Борясь против учения Дарвина, духовные власти не ограничивались запрещением произведений Дарвина, книг и статей, популяризовавших его взгляды. Они выступали против дарвинизма в своих проповедях, печатали статьи в журналах, книги, направленные против Дарвина и его учения. Называя учение Дарвина «богохульным», они пытались доказать его «ненаучность», обвиняли Дарвина в том, что он разрушает нравственность. Духовные цензоры писали, что между эволюционной теорией и христианством существует противоречие самое серьезное, самое коренное, что учение Дарвина отрицает то, что составляет самую сущность религии.
Духовная цензура осуждала также материалистические идеи Эрнеста Геккеля (1834-1919) — крупнейшего немецкого ученого, естествоиспытателя и последователя Дарвина. В своих трудах Геккель клеймил идеализм и церковное мракобесие, вскрывал реакционную роль церкви, разоблачал религиозные суеверия, а руководителей церкви называл «бессовестными шарлатанами и обманщиками». По настоянию духовенства произведения Геккеля попали в черные списки. Так, в 1873 г. запрещению подвергся труд Геккеля «Естественная история мироздания», ниспровергавший основы религии, особенно потому, что автор развивал в нем материалистическое учение о мироздании и, как считали духовные цензоры, глумился над библейскими сказками о происхождении мира и человека. В 1879 г. в списках оказалась и его «История племенного развития организмов», в которой излагалась эволюционная теория; книга была сожжена. В 1902 г. сожгли и всемирно известную книгу Э. Геккеля «Мировые загадки». За беспощадную критику идеализма и поповщины, за «дерзкие выходки против высочайших предметов христианского почитания» эта книга числилась в черных списках еще в 1916 г.18
Опаснейшим врагом религии считали и крупнейшего материалиста домарксова периода Людвига Фейербаха (1804-1872). Работы Фейербаха «О сущности религии», «История новой философии», «Теогония», «Мысли о смерти и бессмертии», «Сущность христианства» считались цензорами разрушительными для религии и христианства, так как в них критиковались библейские сказания о создании мира, человека, жизни на земле, о бессмертии души, разоблачалось религиозное мировоззрение. Еще в 1907-1910 гг. по настоянию духовных цензоров произведения Фейербаха, подрывавшие устои религии, уничтожались. Опасаясь разрушительной силы идей философа, цензурное ведомство, защищавшее интересы православной церкви, не разрешало излагать взгляды Фейербаха даже в журнальных статьях.
Великие идеи научного коммунизма вызывали злобу и ненависть правительства и духовных властей, особенно в период развертывания острой классовой борьбы. Указывая на огромную революционизирующую силу великих идей Маркса и Энгельса, призывавших пролетариат к борьбе с эксплуататорами, царские чиновники и представители духовной цензуры всякий раз отмечали и атеистический характер этих идей. В 1888 г. за материалистические взгляды был наложен запрет на труд Ф. Энгельса «Людвиг Фейербах и конец немецкой классической философии». Через 20 лет это произведение Энгельса вновь подвергли запрещению. В 1914 г. запретили работу Энгельса «Принципы коммунизма», а в 1915 г. признали «кощунственной» работу «От классического идеализма к диалектическому материализму»; весь тираж этой книги был уничтожен19. Духовные власти не могли простить Энгельсу его материалистических взглядов и разоблачения им реакционной роли религии и христианства, а также вскрытия им социальных корней религии. Запрещениям подвергалось и собрание сочинений основоположников научного коммунизма: церковники справедливо считали, что эти бессмертные произведения зажигательно действуют на умы читателей.
Православная церковь, как мы видели, относилась к науке, особенно материалистической, с непримиримой враждебностью. Так, харьковский епископ Амвросий писал в 1901 г., что развитие науки приводит к росту неверия. Прогрессивных ученых он называл «опаснейшими врагами церкви»20. Другой епископ, Иннокентий, призывал отказаться от научного мировоззрения и вернуться к вере21. С особенной силой мракобесие выявилось в период первой русской революции. Церковники готовы были положить на костер и плаху всех, кто не разделял их реакционных взглядов на науку. Так, московский епископ Никон обвинял в 1905 г. московских профессоров в том, что они-де сгубили юношество и вовлекли его в революцию22. К этой точке зрения присоединился и петербургский митрополит Антоний Вадковский.