В конце XVII в. царский чиновник, боярский сын Яков Елагин стал судить лиц, которые были ранее подсудны сибирскому митрополиту Павлу. Митрополит усмотрел в этом для себя «ругательство» и отлучил Елагина от церкви. Под страхом проклятия гражданам запрещено было всякое общение с опальным Елагиным, что было равносильно гражданской смерти. Елагину пришлось смириться и пойти к митрополиту на поклон. Отлучению подвергались не только рядовые чиновники, но и служилая аристократия, если она посягала на привилегии церкви. Так, в 1697 г. властный сибирский митрополит Игнатий за попытку лишить церковь доходов от судебных пошлин отлучил от церкви царского воеводу Андрея Нарышкина с семьей и стольниками. Нарышкин жаловался царю, но, не найдя поддержки, вынужден был пойти к митрополиту с повинной5.
Частые отлучения и запечатывание церквей вносило расстройство в церковную жизнь, поэтому светская власть была вынуждена ограничить право церковных иерархов прибегать к этой мере. По требованию Петра I в текст архиерейской присяги было введено обещание применять отлучение только в исключительных случаях к явным преступникам, «разорителям заповедей божьих или церковным еретикам».
Изданный при Петре I в 1720 г. Духовный регламент пытался определить меру вины, требовавшей церковного проклятия. Анафему и отлучение разрешалось применять за выступления против церкви, ее обрядов и таинств, за «презрение к церкви и безбожие, явное ругательство и посмеяние закона божьего». В дополнение к этому церковному наказанию Духовный регламент ввел еще гражданские последствия отлучения, усилив этим его значение как устрашающего акта. Лица, подвергшиеся отлучению, лишались некоторых гражданских прав, не допускались к торговым делам, они были «словно арестованные». Еще большим ограничениям подвергались лица, преданные анафеме. Духовный регламент сравнивал их с «убиенными», т.е. они лишались всех гражданских прав.
Широко использовалось отлучение и анафема в борьбе с народно-освободительным движением, с восстаниями против феодально - крепостнического гнета и самодержавия.
Крестьянская война 1667-1671 гг. под предводительством Степана Разина была стихийным протестом народных масс против феодально-крепостнической эксплуатации. В восстании принимали активное участие не только русские, но и другие народы — башкиры, татары, чуваши, мари, мордва, стонавшие под двойным гнетом, крепостным и национальным. По призыву Разина восставшие убивали помещиков и их приказчиков, «сажали в воду» царских воевод, заковывали в «железа» ненавистных им дворян, громили их имения, уничтожали крепостные акты, убивали священников. Разгромив восстание и предав его вождей «злой казни» — четвертованию, царь и патриарх шумно отпраздновали победу над восставшими. По словам К. Маркса, «царь был вне себя от радости, и по его приказу агнец божий, московский патриарх предал анафеме Стеньку (бунт его был направлен и против попов!)»6. В московском Успенском соборе в присутствии царя и духовенства отслужили благодарственный молебен по случаю разгрома восстания: «Покорал господь бог... врагов и крестопреступников». Торжественные молебствия были проведены повсеместно. Они должны были убедить народ, что на борьбу с восставшими мобилизованы не только царские войска, но и силы небесные. Чтобы внушить народу мысль о Разине как о злейшем враге царя и церкви, Разин — «пагубный волк, страх бога презревший, церковь возмутивший, крестное целование обругавший» — был предан церковной анафеме7. Однако несмотря на агитацию церкви и правительства народ сохранил память о Разине и его соратниках как о защитниках народа и борцах против феодального гнета: