В борьбе с расколом, кроме светского меча, использовалось также отлучение. Церковный собор 1667 г. отлучил от церкви раскольников и предал их проклятию не только в этой жизни, но и в будущей как «еретиков и непокорников». Особо были преданы анафеме расколоучители — протопоп Аввакум, поп Лазарь, дьякон Федор и др. Анафеме подвергались раскольники и при Петре I — их обвиняли при этом в возмущении против гражданского и церковного правительства и поругании церкви.
Отлучение от церкви было также одним из средств защиты церковных привилегий, ее недвижимых имений. Митрополит Киприян в своей грамоте 1395 г., угрожая проклятием «за невнимание и нерадение», уговаривал псковичей не отнимать от церкви земли и села. Игумен киевского Михайловского Златоверхового монастыря Макарий в 1562 г. устрашал своих «обидчиков-разорителей», пытавшихся захватить монастырские земли, церковным проклятием не только в этот век, но и в будущий, «вместе с родом своим».
В период острой борьбы за церковные и монастырские земли, развернувшейся в XV-XVII ее., отлучение от церкви — частая кара. Проклятие с ссылкой на соборные решения надолго вошло в церковный обиход и было включено в «Чин православия».
В XVII в. церковное и монастырское землевладение стало сильно ограничиваться, а в 1764 г. под влиянием массового крестьянского движения церковные имения вместе с населявшими их крестьянами были отобраны.
Секуляризация, т.е. отчуждение церковных и монастырских имений, проводилась не без сопротивления группы церковных иерархов. Возглавлял эту борьбу ростовский митрополит Арсений Мациевич, считавший, что в результате секуляризации церковь «в конец истребится». В 1763 г., когда подготовлялась секуляризация, Арсений открыто выступил против попыток отобрать у церкви ее имения. В соборной церкви он подверг проклятию «обидящих церкви», имея в виду Екатерину II, по распоряжению которой проводилась секуляризация. У Арсения было даже желание наложить всеобщий интердикт. Но его не поддержали другие иерархи из - за боязни репрессий. За строптивость и неповиновение Арсений жестоко поплатился. Его лишили архиерейского сана и сослали в заключение в Николаевско - Корельский монастырь под «крепкое смотрение». Но и в далекой ссылке Арсений продолжал выступать против правительства, он сочинил особые молитвы о гонениях против церкви. В декабре 1767 г. Арсения расстригли и под именем Андрея Враля сослали на «вечное и безысходное содержание» в ревельский каземат, где он вскоре умер2. «Вседомовное» отлучение применялось особенно часто начиная со второй половины XVII в., когда усилились покушения на церковные привилегии. Защищая свои богатства, церковь налагала запрещение на представителей гражданской власти, посягавших на них, а также на целые области, обвиненные в непослушании церкви. Так, в 1681 г. за «преобидение церковного притча» отлучили от церкви суздальского подьячего Толмачева. Ему не разрешалось посещать церковь, а священникам не велено было приходить к нему в дом с требами, а также иметь с ним какие-либо дела под угрозой отлучения3. В 1689 г. некоторые новгородские купцы и посадские люди хотели избавиться от подсудности митрополиту, связанной с уплатой пошлин, и с такой просьбой обратились в новгородский приказ. Новгородский митрополит Корнилий пожаловался московскому патриарху Иоакиму, и тот в гневе пригрозил новгородским купцам за непослушание и непокорство вечным проклятием и отлучением от церкви. Купцам пришлось смириться4.
В конце XVII в. царский чиновник, боярский сын Яков Елагин стал судить лиц, которые были ранее подсудны сибирскому митрополиту Павлу. Митрополит усмотрел в этом для себя «ругательство» и отлучил Елагина от церкви. Под страхом проклятия гражданам запрещено было всякое общение с опальным Елагиным, что было равносильно гражданской смерти. Елагину пришлось смириться и пойти к митрополиту на поклон. Отлучению подвергались не только рядовые чиновники, но и служилая аристократия, если она посягала на привилегии церкви. Так, в 1697 г. властный сибирский митрополит Игнатий за попытку лишить церковь доходов от судебных пошлин отлучил от церкви царского воеводу Андрея Нарышкина с семьей и стольниками. Нарышкин жаловался царю, но, не найдя поддержки, вынужден был пойти к митрополиту с повинной5.
Частые отлучения и запечатывание церквей вносило расстройство в церковную жизнь, поэтому светская власть была вынуждена ограничить право церковных иерархов прибегать к этой мере. По требованию Петра I в текст архиерейской присяги было введено обещание применять отлучение только в исключительных случаях к явным преступникам, «разорителям заповедей божьих или церковным еретикам».