Московских еретиков судил церковный собор 1504 г. По настоянию собора наиболее активных еретиков — Ивана Волка, Михаила Коноплева и Ивана Максимова сожгли в клетке в Москве, а Некраса Рукавова — в Новгороде, предварительно отрезав ему язык. Духовные инквизиторы во главе с митрополитом Симоном настояли еще на сожжении юрьевского архимандрита Кассиана. Его брат Иван Черный бежал «в немцы».
Кровавый террор против участников антицерковного движения на этом не закончился. Иосиф продолжал выискивать их и предавать их суровому наказанию. Уступая Иосифу, царь Василий Иванович, как сообщает летопись, велел оставшихся еретиков «в темницы вметати до конца живота их».
После расправы с еретиками на соборе 1504 г. Иосиф стал знаменем воинствующей церкви — «презлых иосифлян», боровшихся с участниками антицерковного движения посредством духовного и светского меча. За заслуги перед светской властью и церковью Иосиф в 1591 г. был объявлен общерусским «святым».
После Иосифа во главе церковников, настаивавших на казнях противников церкви, стал московский митрополит Даниил. Пытаясь теоретически обосновать необходимость таких казней, Даниил в своих проповедях приводил слова Иоанна Златоуста, оправдывавшего казнь «по воле божьего человеколюбия», а также епископа Емесского Евсевия, учившего, что «убийство бога ради несть убийство». В обоснование своих инквизиционных взглядов Даниил ссылался и на блаженного Федорита, говорившего, что и Моисей велел убивать лжепророков. Даниил, как настоящий инквизитор, предлагал сеять вражду и раздоры среди противников церкви — «богонаученное коварство», чтобы с ними легче было разделаться. Участников антицерковного движения Даниил называл «хулителями имени божьего». Он доказывал, что еретики — враги не только церкви, но и государства. Запрещая общение с еретиками, Даниил старался вызвать к ним чувство «совершенной ненависти». Он убеждал правящие классы «воззревать против врагов божьих» (так он называл сторонников антицерковного движения) «божественной ревностью и проявлять к ним праведную ярость»7. Он подчеркивал также, что право судить еретиков и присуждать их к суровым наказаниям принадлежит церковной власти. Обязанность же светской власти — беспрекословно выполнять решения церковных соборов и церковных иерархов8.
Церковь обрушила свой меч и на так называемых нестяжателей Максима Грека и Вассиана Патрикеева. Максим Грек раньше сам выступал за смертную казнь еретикам. Так, он умолял церковный собор предать смертной казни Исаака Жидовина, смутившего, по его словам, Христову паству9. Но он был противником церковного землевладения и беспощадной эксплуатации трудившихся на церковно - монастырских землях крестьян. Вассиан Патрикеев, стоявший во главе боярской оппозиции, также обличал стяжательство монастырей, ибо владение землей, по его словам, развращает монахов, заражает их «ненасытным сребролюбием». В своих произведениях Вассиан писал об эксплуатации монастырских крестьян, которые, по его словам, жили в последней нищете.