В начале XX в. православные иерархи вновь прибегли к этому средству борьбы со своими противниками, на этот раз выступая против Л.Н. Толстого и его учения. Толстой вел борьбу с Синодом и всем полицейским аппаратом господствующей церкви, но он не был противником всякой религии. Подновляя церковное учение, Толстой отвергал признанную казенной церковью обрядность, чем подрывал ее устои, но взамен проповедовал новую, очищенную религию. Он звал рабочих и крестьян к «непротивлению злу насилием», т.е. к отказу от классовой борьбы.
Синод усмотрел в деятельности Толстого «нарушение мира церковного» и отлучил его в 1901 г. от церкви12. Отлучение было Синодом подготовлено еще в 1890 г., когда Толстой отказался от казенной церкви и открыто выступал против нее. Но церковники не провели сразу это решение в жизнь, опасаясь, что отлучение придаст Толстому ореол мученичества и тем увеличит число его сторонников.
Чествуя память Толстого в статье, опубликованной в газете «Социал-демократ», В. И. Ленин писал в 1910 г., через несколько дней после смерти писателя: «... святейшие отцы только что проделали особенно гнусную мерзость, подсылая попов к умирающему, чтобы надуть народ и сказать, что Толстой «раскаялся». Святейший Синод отлучил Толстого от церкви. Тем лучше. Этот подвиг зачтется ему в час народной расправы с чиновниками в рясах, жандармами во Христе, с темными инквизиторами, которые поддерживали еврейские погромы и прочие подвиги черносотенной царской шайки»13.
Отлучение преследовало цель восстановить против Толстого все темные силы реакции, разжечь к нему ненависть и вражду. Однако злобные выпады духовенства и реакционных элементов не отразились на отношении к Толстому широких масс. Как вынужден был признать обер-прокурор Синода Победоносцев, послание Синода вызвало лишь «тучу озлобления». Толстой с еще большей страстностью обличал церковь и духовенство. «Я убедился, — писал он, — что учение церкви есть теоретически коварная и вредная ложь, практически же собрание самых грубых суеверий и колдовства, скрывающее совершенно весь смысл христианского учения»14.
Казенная церковь прибегала к отлучению и для борьбы с отдельными сектами. В 1910 г. Синод отлучил от церкви и предал анафеме основателя секты иоаннитов, «братца» Иоанна Колоскова, подвизавшегося в подмосковном районе, у которого было немало сторонников среди отсталых рабочих подмосковных фабрик. Этой мерой Синод хотел приостановить рост сектантства среди рабочих и крестьян-отходников. Но репрессии по отношению к «братцу» (он подвергся аресту за устройство религиозного собрания) и предание его анафеме вызвали обратный результат, о чем с сокрушением писали московские фабриканты во главе с А. И. Морозовым московскому генерал-губернатору, настаивая на прекращении гонений на сторонников «братца» в интересах успокоения рабочих-отходников.
В 1912 г. отлучению от церкви по собственному настоянию подвергся выдающийся русский математик академик А. А. Марков (1856-1922). Марков писал, что он не усматривает существенной разницы между иконами и идолами и не сочувствует религиям, которые, подобно православию, поддерживаются огнем и мечом. Смелое выступление академика Маркова против религии и церкви было отмечено большевистской «Правдой»15.
Духовные власти грозили анафемой всем «неправославномыслящим», о чем они не раз сообщали в церковной печати и с церковных амвонов. Защищая эту меру воздействия на массы, царское законодательство лишало лиц, подвергшихся отлучению, некоторых гражданских прав, в частности отлученных не допускали в качестве свидетелей на суде.
В период борьбы с Советской властью церковные иерархи вновь обратились к анафеме как испытанному средству борьбы с революцией. Октябрьскую революцию церковь встретила с непримиримой враждебностью. Происходивший в Москве в дни захвата большевиками власти поместный церковный собор встал на путь контрреволюции и призвал к этому все православное духовенство. Под флагом защиты религии и церкви от большевиков духовенство объединилось с контрреволюционными организациями, выступавшими против молодой Советской республики. Мобилизуя контрреволюционные и малосознательные элементы на борьбу с властью Советов, церковные иерархи стали предавать анафеме Советскую власть и всех, кто ее поддерживал. В послании от 19 января 1918 г. патриарх Тихон обвинил большевиков в том, что они будто бы организовали гонения на церковь. Он предал большевиков церковному проклятию, назвав их «извергами рода человеческого». Тихон призывал верующих восстать против Советской власти, «на защиту оскорбляемой и угнетаемой церкви», и, если окажется нужным, «пострадать за дело Христово».