Одним из средств борьбы против развивающегося атеизма духовные власти считали усиление борьбы с социализмом. С этой целью в рабочих районах открывались специальные общества и миссии, где пропагандировались христианские взгляды на свободу и равенство, причем в угоду времени к интересам религии приспосабливалось даже учение об эволюции.
Наиболее непримиримые представители церкви призывали к открытой борьбе со всеми, защищавшими право на свободу совести. Так, профессор Киевской духовной академии священник Лященко взывал: «Все на врага! Вы, стоящие на страже господней, бейте тревогу! Воины, быстрее за оружие. Вот меч, вот шлем, вот щит! Тесней вокруг знамени, вперед на врага Христа!»41
Падение религиозности беспокоило не только духовные власти, но и помещиков, видевших в религии одно из средств увода крестьянских масс от революционной борьбы. Защищая интересы дворян - помещиков, орловский предводитель дворянства М. А. Стахович выступил еще в 1901 г. на орловском съезде с требованием отменить карательные меры за исповедание веры, предоставить народным массам свободу совести. Стахович говорил, что православная церковь, применяя насилие, сама становится частью государственного аппарата, что насилия растлевают самую православную церковь42. Выступление стаховичей, заинтересованных в «прочности религии», было разоблачено В. И. Лениным. Он показал, что стаховичи меньше всего интересовались свободой совести для народа, а защищали собственные интересы, «чтобы им можно было по - прежнему «есть сытно, спать спокойно и жить весело» на чужой счет»43.
В период революционных событий 1905-1907 гг. социальный протест в сектантском движении XVIII-XIX ее. в значительной части уже исчез. Теперь сектантские вожаки убеждали своих единомышленников не примыкать к революционно настроенным массам, не участвовать в классовой борьбе. Они защищали царизм и требовали незыблемой монархии. Собравшись в июле 1905 г. на первый всероссийский съезд, молокане заявили о своих верноподданнических чувствах, заверяя самодержавие в своей лояльности. Такие же решения принимали на своих съездах баптисты, евангельские христиане и представители других сект, где главенствовали буржуазные элементы. В октябре 1905 г. руководители сект подписали политическую платформу «Союза свободы, правды и миролюбия» с требованием «незыблемости» монархии. О политической благонадежности сектантов говорили и полицейские органы. Синод также вынужден был признать, что сектанты лояльно относятся к правительству и их нельзя обвинять в проповедовании каких - то «социалистических принципов», в чем их обвиняли прежде. Правительство было вынуждено пойти на ряд уступок по отношению к старообрядчеству и некоторым сектам, во главе которых стояли купцы и фабриканты.
В годы первой русской революции развернулось широкое демократическое движение за свободу совести, за отделение церкви от государства и школы от церкви. Царское правительство в страхе перед революцией было вынуждено отказаться от непримиримости к неправославным и нехристианским религиям и предоставило некоторые права иноверцам. Однако указами от 17 апреля и 17 октября 1905 г. переход из христианской религии в нехристианскую запрещался по-прежнему, насилие над верой и совестью граждан не прекращалось.
В западных губерниях 150 тысяч униатов числились православными; обращены они были в православие еще в 70-х годах XIX в. при помощи драгунской нагайки и удерживались в православии суровыми полицейскими мерами и уголовными процессами. Церковь и правительство считали православными также 30 тысяч насильственно обращенных латышей. Сами же латыши считали себя протестантами44. После опубликования указа от 17 апреля 1905 г. свыше 200 тысяч человек оставили насильственно навязанное им православие (170 тысяч в западном и юго-западном крае, 36 тысяч в Татарии и 11 тысяч в прибалтийских губерниях). Отпадение от православия продолжалось и после 1905 г., несмотря на ограничительные меры, и за период с 1905 по 1910 г. от православия отошло 316,8 тысячи человек45. Этот процесс Синод пытался объяснить экономической зависимостью крестьян и безземельных батраков от помещиков (католиков и лютеран) и воинствующим характером католической пропаганды. На самом же деле в отпадении от православия проявлялся протест народных масс против их религиозной закабаленности. Борясь с этой формой протеста, Синод обвинял лиц, порвавших с православием, в том, что они потеряли связь с русским народом, враждебны русской национальности и русской государственности.
Татары Поволжья, насильственно обращенные в православие, также порывали связь с официальной церковью и переходили в мусульманство. Уже после издания указов о так называемой религиозной веротерпимости административные ограничения по делам о вере продолжались. «Совращение» из православия, т.е. пропаганда неправославных религиозных учений, наказывалось в уголовном порядке, а за распространение в печати материалов против господствующей церкви заключали в крепость сроком до одного года. Указом от 17 октября была объявлена религиозная амнистия, однако положение людей, сосланных на каторгу и в ссылку за выступления против казенной церкви, не было облегчено. Лицемерный характер царских указов о свободе совести был разоблачен в большевистской листовке «Царская свобода совести».