В 1745 г. возникло новое дело, по которому было привлечено 446 обвиняемых. Следствие продолжалось 12 лет и закончилось лишь в 1757 г. Участники этого антицерковного движения в своих религиозных исканиях отразили глубокую ненависть к крепостному строю. Вместе с тем в нем выявилось и неумение крестьян найти средство борьбы с эксплуататорами. Проповедуемое участниками этого движения смирение и уход от жизни лишь уводили их в сторону от классовой борьбы. И на этот раз в следственной комиссии активную роль играли Синод и его представители: ректор Славяно-греко-латинской академии архимандрит Порфирий Крапский, священник московского Архангельского собора Иван Иванов, протопоп Петропавловского собора Михаил Слонимский и ключарь Василий Баранович. Следствие велось в московском Спасо-Андрониевом монастыре, где размещена была следственная комиссия, а заключенных держали в особом здании, вблизи монастыря.
Сенат мало вмешивался в дела следственной комиссии, зато Синод принимал в ней большое участие. Синод составлял вопросные пункты для ведения следствия, посылал своим представителям инструкции, направлял следствие в желательном для него духе, получал следственные материалы и «экстракты» из них. Следуя инструкциям Синода, духовные следователи допытывались, кто принимал участие в распространении этого антицерковного движения, и привлекали к следствию все новых и новых людей. В распоряжении следственной комиссии были заплечные мастера. Пытки, «встряски», битье кнутом не прекращались. Наконец следствие закончилось, и комиссия приступила к составлению приговора. Члены комиссии — представители Синода — добились суровой кары: пятерых приговорили к публичному сожжению26, — к другим видам смертной казни, остальных — к наказанию кнутом и плетьми, ссылке в каторжные работы и отдаче в солдаты. Приговор поступил на утверждение Сената, который заменил смертную казнь наказанием кнутом и ссылкой в каторжные работы. По отношению к остальным участникам этого антицерковного движения приговор был утвержден без всяких изменений.
В 1769 г. возникло новое дело об антицерковном движении в Тамбовской и Воронежской губерниях, по которому допрашивались 232 человека. Следствие велось так же, как и в предыдущих процессах, руководили им представители духовного ведомства. И опять многие участники движения были обречены на смерть. Сенат заменил смертную казнь ссылкой в каторжные работы и военную службу, остальных приговорили к разным наказаниям. Имущество приговоренных было конфисковано, а дети отданы в военные школы.
Массовые преследования раскольников и других противников церкви вели и местные духовные власти. В 1761 г. Тобольская духовная консистория арестовала и держала под крепким караулом 29 человек, обвиняя их в том, что они «православной церкви противники». Тобольская раскольническая контора грабила и разоряла работных людей и крестьян Исетского округа, сажала их в тюрьмы, что приводило даже к расстройству работы на казенных заводах. Сенат был вынужден смирить усердие духовных властей. Он указал консистории, что она ведет себя «весьма неприлично». Учитывая тревожное время и массовые крестьянские волнения, Сенат советовал консистории и архиерею держать крестьян и работных людей «в покое и тишине»33.
Нелегко приходилось и тем противникам официальной церкви, которым смертная казнь заменялась другим наказанием. Это наказание нередко было горше смерти. Например, Ивана Яковлева в 1753 г. за его «злодейственные богопротивные вины» нещадно били кнутом и, вырезав ноздри, сослали в ручных и ножных кандалах в тюрьму Соловецкого монастыря. В случае произнесения «непристойных слов» монастырские тюремщики обязаны были вкладывать ему в рот кляп34. Крестьянина костромских вотчин князя Куракина Дмитрия Белова за непринятие им икон и отказ посещать церковь подвергли в 1751 г. трехкратной пытке и сослали в Рогервик в каторжные работы навечно35. За отказ признавать святых и неверие в чудеса хотели сжечь в 1762 г. крестьянина села Большое Мартово Нижегородского уезда Петра Гаврилова, следствие над ним производила Астраханская духовная консистория. Смертную казнь ему заменили наказанием кнутом и ссылкой на Нерчинскую каторгу36.