В монастырских тюрьмах было также много заключенных за выступления против феодально-крепостнической эксплуатации, против усиления крепостного гнета. Дела о них рассматривались в Преображенском приказе и Тайной канцелярии, в монастырские тюрьмы они попадали по согласованию с Синодом. Участники крестьянской войны под предводительством Степана Разина, сотники Исачко Воронин и Сашко Васильев были брошены в Головленскую тюрьму Соловецкого монастыря. Во время соловецкого восстания они приняли в нем активное участие. Когда же восстание было разгромлено, Васильев и Воронин оказались в оковах в Корожной земляной тюрьме, их затем зарубил царский воевода Мещеринов18.
В 1670 г. в тюрьму Тихвинского женского монастыря попала активная участница разинского восстания Степанида, стоявшая во главе повстанческого отряда Слободской Украины. В 1721 г. в произнесении «непристойных слов» против царя Петра I был обвинен Федот Костромин. Его пытали в Преображенском приказе, наказали нещадно кнутом, а затем заключили в Соловецкую земляную тюрьму, где он и умер. В 1752 г. в «важной вине» против царской власти обвинили крестьянина Василия Щербакова. Он был наказан кнутом и сослан «навечно» в Соловецкую тюрьму.
В XVIII в. в связи с усилением феодально-крепостнического гнета возникли массовые крестьянские выступления, прикрывавшиеся часто царистскими лозунгами. Руководители отдельных выступлений также попадали в монастырские тюрьмы. Так, в 1764 г. в курский Богородицкий Знаменский монастырь заключили крепостного крестьянина Даниила Тихонова, распространявшего слухи о появлении царя Петра III. В 1765 г. после жестокого наказания в тюрьму Тобольского монастыря заключили крестьянина Евдокимова, выдававшего себя за русского царя19. Ближайшие соратники Емельяна Пугачева Чика и Губанов после разгрома крестьянского восстания были посажены в застенок при Казанском соборе в Уфе под соборной колокольней, а крепостной крестьянин Василий Журавлев, поддерживавший во время восстания связь с уральскими казаками, был заточен в тюрьму Суздальского монастыря.
После подавления крестьянского восстания под водительством Пугачева появился новый самозванец Осип Журыгин, выдававший себя за сына Екатерины II. Самозванца бросили в Суздальскую тюрьму. В Соловецкой тюрьме закончил свою жизнь другой самозванец, Тимофей Курдинов, называвший себя принцем Иоанном и пытавшийся вызвать народное возмущение20.
И в XIX в. в монастырские тюрьмы попадали участники антиправительственных и революционных движений. В Соловецкую тюрьму из Красноярска был переведен декабрист Ф. П. Шаховской, после того как он заболел там психическим расстройством. Сюда же были посажены участники тайного общества, студенты московского университета Николай Попов и Михаил Критский, сочувствовавшие декабристам. В 1850 г. здесь оказался студент Георгий Андрузкий «за вредный образ мыслей и злонамеренные сочинения».
В монастырские тюрьмы попадали также крестьяне, боровшиеся против крепостного гнета и пытавшиеся облегчить свое положение. Так, в 1837 г. в Рыльский монастырь заключили крепостного крестьянина Ефима Никитина за «сумасбродные вымыслы о преобразовании государственного управления». Несмотря на тяжкие условия заключения, он не пал духом, даже изобрел какую-то машину. Его освободили только в 1850 г.21 В Соловецкой тюрьме в 1864 г. находился студент Казанской духовной академии Яхонтов. Он принимал участие в организации панихиды по крестьянине Антоне Павлове, казненном после зверского подавления крестьянского восстания в местечке Бездна Пензенской губернии, когда было убито и умерло от ран более 90 человек.
6 декабря 1876 г. на Казанской площади в Петербурге состоялась антиправительственная демонстрация, организованная Г. В. Плехановым. В числе многочисленных ее участников, арестованных царской охранкой, были молодые рабочие Яков Потапов, Матвей Григорьев и Василий Тимофеев. Их осудили на пять лет монастырской тюрьмы «для исправления их нравственности и утверждения в правилах христианского долга». Потапова, развернувшего во время демонстрации красное революционное знамя, отправили в вологодский Спасо-Каменский монастырь, Григорьева — в чуркинскую Николаевскую пустынь Астраханской губернии, а Василия Тимофеева — в Крестный монастырь той же губернии. Потапова и Григорьева вскоре перевели в Соловецкую тюрьму. Сделано это было для того, чтобы пресечь антиправительственную агитацию, которую они вели в местах своего заключения22.