Феофан создал также особый институт духовных инквизиторов, которые должны были «с прилежнотщательным радением» следить за деятельностью епархиальных архиереев по борьбе с расколом. Первым протоинквизитором был назначен игумен московского Данилова монастыря Пафнутий. С 1721 г. дела об антицерковных выступлениях велись непосредственно и во вновь организованном Синоде — высшем органе по управлению делами православной церкви. Если требовался допрос «с пристрастием», то обвиняемых посылали в Сыскной приказ. На основании утвержденных в 1722 г. «Докладных пунктов Синода» Сыскной приказ обязан был оказывать Синоду помощь в его борьбе с церковными противниками. Так, Синод отправил в 1743 г. в Сыскной приказ крестьянина села Покровского Полуекта Никитина, обвинив его в том, что он-де «злейший враг церкви и благочестия противник». Несмотря на преклонный возраст Никитина (ему было 70 лет), его подвергли пыткам — подняли на дыбу и били кнутом. Никитин умер под пытками, не раскаявшись в том, в чем обвиняли его духовные власти. Таким же пыткам подвергли крестьянина Павла Сахарова, который во время насильственного причастия выплюнул «святые дары». Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, дважды пытали, а затем за «богохульство и противность» приговорили к сожжению.
Раскольников, бежавших в Сибирь, ловили и отправляли на вечную каторгу в Рогервик (порт на берегу Балтийского моря), раскольничьи поселения, монастыри и скиты громили, «дабы и след того места не знаем был». Мощи, чтимые раскольниками, и могильные памятники раскольнических учителей истреблялись.
В 1722 г. Синод направил в Выговскую пустынь монаха Неофита для расправы с раскольниками. Другой представитель Синода, монах Иосиф Решилов разгромил стародубских раскольников на Украине. Даже представители светской власти называли монаха Решилова развратником, хищником, наглым проходимцем и грабителем Стародубского края. Представители Синода обладали большими полномочиями и наводили ужас на население. За укрывательство и защиту раскольников синодальные инквизиторы наказывали как «за противность власти». Жестокая расправа Решилова с крестьянами была причиной крестьянских восстаний. Поэтому Сенат хотел пресечь деятельность этого инквизитора, но Синод не дал его в обиду25. Большой воинский отряд в 1735 г. перешел польскую границу и вторично разгромил крупнейшее раскольничье поселение Ветку. Были сожжены дома ветковских крестьян, монастырские постройки, церковь. Инквизиторы захватили свыше 13 тысяч раскольников и отправили их в глубь России. Раскольнический учитель Варлаам был заключен под крепким караулом в нижегородский Печерский монастырь, чтобы он как сказано в решении, не мог «рассевать плевелы своего учения».
В синодальной канцелярии содержали раскольников в таких условиях, что многие из них не выдерживали тяжести заключения, болели и умирали. Чтобы разгрузить свою тюрьму, Синод в январе 1732 г. велел 173 заключенных синодальной канцелярии разослать по монастырям для содержания «в цепях и железах и в трудах монастырских неисходно».
Полномочия церковных властей по борьбе с расколом все расширялись. При епископах были организованы особые мирские суды по раскольническим делам, следствие по этим делам велось в Приказе церковных дел. По настоянию Синода раскольнические дела были причислены к «злодейственным», «понеже, — как сказано в указе, — раскольничья прелесть упрямства наполненная, правоверию противна и злодейственна»27.
Особо важные дела рассматривались в Канцелярии тайных розыскных дел, но и тут на допросы и пытки являлись представители Синода. Так, в декабре 1720 г. Тайная канцелярия вела следствие о раскольнике Якове Семенове. Присутствовавший при допросах архимандрит Александро - Невского монастыря Феодосий предложил Семенова нещадно бить кнутом и, сослав в Соловецкий монастырь, держать в земляной тюрьме «до кончины жизни неисходно». Так и было сделано. В распоряжение Синода для борьбы с раскольниками предоставлялись воинские отряды. Кроме того, повсеместно рассылались синодские указы о выделении в распоряжение епархиальных властей воинских команд.