Духовные власти рассчитывали, что преподавание закона божьего спасет учеников от религиозного индифферентизма, от неверия. Поэтому закон божий считался главным предметом, его учили во всех классах, начиная с приготовительного. Для религиозного воспитания использовались и другие предметы школьной программы — русский язык, история, законоведение и др. Представители церкви превозносили значение православной церкви в истории России, расхваливали «любовь» духовенства к народу, говорили, что русскому народу якобы свойственна особая религиозность. Они затушевывали роль классовой борьбы в истории общества, разжигали национальную и религиозную рознь.
Религиозная идеология в школе насаждалась полицейскими мерами. От учителей требовалось, чтобы они поддерживали антинаучные религиозные взгляды. Изучение естествознания и других точных наук, говорили священники, действует отрицательно на нравственность молодежи. Спасение от неверия видели в пропаганде религиозной идеологи. Ученики и учителя обязаны были регулярно ходить в церковь, исповедоваться, принимать участие в церковных службах, в церковном хоре. За ними существовал неослабный надзор; учеников, пренебрегавших церковными обязанностями, изгоняли из школы как неблагонадежных. Изгонялись и прогрессивные учителя, которые пытались внести в преподавание живое слово, познакомить учеников с подлинной наукой.
Засилие религиозных взглядов вызвало протест со стороны учащихся, особенно сильно он проявился во время первой русской революции. Ученики отказывались посещать церковные службы, говеть, настаивали на исключении из школьной программы закона божьего, уничтожали ненавистный им «Катехизис» Филарета. Они открыто проявляли неуважение к священникам, требовали удаления из школ наиболее реакционных из них. Несмотря на господствовавший в школе «классический кошмар» и полицейский террор, в школу стали проникать учение Дарвина, революционные идеи. Учащиеся стали понимать, что религия и церковь поддерживают самодержавие и что священники - злейшие враги народа. Среди учащихся появилось отрицательное отношение к церкви и религии. Это вызвало усиление террора со стороны духовных властей, особенно после подавления русской революции 1905 г. Пытаясь изгнать из школы революционный дух, духовное ведомство стало усиливать в ней «церковность». В школе опять безраздельно господствовали религиозные представления о происхождении мира и человека, из школьной программы исключалось все, что противоречило религиозному представлению о мире. На языке священников это называлось борьбой с «нравственной дряблостью».
В 60-х годах XIX в. в связи с развитием капитализма в России возникла необходимость в грамотных рабочих. Стали возникать воскресные и вечерние школы, где прогрессивные преподаватели учили рабочих грамоте, знакомили их с основами наук, а также с идеями революционных демократов. Правительство закрыло эти школы, считая их рассадниками революции. Взамен них были открыты новые школы, контроль за которыми был возложен на священников. Вместо науки здесь водворялось религиозное мракобесие. Неугодных учителей, несших в народ подлинные знания, церковники при помощи полиции изгоняли. Однако, несмотря на атмосферу сыска и террора, воскресные и вечерние школы при содействии прогрессивных преподавателей часто превращались в центры пропаганды революционного марксизма и способствовали пробуждению у рабочих классового самосознания.
Гневно осуждая политику самодержавия и церкви против просвещения народа, А. И. Герцен писал: «Делают все так, чтобы куда человек ни обернулся, перед его глазами был бы или палач земной, или палач небесный, — один с веревкой, готовый все кончить, другой с огнем, готовый сжечь всю вечность»9.
Вместо книг, которые дали бы народу знания, духовное ведомство издавало большими тиражами книги и брошюры, рассчитанные на растление народа, на отвлечение его от классовой борьбы. Спекулируя на тяге народа к знанию, духовное ведомство способствовало изданию житий «святых», а также книжек и раскрашенных картин с изображением событий из ветхо- и новозаветной истории, со сценами страшного суда, ада и мучений «грешников». Такая литература мутным потоком шла в деревню, заполняла библиотеки для народа, покупалась на его трудовые копейки и отравляла народное сознание.