Жестоким преследованиям подвергались и молокане. Основателем секты молокан был крестьянин села Уварово Борисоглебского уезда Тамбовской губернии Семен Уклеин. Молокане отрицательно относились к крепостничеству, но не к царской власти. Они считали, что все зло идет от чиновников и духовенства. Они признавали свободу человеческой природы и равенство всех, независимо от состояния, выступали против церковных обрядов и духовенства. Молоканство получило широкое распространение особенно в среде государственных и помещичьих крестьян, а также среди городских элементов. В 30-х годах XIX в., по официальным данным, их насчитывалось около 200 тысяч. Карательными действиями против молокан отличался тамбовский епископ Арсений. Он заточал упорствующих сектантов в монастыри, закрывал их школы, разрушал семьи, содействовал массовому выселению в Закавказье. Молоканам не разрешалось иметь в услужении православных, равно как самим служить у православных, им не давали паспортов для поездок по торговым и иным делам. Этими мерами правительство и церковь пытались ограничить распространение сектантства. С другой стороны, в XIX в. вожаками сектантства становились буржуазные элементы, влияние секты на крестьянские массы уменьшилось, сами сектанты становились более лояльными по отношению к самодержавию.
В некоторых сектах отразилось недовольство крестьян грабительской крестьянской реформой 1861 г. Эти секты возникли вскоре после того, как правительство подавило активный протест крестьян против их ограбления, выразившийся в массовых крестьянских восстаниях. Так, в 1866 г. среди крестьян Пермской губернии широкую известность получила секта, основанная крестьянином Адрианом Пушкиным. Он призывал крестьян не платить выкупные платежи за землю, что, естественно, нашло горячую поддержку. Секта была разгромлена, многие крестьяне подверглись суровым наказаниям, а ее основатель был сослан в Соловецкий монастырь, где пробыл с 1866 по 1882 г.
В 1868 г. среди крестьян ряда деревень Сарапульского уезда была популярной секта иконоборцев. Наряду с. отказом поклоняться иконам и исполнять церковные обряды сторонники этой секты отказались платить выкупные платежи и другие повинности. Как доносил вятский епископ, они «неблагоговейно и злочестиво выражались о царе». При содействии епископа секта была разгромлена, в острог попало свыше двухсот ее сторонников34. Духовенство разогнало также братство людей божиих, возникшее в 1868г. Последователи этой секты требовали земельного передела и справедливого раздела земли.
Подрыв православной веры, русской народности и самодержавия церковь и правительство усматривали и в секте штундистов. Штундисты не признавали царя за помазанника божия, а власть считали злом, уклонялись от военной службы, агитировали за имущественное равенство. Представители церкви обвиняли последователей секты в том, что они воспитывают народ в духе неповиновения властям, подрывают веру в божественное происхождение царской власти, сеют недовольство церковью и духовенством. Штундистов ссылали на каторгу, в ссылку, отбирали у них детей и помещали в монастыри для воспитания в «православном духе»35.
В качестве примера расправы с этой сектой приведем такой эпизод, о котором сообщалось на орловском миссионерском съезде в 1901 г. В 80-х годах XIX в. по настоянию местного священника штундистов заперли в церкви, принесли стол, покрыли скатертью, поставили икону и стали подводить к ней. Тех, кто отказывался приложиться, пороли тут же, в церкви36. Одобряя эти меры, духовные власти считали, что карательные действия помогают казенной церкви укреплять ее господство над народом. Многим сектантам запрещалось отлучаться с места жительства, приобретать и арендовать земельные участии, их лишали права выбора в сельские общества. Сектантов выселяли в административном порядке, ссылали в Сибирь и Закавказье, а наиболее опасных заключали в монастырские тюрьмы.