Нетерпимость к просвещению и науке проявлялась духовными властями и в XVII в. При царе Федоре Алексеевиче хотели сжечь голландского фельдшера Квиринуса по обвинению в волшебстве. Боярина Артамона Сергеевича Матвеева за его пристрастие к книгам в 1676 г. обвинили в чародействе и сослали в Пустозерский монастырь. При организации в 1687 г. «рассадника просвещения» — Славяно-греко-латинской академии на нее возложили обязанность наблюдать, чтобы иностранцы не производили «противностей» православной церкви. Инквизиторы академии должны были сжигать еретические, гадательные и «богохульные» книги, а лиц, виновных в их распространении, доставлять для наказания в «градский» суд.
В XVIII в., укрепляя власть помещиков-крепостников, правительство прикрывалось модным в то время лозунгом «просвещения». Но к просвещению правительство и духовное ведомство продолжали относиться с крайней враждебностью, подвергая гонениям прогрессивных мыслителей и ученых. Уже в начале XVIII в. авторов и распространителей сочинений против церкви предлагалось допросить с «очисткой» и прислать в Синод с расспросными речами. Даже Академия наук не была свободна от бдительного контроля представителей церкви. Они проверяли ее издания, выискивая в них места «сумнительные и противные христианским законам, правительству и добронравию». По их настоянию в 1743 г. был изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовные цензоры умудрились найти сведения о планетах, «к соблазну народному склонные». Они возражали также против предпринятого Академией наук издания русских летописей — этого ценнейшего источника для изучения русской истории. По отзывам духовных цензоров, в летописях содержится «много лжи явственные».
Ненависть Синода и духовенства вызвал и великий русский ученый М. В. Ломоносов, исследования которого подрывали основы религии. Ломоносов отвергал церковное учение о неизменности природы и создании ее богом. «Напрасно думают, — писал он, — что все, как видим, сначала творцом создано. Таковые рассуждения весьма вредны приращению наук. Легко быть философом, выучив три слова: бог так сотворил, — и сие дая в ответ вместо всех причин»3. Ломоносов высмеивал тупость и невежество духовенства, выступавшего против науки. В 1740 г. по инициативе Ломоносова была издана книга французского ученого, академика Фонтенеля «Разговор о множестве миров», в которой в популярной форме излагались научные данные астрономии, шедшие вразрез с религиозными мифами о создании мира. Синод признал книгу Фонтенеля «противной вере и нравственности»; книгу изъяли и уничтожили. Раздраженный выступлениями М. В. Ломоносова против религии и церкви, Синод хотел помешать его научной деятельности. Он требовал, чтобы произведения Ломоносова были сожжены, а сам Ломоносов был отослан в Синод «для увещания и исправления»4. Нападки Синода не запугали Ломоносова, он продолжал настаивать на свободе научных исследований, требовал, чтобы духовенство «не привязывалось» к науке и не ругало ученых в своих проповедях.
В 1756 г. Московский университет хотел издать философскую поэму выдающегося английского писателя Александра Попа (1688-1744) «Опыт о человеке». В этой книге автор выступал против средневековых научных взглядов о строении вселенной. Естественно, это вызвало резкие нападки духовных цензоров, которые нашли в книге «зловредные идеи Коперника о множестве миров, противные Священному писанию», и книга была запрещена. «Исправление» книги поручили московскому митрополиту Амвросию. Тот переделал поэму Попа, заменив стихи, в которых говорилось о множестве миров и коперниковской системе, своими стихами. В таком искаженном виде книга и была издана в 1757 г.
Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный ученый, профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Аничков отвергал божественное происхождение религии и обвинял духовенство в невежестве и шарлатанстве. Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте. Другой профессор Московского университета, И. Мельман, за критику им религии и церкви по доносу московского митрополита Платона был отстранен от преподавания и отправлен в Тайную канцелярию, где его подвергли пыткам. Затем ученого выслали в Восточную Пруссию. В припадке безумия он покончил с собой.