Жестоким преследованиям подвергались и последователи секты духоборов. Эта ересь представляла собой чисто крестьянское движение, в ней проявлялось недовольство крестьян социальным гнетом. Духоборы иносказательно толковали догмат святой троицы (бог-отец — память, бог-сын — разум, бог-дух святой — воля), отрицали необходимость церквей, икон, церковной обрядности, попов, угодников, монашества. Они, однако, не выступали против царя и его власти, считая, что основа зла — это не царь, а его чиновники и духовенство. Духоборчество было признано особо вредной сектой, и против нее начались массовые гонения. Так, в 1799 г. в Новгородской губернии за принадлежность к этой секте было осуждено более 30 крестьян. Их сослали в Екатеринбург навсегда в рудничные наитягчайшие работы, причем их велено было содержать на работе скованными. «Пусть они, — отмечалось в приговоре, — отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствуют ее через сие как следует». В 1804 г. духовенство села Троицкая Дубрава Тамбовской губернии пыталось при содействии полиции заставить крестьян-духоборов исполнять обряды православной церкви. Крестьяне отказались, и священник Агеев учинил над ними зверскую расправу. Крестьянам рвали усы и бороды, смазывали дегтем и секли в три кнута. Два крестьянина — Петр Добышев и Филипп Дубасов были засечены до смерти. Тело одного из засеченных духоборов крестьяне привезли в Тамбов и как протест против зверской расправы оставили в передней губернаторского дома. Участников этой политической демонстрации наказали кнутом и сослали в Кольский острог, а их имущество отобрали в казну32. В 1807 г. за переход в духоборчество приговорили к смертной казни двух казаков войска донского — Прокудина и Артемьева. Смертный приговор им был заменен затем вечным заключением в Соловецкий монастырь33. Чтобы изолировать духоборов от остального крестьянского населения и усилить контроль за ними со стороны священников и полиции, их ссылали из центральных губерний в Крым и Закавказье. В конце XIX в. свыше трехсот духоборов за отказ служить в царской армии и сожжение оружия было отправлено в бессрочную каторгу в Якутию. Многие крестьяне во время насильственного переселения гибли, многие, спасаясь от преследования, бежали в Канаду и другие страны.
Жестоким преследованиям подвергались и молокане. Основателем секты молокан был крестьянин села Уварово Борисоглебского уезда Тамбовской губернии Семен Уклеин. Молокане отрицательно относились к крепостничеству, но не к царской власти. Они считали, что все зло идет от чиновников и духовенства. Они признавали свободу человеческой природы и равенство всех, независимо от состояния, выступали против церковных обрядов и духовенства. Молоканство получило широкое распространение особенно в среде государственных и помещичьих крестьян, а также среди городских элементов. В 30-х годах XIX в., по официальным данным, их насчитывалось около 200 тысяч. Карательными действиями против молокан отличался тамбовский епископ Арсений. Он заточал упорствующих сектантов в монастыри, закрывал их школы, разрушал семьи, содействовал массовому выселению в Закавказье. Молоканам не разрешалось иметь в услужении православных, равно как самим служить у православных, им не давали паспортов для поездок по торговым и иным делам. Этими мерами правительство и церковь пытались ограничить распространение сектантства. С другой стороны, в XIX в. вожаками сектантства становились буржуазные элементы, влияние секты на крестьянские массы уменьшилось, сами сектанты становились более лояльными по отношению к самодержавию.
В некоторых сектах отразилось недовольство крестьян грабительской крестьянской реформой 1861 г. Эти секты возникли вскоре после того, как правительство подавило активный протест крестьян против их ограбления, выразившийся в массовых крестьянских восстаниях. Так, в 1866 г. среди крестьян Пермской губернии широкую известность получила секта, основанная крестьянином Адрианом Пушкиным. Он призывал крестьян не платить выкупные платежи за землю, что, естественно, нашло горячую поддержку. Секта была разгромлена, многие крестьяне подверглись суровым наказаниям, а ее основатель был сослан в Соловецкий монастырь, где пробыл с 1866 по 1882 г.