В годы первой русской революции развернулось широкое демократическое движение за свободу совести, за отделение церкви от государства и школы от церкви. Царское правительство в страхе перед революцией было вынуждено отказаться от непримиримости к неправославным и нехристианским религиям и предоставило некоторые права иноверцам. Однако указами от 17 апреля и 17 октября 1905 г. переход из христианской религии в нехристианскую запрещался по-прежнему, насилие над верой и совестью граждан не прекращалось.
В западных губерниях 150 тысяч униатов числились православными; обращены они были в православие еще в 70-х годах XIX в. при помощи драгунской нагайки и удерживались в православии суровыми полицейскими мерами и уголовными процессами. Церковь и правительство считали православными также 30 тысяч насильственно обращенных латышей. Сами же латыши считали себя протестантами44. После опубликования указа от 17 апреля 1905 г. свыше 200 тысяч человек оставили насильственно навязанное им православие (170 тысяч в западном и юго-западном крае, 36 тысяч в Татарии и 11 тысяч в прибалтийских губерниях). Отпадение от православия продолжалось и после 1905 г., несмотря на ограничительные меры, и за период с 1905 по 1910 г. от православия отошло 316,8 тысячи человек45. Этот процесс Синод пытался объяснить экономической зависимостью крестьян и безземельных батраков от помещиков (католиков и лютеран) и воинствующим характером католической пропаганды. На самом же деле в отпадении от православия проявлялся протест народных масс против их религиозной закабаленности. Борясь с этой формой протеста, Синод обвинял лиц, порвавших с православием, в том, что они потеряли связь с русским народом, враждебны русской национальности и русской государственности.
Татары Поволжья, насильственно обращенные в православие, также порывали связь с официальной церковью и переходили в мусульманство. Уже после издания указов о так называемой религиозной веротерпимости административные ограничения по делам о вере продолжались. «Совращение» из православия, т.е. пропаганда неправославных религиозных учений, наказывалось в уголовном порядке, а за распространение в печати материалов против господствующей церкви заключали в крепость сроком до одного года. Указом от 17 октября была объявлена религиозная амнистия, однако положение людей, сосланных на каторгу и в ссылку за выступления против казенной церкви, не было облегчено. Лицемерный характер царских указов о свободе совести был разоблачен в большевистской листовке «Царская свобода совести».
В годы реакции, наступившей после подавления революции 1905-1907 гг., были аннулированы и те немногие льготы, которые предоставлялись неправославным и нехристианским народам указами о веротерпимости. Наступление на совесть граждан усилилось. Требуя отмены этих указов, духовные власти говорили, что они вырваны у самодержавия «безрелигиозными элементами», что это ловкий подкоп крамолы под устои самодержавия. Они жаловались, что из-за этих законов православная церковь перенесла великие бедствия, что из-за них упала религиозность народа. Для разработки мероприятий против свободы совести в июле 1908 г. после длительного перерыва в Киеве был созван очередной миссионерский съезд, на котором присутствовало свыше шестисот представителей духовенства, в том числе 3 митрополита и 32 епископа. Это был съезд воинствующего духовенства, пытавшегося драконовскими мерами задушить свободомыслие в области религии и лишить гражданских прав тех, кто выступал против казенной церкви. Съезд принял меры против отпадения в католичество и лютеранство, а также против распространения социал-демократических идей. Наиболее опасным врагом религии съезд считал революционный марксизм. На следующем миссионерском съезде, собравшемся в 1911 г., присутствовало около тысячи представителей духовенства во главе с обер-прокурором Синода Извольским. Церковники требовали возврата к старым методам борьбы с религиозным индифферентизмом, с «инаковерующими». В связи с усилением национально-освободительного движения и массовым отпадением от казенной церкви особое совещание миссионеров, на котором присутствовал премьер-министр Столыпин, настояло на применении полицейских мер для укрепления христианства, для борьбы с мусульманством и стремлением народов нерусской национальности к национальной культуре и самостоятельности.