Такими же кровавыми действиями отметили свой миссионерский путь и другие «просветители»: Стефан Пермский, Трифон Вятский, Гурий Казанский, Софроний Иркутский и др. Несмотря на их жестокость, церковь причислила этих инквизиторов к лику святых и заставила чтить как «угодников божьих». Духовенством распространялись легенды, будто кровавый террор миссионеров осуществлялся по божьей воле.
Татары, башкиры, чуваши и другие нерусские народы ненавидели православное духовенство за насильственную христианизацию, за поборы, за помощь, которую оно оказывало правительству в деле национального угнетения. Эта ненависть с особой силой проявилась во время крестьянской войны 1773-1775 гг. под предводительством Емельяна Пугачева. Крестьяне уничтожали церкви, убивали особо ненавистных им священников. Они оставляли навязанное им силой православие и возвращались к вере отцов. По официальным далеко не полным данным, во время восстания Пугачева было убито 237 церковников и членов их семей и сожжено свыше 60 церквей16. Удмурты, чуваши, башкиры, татары просили Пугачева избавить их от гнета священников. Пугачевский атаман Герасим Иванов по просьбе крестьян сжег дом сунгулеевского священника на Урале; в селе Нохмачи священника повесили, а его дом сожгли. После взятия восставшими Ижевского завода в селе Сретенском удмурты повесили весь притч, а церковь разграбили. Мордовцы села Кангуш Краснослободского уезда Тамбовской губернии избили священника Алексея Васильева, говоря при этом: «Не мешай нам, поп, молиться по-нашему»17. Удмурты также отказывались выполнять церковные обряды, платить поборы за требы и расправлялись со священниками. В виде протеста против христианизации удмурты возвращались к прежней «идолопоклонной» вере. В феврале 1774 г. новокрещенные удмурты, собравшись в селе Сретенском, решили послать к Пугачеву депутацию и просить его закрыть Ижевский завод, а им разрешить быть по-прежнему в идолопоклонной вере18.
Гнев народных масс обращался также против монастырских властей и монастырей, основанных на территории Мордовии для закрепощения мордовского народа и усиления феодально-крепостнического гнета. Особенную ненависть мордвы вызвали власти Пудожского монастыря, захватившего крестьянские земли. Этому монастырю принадлежало более двух тысяч крепостных крестьян.
Принудительное крещение нерусских народов продолжалось и в XIX в. Оно использовалось как средство колониального угнетения и русификации. Духовенство продолжало обирать народ. По словам Магницкого, бывшего в то время попечителем казанского учебного округа, православное духовенство стремилось попасть в чувашские селения с не меньшим энтузиазмом, чем европейцы в Бразилию: здесь можно было обогащаться за счет нерусских народов.
Центром русификаторской деятельности духовенства среди народов Поволжья было «Братство святого Гурия», основанное в 1867 г. Это братство получило свое название по имени епископа Гурия, жестокого инквизитора, действовавшего среди татар в интересах русификаторской политики самодержавия. Братство святого Гурия старалось уничтожить национальное единство татар и воспитать их в духе православия и покорности самодержавию. Открывая свои школы, братство делало их опорными пунктами для борьбы против мусульманства и других религий нерусских народов, для борьбы с национальной культурой.
На Кавказе русификаторскую политику самодержавия проводило основанное Синодом в 1860 г. «Общество распространения христианства». Общество располагало целой армией миссионеров, этих, по словам В.И. Ленина, «новейших инквизиторов», «душителей религиозной свободы». Общество насаждало всюду свои школы, строило церкви, внедряло православие не только проповедью, но и силой оружия, прибегая к содействию местной администрации. Оно добивалось обрусения нерусских народов, слияния их с русскими. Национальная культура и национальный язык изгонялись. Служители культа презрительно называли национальный язык «вымирающим наречием».