Ненависть духовного ведомства вызвала деятельность выдающегося русского просветителя Н. И. Новикова, сумевшего за короткий срок издать много книг по всем отраслям знания. В книгах резко критиковались религиозный фанатизм и суеверия. По доносу Петра Алексеева, протоиерея московского Архангельского собора, Новикова арестовали, а изданные им книги конфисковали. За оппозиционное отношение к самодержавию, за активную просветительную деятельность и критику религии и церкви Новикова как опасного государственного преступника заключили в Шлиссельбургскую крепость, откуда он вышел только через 15 лет, после смерти ненавидевшей его Екатерины.
Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н. Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все еще опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.
Французская буржуазная революция 1789 г. напугала самодержавие и помещиков. Опасаясь проникновения в Россию революционных идей, самодержавие усилило цензурные репрессии. Во многих городах были организованы цензурные комитеты с участием представителей духовного ведомства. Эти комитеты были настоящими инквизиционными трибуналами. Они сжигали на кострах «вредные» книги, преследовали их авторов и лиц, заподозренных в хранении этих книг. Не довольствуясь деятельностью этих инквизиционных трибуналов, Синод организовал в 1797 г. еще особую духовную цензуру, которой были предоставлены самые широкие полномочия. Духовная цензура вторгалась во все области науки, в литературу, общественно-политическую жизнь, старалась в корне заглушить все прогрессивное. Она накладывала свою руку на все, что имело хотя бы отдаленное отношение к религии.
Талантливые книги французских философов-материалистов, разоблачавших реакционную сущность религии, встречены были духовным ведомством с особенной враждебностью. Уже с 80-х годов XVIII в. церковники боролись с распространением этих идей. Духовное ведомство издавало литературу, в которой подвергало критике идеи Вольтера и философов-материалистов, добивалось конфискации и сожжения их произведений. Гонения на эти произведения не прекращались и в XIX-XX ее. Так, в 1868 г. в труде Вольтера «Философия истории» духовные цензоры нашли «глумление над истинами и опровержение священного писания». По их настоянию этот труд Вольтера был уничтожен. В 1890 г. уничтожили «Сатирические и философские диалоги» Вольтера, а в 1893 г. — его поэтические произведения, в которых были найдены «антирелигиозные тенденции»5.
Такая же участь постигла произведения «корифея безбожия», выдающегося представителя домарксова материализма и атеизма Дени Дидро (1713-1784). Начиная с конца XVIII в., духовные власти добивались запрещения и уничтожения не только его философских, но и художественных произведений. Ненависть духовного ведомства вызывали и атеистические трактаты Гольбаха (1723-1789). Его знаменитая книга «Система природы» считалась одной из самых страшных книг и справедливо называлась «библией материализма». Еще в 1770 г. эту «адскую книгу» предали огню католические инквизиторы и с тех пор ее неоднократно запрещали и в России. Даже в 1898 г., опасаясь «адского» действия этой книги, разрушавшей, по словам духовных цензоров, основные начала религии, духовные инквизиторы настояли на ее уничтожении. Так же расправились они и с книгой английского философа-материалиста Томаса Гоббса (1588-1679) «Левиафан», которую католические инквизиторы включили в список вредных книг еще в XVII в. и подвергли ее публичному сожжению. Через 200 лет ее осудили православные инквизиторы. Они признали книгу Гоббса «противной священному писанию и православной церкви» и добились ее сожжения в 1874 г. За выступление против церкви и феодальной идеологии уничтожили в 1871 г. книгу «О человеке» другого выдающегося философа-материалиста XVIII в. — Гельвеция.