Из этих данных видно, что преследование за веру в 1847-1852 гг. значительно активизировалось. Наказание плетьми, ссылка в каторжные работы, в отдаленные места Сибири и Закавказья, тюрьмы — вот чем расплачивались народные массы, отказывавшие верить так, как требовали царское правительство и церковь.
Во второй половине XIX в. религиозные преследования усилились. За 1874-1885 гг. таких дел зарегистрировано 3615, а за 1886-1893 гг. — 7540. Среднее число привлеченных к суду в год составляло29:
| 1885 - 1889 гг. | 1890 - 1893 гг. | |
| За богохуление, нарушение благочиния | 277 | 452 |
| За отвлечение и отступление от православия, ереси и раскол | 165 | 450 |
| За скопчество | 37 | 22 |
Каждый год в среднем судили до тысячи человек, главным образом за выступление против церкви и религии («богохуление»), за отказ от казенной церкви и переход в разные секты. Естественно, что царский суд редко оправдывал лиц, привлеченных к суду за нежелание верить и молиться так, как требовала казенная церковь. Виновных ждала каторга, ссылка в отдаленные места Сибири.
Огнем и мечом боролись правительство и церковь против сектантов. Во многих проявлениях сектантства до 1905 г. отражался народный протест против социального неравенства, против феодально-крепостнического гнета и против официальной церкви, освящавшей этот гнет. Сектантство в те годы было одной из форм демократического движения, направленного против самодержавия и власти помещиков-крепостников. «Известен факт роста в крестьянской среде сектантства и рационализма, — писал В. И. Ленин, — а выступление политического протеста под религиозной оболочкой есть явление, свойственное всем народам, на известной стадии их развития, а не одной России»30. Поэтому В. И. Ленин считал необходимым привлекать оппозиционные элементы сектантства к борьбе с царизмом и использовать факты преследования сектантов для политической агитации.
Уже в 60-х годах XVIII в. широко распространилось антикрепостническое и антицерковное движение, направленное против господства помещиков и казенной церкви. Религиозные вольнодумцы называли казенную церковь содомом и сходбищем нечистого духа, а иконы — идолами. Они отрицали почитание святых, а священников считали слугами сатаны и злого духа. Это антикрепостническое движение под религиозной оболочкой жестоко подавлялось при содействии духовенства. В села, где распространялось это движение, вводились войска, а следствие над захваченными представителями движения вело духовенство. Так, в 1769 г. Синод вел следствие над 232 участниками такого антицерковного движения в Тамбовской и Воронежской губерниях. Сенатским приговором, вынесенным по представлению Синода, участники движения были приговорены к смертной казни. Ее заменили затем военной службой и ссылкой на крепостные работы. Жен участников этого движения отправили вместе с мужьями, а детей распределили по военным школам. Имущество осужденных поступило в казну31.
Жестоким преследованиям подвергались и последователи секты духоборов. Эта ересь представляла собой чисто крестьянское движение, в ней проявлялось недовольство крестьян социальным гнетом. Духоборы иносказательно толковали догмат святой троицы (бог-отец — память, бог-сын — разум, бог-дух святой — воля), отрицали необходимость церквей, икон, церковной обрядности, попов, угодников, монашества. Они, однако, не выступали против царя и его власти, считая, что основа зла — это не царь, а его чиновники и духовенство. Духоборчество было признано особо вредной сектой, и против нее начались массовые гонения. Так, в 1799 г. в Новгородской губернии за принадлежность к этой секте было осуждено более 30 крестьян. Их сослали в Екатеринбург навсегда в рудничные наитягчайшие работы, причем их велено было содержать на работе скованными. «Пусть они, — отмечалось в приговоре, — отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствуют ее через сие как следует». В 1804 г. духовенство села Троицкая Дубрава Тамбовской губернии пыталось при содействии полиции заставить крестьян-духоборов исполнять обряды православной церкви. Крестьяне отказались, и священник Агеев учинил над ними зверскую расправу. Крестьянам рвали усы и бороды, смазывали дегтем и секли в три кнута. Два крестьянина — Петр Добышев и Филипп Дубасов были засечены до смерти. Тело одного из засеченных духоборов крестьяне привезли в Тамбов и как протест против зверской расправы оставили в передней губернаторского дома. Участников этой политической демонстрации наказали кнутом и сослали в Кольский острог, а их имущество отобрали в казну32. В 1807 г. за переход в духоборчество приговорили к смертной казни двух казаков войска донского — Прокудина и Артемьева. Смертный приговор им был заменен затем вечным заключением в Соловецкий монастырь33. Чтобы изолировать духоборов от остального крестьянского населения и усилить контроль за ними со стороны священников и полиции, их ссылали из центральных губерний в Крым и Закавказье. В конце XIX в. свыше трехсот духоборов за отказ служить в царской армии и сожжение оружия было отправлено в бессрочную каторгу в Якутию. Многие крестьяне во время насильственного переселения гибли, многие, спасаясь от преследования, бежали в Канаду и другие страны.