В 1735г. в районе Екатеринбурга на Урале вспыхнуло восстание башкир, вызванное социальным гнетом и насильственным крещением. После разгрома восстания многие участники были казнены, многие сосланы в каторжные работы, башкирские деревни были разорены до основания. Расправляясь так жестоко с восставшими, правительство и церковь обещали пощадить жизнь тем из них, кто примет православие. Многие восставшие шли на это, хотя продолжали относиться враждебно к православию и его служителям. Среди крестившихся поневоле был и башкир Тойгильда Жуляков, вскоре перешедший вновь в мусульманство. Тойгильду обвинили в том, что он, приняв мусульманство, «богу, закону его... учинил великое противление и ругательство». Его привезли в Екатеринбург, и здесь, на площади, по распоряжению главного командира уральских, сибирских и казанских заводов В.Н. Татищева, на страх другим в присутствии всех новокрещен сожгли. Детей Тойгильды наказали розгами и раздали в русские семьи5. В июне 1740 г. за переход в мусульманство сожгли известного рудознатца казака Исаева. Перед смертью он заявил, что знает, где находится серебряная руда. Это ему не помогло: в назидание другим Исаев был сожжен6.
В башкирских восстаниях 1745 и 1755 гг. против феодально-крепостнического гнета, осложненного еще национальными притеснениями, также наблюдался протест против насильственной христианизации. В воззваниях предводителя восстания 1755 г. Батырши указывалось на невыносимое положение мусульман, на тяжелые условия работы на заводах. Батырша призывал насильственно крещенных башкир выступать заодно с «истинными мусульманами»7.
Для расширения миссионерской деятельности православной церкви в 1738 г. при свияжском Богородицком монастыре была организована Новокрещенская контора. Она ставила своей целью «умножение христианского закона» среди мусульманского населения Поволжья «для вятщего утверждения в вере». Это была настоящая инквизиторская организация. Наделенная большими полномочиями, контора насаждала православие среди народов нерусской национальности не стесняясь в средствах. Новокрещенская контора действовала до 1764 г., т.е. 26 лет, и за эти годы вызвала всеобщую ненависть и возмущение. Посылаемые в татарские и башкирские деревни священники-миссионеры, эти, по словам В. И. Ленина, «жандармы во Христе» под видом «спасения неверных душ» проводили политику угнетения нерусских народов. Они заставляли их креститься, подвергали смертельным побоям, разоряли их хозяйства, а доносчиков награждали. Руководивший Новокрещенской конторой архимандрит Сильвестр старался оправдать кровавый террор, проводившийся его инквизиторами. Но возмущение деятельностью Сильвестра было так велико, что Синод был вынужден назначить вместо него другого. Не лучше был и новый инквизитор Лука Конашевич. Он разрушал татарские мечети, на их месте строил церкви, подвергал татар-мусульман жестоким наказаниям, заточал в тюрьмы, разорял их дома и деревни. Синод поддерживал своего ставленника, проклиная мусульман и мусульманское учение, называя Магомета «самым студным лживым пророком» (указ от 24 декабря 1750 г.). Деятельность Луки Конашевича вызвала глубокое возмущение. Татары писали в своих жалобах, что если их будут и дальше принуждать креститься, они оставят свои дома и деревни и уйдут в леса. Луку Конашевича перевели в Белгород епископом, но память об этом жестоком инквизиторе осталась надолго. В народном предании рассказывается, что Лука Конашевич стремился всех татар превратить в русских и что по жалобе татар министры осерчали на него и сослали в Сибирь8.
Не меньшее возмущение вызвала деятельность другого представителя Синода, стоявшего во главе Новокрещенской конторы, епископа Дмитрия Сеченова. Татары и башкиры жаловались, что Сеченов силой принуждал их креститься, погружая в купель связанными, держал многих в тюрьме под караулом в кандалах и колодках и подвергал мучительным побоям. Действуя на основании указа Синода от 14 февраля 1743 г., Сеченов сжигал мусульманские кладбища и молельни, разорял крестьянские дома, рубил в них окна и двери, выламывал печи. В результате крестьяне пришли «в конечное разорение». С такими же жалобами обращались чуваши Ядринского и Курмышского уездов на инквизитора игумена Неофита, на курмышского протопопа Куприяна и др.9, но эти жалобы успеха не имели: Синод своих инквизиторов не давал в обиду. Действуя огнем и мечом, Сеченов за один год сумел обратить в православие свыше 17 тысяч татар. Его перевели в Нижний Новгород, и здесь за четыре года он заставил принять православие более 30 тысяч человек. За свою «деятельность» и за поддержку Екатерины II во время дворцового переворота этот инквизитор был щедро награжден: он получил в личное владение тысячу душ крепостных, богатые денежные подарки и стал первоприсутствующим членом Синода10.