Центром насильственной христианизации татар был также казанский архиерейский дом, которому в середине XVIII в. принадлежало до четырехсот населенных пунктов.
Пропаганда ислама и тем более обращение в мусульманство запрещались под страхом смерти. Нельзя было строить новые мечети, старые же разрушались. Только при епископе Луке Конашевиче за 1738-1758 гг. из 536 мечетей Казанской губернии было разрушено 418. В Сибири из 133 мечетей осталось 3511. Детей татар и башкир, обратившихся в ислам, отбирали у родителей и раздавали новокрещенам. На татар и чувашей миссионеры напускали воинские отряды — «обжорные команды», которые разоряли их постоями, чинили всяческие обиды. Крестившимся крестьянам нерусской национальности предоставлялись некоторые льготы: они освобождались от холопства, от уплаты податей (на три года), ими не могли более распоряжаться неправославные помещики. Зато подати некрещеных крестьян возрастали, что делало их положение еще более тяжелым. Крестьян - новокрещен поселяли в одном месте, некрещеных же татар выселяли, разоряя их хозяйство. На землях некрещеных татар организовывались новые монастыри — Спасо- Юнгинский, Седмиозерский, Раифский и др.
Протесты крестьян-мусульман против деятельности духовенства принимали различные формы: это были жалобы на священников в Синод и к правительству, восстания, в которых протест против насильственной христианизации сочетался часто с протестом против феодально-крепостнического гнета. Кроме того, крестьяне-мусульмане непосредственно расправлялись с ненавистными им священниками, избивали и убивали их. Бывали случаи, когда крестьяне обращались за помощью к мусульманам, жившим за рубежом.
В 1751 г. татары подали жалобу на «несносные обиды», чинимые им митрополитом Сильвестром. Они писали, что Сильвестр крестил их насильно, держал их в оковах на монастырском дворе, вместе с женами и детьми, морил голодом, пока они не согласятся креститься. В Царевококшайском уезде крестьяне деревни Кошки обложили соломой избу, где находился с командой поп Георгий Давыдов, и подожгли ее. Миссионера спас подоспевший воинский отряд. В Вятской провинции крестьяне избили иеромонаха Вениамина Григоровича; его с трудом освободила из рук крестьян конвойная команда. Восставшая мордва убила миссионера Алексея Мокеева и пыталась убить также Дмитрия Сеченова. С дубьем и цепами напали чуваши на протопопа Георгия Давыдова12.
Царские чиновники, борясь с массовым бегством и возмущениями крестьян нерусской национальности, в некоторых случаях пытались обуздать духовные власти, руководившие христианизацией. Так, в 1751 г. оренбургский губернатор просил Сенат запретить священникам крестить башкир силой, а также отсылать их в тобольскую консисторию. Он писал, что деятельность миссионеров разоряет башкир и наносит большой вред интересам помещиков и государства. С такими же требованиями обращались и уральские заводчики, так как бегство работных людей и насильственные меры духовенства неблагоприятно отражались на заводских работах. Правительство было вынуждено прислушаться к этим жалобам. В Казанскую губернию послали с особыми полномочиями подполковника Свечина и поручили ему проверить на месте причины разорения татар. В своем «Экстракте» о разорении крестьян, «восприявших закон греческий не по желанию, а по принуждению», Свечин писал, что священники-миссионеры ездили будто бы учить новокрещен закону божьему, на самом же деле собирали с новокрещен деньги, требовали продукты и пушнину, делали «прицепки» за незнание молитв, под угрозой ареста вымогали деньги. Чтобы заставить татар креститься, миссионеры рубили в крестьянских домах окна и двери, ломали печи, «без всякого милосердия» избивали плетьми, заковывали в кандалы, отправляли в тюрьму на тяжелые монастырские работы13.
Доклад Свечина дал яркую картину ужасающего произвола и притеснений крестьян в связи с насильственной христианизацией. Грубо русификаторская политика и христианизация населения создавала почву для народных волнений. Опасаясь повторения крестьянских восстаний, правительство было вынуждено в апреле 1764 г. закрыть Новокрещенскую контору и перейти к более тонким методам христианизации и обрусения населения. С башкир и татар сложили недоимки, родителям вернули отобранных у них детей, попам-миссионерам предложили применять более мягкие меры для побуждения населения к крещению. Закрытие Новокрещенской конторы не приостановило, однако, насильственного обращения крестьян нерусской национальности в христианство и беззастенчивый грабеж со стороны миссионеров. В 1765 г. Синод был вынужден отметить, что миссионеры-священники ездили по новокрещенским жительствам с женами и детьми, собирали с крестьян деньги, скот, овчины, холсты и всякую живность. Новокрещены, не имея никакой защиты, отдавали миссионерам все, что те требовали, и совершенно разорялись 14. За время существования Новокрещенской конторы было обращено в христианство 409864 человека — цифра по тому времени огромная 15.