Для усиления борьбы с церковными противниками Синод издал в 1721 г. особые «Пункты для вразумления раскольников», составленные архимандритом Заиконоспасского монастыря Феофилактом Лопатинским и архимандритом Златоустовского монастыря Антонием. В этих «пунктах» вновь была сделана ссылка на постановления Кормчей книги об еретиках и на необходимость их наказания по «градским» законам. Синод ссылался также на постановления церковного собора 1666/67 г. и на Уложение 1649 г. Гражданской власти оставалось только выполнять решения Синода о наказании еретиков.
При Синоде была организована в 1723 г. особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716 по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений 111 тысяч28. Феофилакт составил особое руководство для церковников — «Обличение неправды раскольнической». В нем раскольники именовались «злокозненными и деревенскими мужиками».
В 1745 г. «Обличение» дополнил известный ростовский митрополит Арсений Мациевич. И он не жалел бранных слов по адресу раскольников, называя их «сатановерами», «хищными волками, душепогубительными бесами». Приводя примеры из Ветхого и Нового заветов, а также из церковной истории, Арсений доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «Учение Христа, — говорил он, — дает к тому достаточно оснований»29. И сожжение раскольников как врагов церкви в этот период было далеко не редким явлением.
Раскольника старца Варлаама обвинили в том, что он произносил хулу на бога и на иконы. У него вырвали язык, а затем сожгли. Сожгли живым и Матвея Николаева за его «великий раскол». Раскольник Денис Лукьянов умер под пытками, а после смерти тело его было сожжено30. Крестьянин Павел Сахаров во время насильственного причастия выплюнул дары, которые принимаются при этом. Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, где дважды пытали, затем за богохульство приговорили к сожжению. К смертной казни сожжением приговорили в 1752 г. дворцового коменданта Якова Куприянова, обвиненного в богохульстве. Иностранец Берхгольц, оставивший интересный дневник о своем пребывании в России, подробно рассказывает, как сжигали людей за богохульство. По его словам, в 1718 г. в Петербурге сожгли заживо человека, который сказал, что почитание икон является идолопоклонством, и который во время совершения церковной службы выбил икону из рук епископа. «Осужденного, — писал Берхгольц, — поставили на костер, сложенный из разных горючих веществ, и железными цепями привязали к устроенному на нем столбу с поперечной на правой стороне планкой, к которой прикрепили толстой железной проволокой и потом плотно насмоленным холстом руку, служившую орудием преступления. Сперва зажгли одну эту правую руку и дали ей одной гореть до тех пор, пока огонь не стал захватывать далее, а князь кесарь вместе с прочими вельможами не приказал поджечь костер. При таком страшном мучении преступник не испустил ни одного крика и оставался с совершенно спокойным лицом, хотя рука его горела минут семь или восемь, пока, наконец, не зажгли всего возвышения. Он неустрашимо смотрел все это время на пылавшую свою руку и только тогда отвернулся в другую сторону, когда дым уже очень стал есть ему глаза и у него начали гореть волосы»31. Рассказ очевидца — лучшее свидетельство беспощадного отношения к лицам, выступавшим против церкви и ее обрядов.
По инициативе духовных властей проводились также массовые процессы против участников антицерковных движений. Таково было, например, дело «о богопротивных сборищах и действиях», возникшее в 1733 г. и законченное лишь в 1739 г. Сторонники этого движения искали средства для избавления от гнета и улучшения своего существования в мистическом движении.
По этому делу привлекли в качестве обвиняемых 303 человека. Хотя следствие велось в Тайной канцелярии, душой процесса были члены Синода: архиепископ Феофан Прокопович, епископы Питирим и Леонид Сарский. Феофан руководил допросом обвиняемых, читал и сличал их показания, сводил подсудимых на очные ставки. Допросы при помощи «пытки и огня» велись в его присутствии. Следствие над группой раскольников, привлеченных по этому делу и живших в Москве, вели архимандриты московских монастырей Кирилл и Евсевий. Непосредственное участие в следствии принимал также Синод. Ему представлялись подробные донесения о следствии, «экстракты» из расспросных речей. Синод оказывал давление на членов следственной комиссии, добиваясь осуждения всех привлеченных по этому делу лиц. Послушная следственная комиссия, где главенствовали церковные иерархи, осудила пятерых на смерть, 11 человек были наказаны кнутом, им вырвали языки и сослали на каторжную работу; 225 «виновных» били кнутом и сослали на каторгу; более 60 человек после наказания плетьми заточили в монастырь32.