Поддерживая официальную церковь, правительство беспощадно расправлялось с теми, кто выступал против нее, кто добивался свободы совести. В 1721 г. по случаю окончания Северной войны и заключения мира со Швецией была объявлена амнистия по всем преступлениям, но по настоянию Синода осужденных за выступления против церкви не амнистировали.
Террор церкви по отношению к церковным противникам наносил немалый ущерб интересам государства. Тысячи раскольников и других «врагов церкви» томились в тюрьмах, предавались смерти. Спасаясь от преследований, они покидали заводы и села. Помещики и заводчики пытались добиться смягчения террора, но наталкивались на сопротивление Синода и его представителей. Управляющий Олонецкими заводами де Геннин писал Петру I, что он опасается от новгородского архиерея Иова «погубления». Он просил освободить от заточения мастера Семена Денисова, «годного в сыске руд и радетеля в заводской работе», а также прекратить преследования заводских людей — раскольников «во избежание остановки» завода. Но ходатайство де Геннина не было удовлетворено — террор продолжался37.
В 1763 г. возник вопрос о предоставлении некоторых льгот раскольникам, бежавшим за рубеж, чтобы побудить их вернуться на родину, однако группа влиятельных архиереев во главе с петербургским митрополитом Гавриилом и крутицким епископом Амвросием предостерегала правительство о гибельности для церкви послабления в области религиозной свободы. Напомнив, что в России было принято «разноверцев всячески истреблять», эти иерархи старались запугать правительство, что от послабления раскольникам «церковь может разодраться на двое»38. В Уложенной комиссии 1767 г. церковники продолжали настаивать на применении суровой казни к раскольникам и разорении их жилищ и церквей39.
Одним из следствий кровавого террора по отношению к раскольникам было их самосожжение, принявшее большие размеры в XVII-XVIII ее. Самосожжение часто объясняется причинами мистического характера, проповедью, будто «мир во зле лежит», верой в пришествие царства антихриста, желанием очиститься от следов злого царства, совершить искупительную жертву огнем. Эта же идея легла в основу замечательной картины художника Г. Г. Мясоедова «Самосожигатели», в которой с большой силой изображена толпа раскольников вместе с женами и детьми, мечущихся в пламени, а среди них суровый старец — виновник самосожжения. Такой взгляд на самосожжение давал церковным писателям повод говорить о том, что самосожжение - результат деятельности особой секты, считавшей самосожжение необходимым условием духовного спасения. Это, однако, неправильно. Самосожжение, особенно в начале его распространения, не было догматом какой-нибудь секты, в нем проявлялось крайнее отчаяние людей, затравленных беспощадным преследованием со стороны правительства и церкви.
Одно из первых массовых самосожжений раскольников произошло в 1676 г. в Пошехоновской волости Белосельского уезда. Здесь сожглись «очарованные волшебством от раскольнических учителей» 1920 человек. В 1679 г. на реке Березовке в Тобольском крае по инициативе раскольнического чернеца Иванища и попа Домициана сожглось около 1700 раскольников. Жалуясь на притеснение духовных властей и приказных людей, крестьяне писали, что священники держат их без одежды на морозе и что если их не избавят от разорения, то они готовы «в огне сгореть»40. В 1683 г. розыск раскольников в селе Федове Новгородского края производил монастырский старец строитель Рафаил «нещадным битием, пытками и казнями смертными». Розыск привел к великому разорению крестьян. Помещик князь Долгоруков считал, что Рафаил мстил крестьянам за отказ давать ему деньги по его требованию. В 1687 г. массовое самосожжение было в местечке Березово Олонецкого уезда. До тысячи раскольников, видя «лютое нападение, суровое свирепство и звериную наглость» инквизиторов, предали себя огню. Инквизиторы хотели взять раскольников живыми и отправить к епископу на мучение, но они предпочли смерть от огня41. Церковь и правительство жестоко расправлялись с людьми, считавшимися организаторами сопротивления раскольников. Их подвергали трехкратному допросу под пыткой, затем сжигали в срубе, а пепел развеивали.