Насильственная христианизация и русификация вызвали массовый протест народных масс. Этот протест выражался в различных формах: крестьяне не давали средств на содержание духовенства, не посещали церкви, не соблюдали церковных обрядов, они избивали и убивали особо ненавистных им священников и монастырские власти. Одной из форм протеста было массовое отпадение от православия, несмотря на репрессии со стороны духовенства и полиции. Отпадение от церкви приняло особенно большие размеры в 80-х годах XIX в. в Казанской и других губерниях, населенных татарами. Обер-прокурор Синода Победоносцев вынужден был признать, что крестьяне, оставлявшие православие, по своему духу и обычаю с православием не имели ничего общего. Массовое отпадение от православия и отказ от выполнения церковных обрядов вызвали усиление репрессий со стороны правительства и церкви. В конце XIX и начале XX в. были организованы процессы против тех, кто не желал оставаться в рядах официальной церкви. У удмуртов вырубались их священные рощи, отбирались дети, которые затем помещались в монастыри для воспитания в православном духе; устраивались погромы, избивались те, кто хотел верить по-своему; крестьян подговаривали составлять приговоры о выселении из деревень неугодных духовенству лиц. Такая деятельность духовенства встречала сопротивление народа. Так, в 1901 г. по требованию сарапульского епископа Владимира полицией была вырублена в деревне Ерыксы священная роща. Местные крестьяне-марийцы оказали при этом сопротивление, обратили в бегство священников и полицейских. Для «усмирения» крестьян был послан полицейский отряд, в результате столкновения было ранено 25 человек, а одного крестьянина убили24.
Жестокие меры по насаждению православия среди народов нерусской национальности вызвали резкое осуждение со стороны прогрессивных элементов русского общества. В повести Ф. Решетникова «Подлиповцы» автор, рассказывая о пермяцкой деревне Подлипной, с негодованием говорит об инквизиторской деятельности православного духовенства. Он отмечает, что крестьяне приняли православную веру лишь тогда, когда последовали карательные меры, и что для них православный поп и становой в сущности одно и то же. При появлении того и другого они «прячутся в домах и запирают двери». В повести Н. Лескова «На краю света» и в очерке «Сибирские картинки XVIII в.», основанном на документальных материалах, автор показал миссионерскую деятельность сибирского архиепископа Нила, насаждавшего православие среди народов Севера.
После подавления революции 1905 г. гонения на неправославные и нехристианские религии, особенно на ислам и сектантство, усилились. Духовное ведомство расширило сеть церковно - приходских школ и попечительств, воинствующая пропаганда православия велась также через церковные собрания. В помощь жандармам в рясе были привлечены реакционные и черносотенные элементы, их организации возглавлялись духовенством. Духовенство боролось также с национально - освободительным движением и с этой целью усилило деятельность миссионерских организаций. В 1910 г. совещание миссионеров, этих гонителей веры и душителей религиозной свободы, возглавил председатель совета министров Столыпин. Совещание разработало целую программу по укреплению христианства и по борьбе с мусульманством. В том же году миссионеры собрались на очередной съезд в Казани. «Темные инквизиторы» добились на этом съезде принятия суровых мер против неправославных. Административные органы содействовали им в подавлении свободы совести и стремления к национальной самостоятельности.
В свою очередь и представители мусульманской религии проявляли нетерпимость по отношению к тем, кто исповедовал другую религию, особенно к русским. Проповедью национализма и религиозного шовинизма представители мусульманской и других нехристианских религий стремились увести эксплуатируемые массы от классовой борьбы.