман Герасим Иванов по просьбе крестьян сжег дом сунгулеевского священника на Урале; в селе Нохмачи священника повесили, а его дом сожгли. После взятия восставшими Ижевского завода в селе Сретенском удмурты повесили весь притч, а церковь разграбили. Мордовцы села Кангуш Краснослободского уезда Тамбовской губернии избили священника Алексея Васильева, говоря при этом: «Не мешай нам, поп, молиться по-нашему»17. Удмурты также отказывались выполнять церковные обряды, платить поборы за требы и расправлялись со священниками. В виде протеста против христианизации удмурты возвращались к прежней «идолопоклонной» вере. В феврале 1774 г. новокрещенные удмурты, собравшись в селе Сретенском, решили послать к Пугачеву депутацию и просить его закрыть Ижевский завод, а им разрешить быть по-прежнему в идолопоклонной вере18.
Гнев народных масс обращался также против монастырских властей и монастырей, основанных на территории Мордовии для закрепощения мордовского народа и усиления феодально-крепостнического гнета. Особенную ненависть мордвы вызвали власти Пудожского монастыря, захватившего крестьянские земли. Этому монастырю принадлежало более двух тысяч крепостных крестьян.
Принудительное крещение нерусских народов продолжалось и в XIX в. Оно использовалось как средство колониального угнетения и русификации. Духовенство продолжало обирать народ. По словам Магницкого, бывшего в то время попечителем казанского учебного округа, православное духовенство стремилось попасть в чувашские селения с не меньшим энтузиазмом, чем европейцы в Бразилию: здесь можно было обогащаться за счет нерусских народов.