В годы реакции, наступившей после подавления революции 1905-1907 гг., были аннулированы и те немногие льготы, которые предоставлялись неправославным и нехристианским народам указами о веротерпимости. Наступление на совесть граждан усилилось. Требуя отмены этих указов, духовные власти говорили, что они вырваны у самодержавия «безрелигиозными элементами», что это ловкий подкоп крамолы под устои самодержавия. Они жаловались, что из-за этих законов православная церковь перенесла великие бедствия, что из-за них упала религиозность народа. Для разработки мероприятий против свободы совести в июле 1908 г. после длительного перерыва в Киеве был созван очередной миссионерский съезд, на котором присутствовало свыше шестисот представителей духовенства, в том числе 3 митрополита и 32 епископа. Это был съезд воинствующего духовенства, пытавшегося драконовскими мерами задушить свободомыслие в области религии и лишить гражданских прав тех, кто выступал против казенной церкви. Съезд принял меры против отпадения в католичество и лютеранство, а также против распространения социал-демократических идей. Наиболее опасным врагом религии съезд считал революционный марксизм. На следующем миссионерском съезде, собравшемся в 1911 г., присутствовало около тысячи представителей духовенства во главе с обер-прокурором Синода Извольским. Церковники требовали возврата к старым методам борьбы с религиозным индифферентизмом, с «инаковерующими». В связи с усилением национально-освободительного движения и массовым отпадением от казенной церкви особое совещание миссионеров, на котором присутствовал премьер-министр Столыпин, настояло на применении полицейских мер для укрепления христианства, для борьбы с мусульманством и стремлением народов нерусской национальности к национальной культуре и самостоятельности.
Значительную миссионерскую деятельность развивали и монастыри, особенно в Казанской губернии и юго-западном и западном краях, где борьба велась преимущественно против католического влияния. В 1914 г. намечено было открыть высшее миссионерское духовное заведение по примеру таких же заведений при Ватикане. Но ватиканские миссионерские школы готовили миссионеров для распространения католичества за границей, православные же миссионеры должны были бороться с сектантством в пределах царской России.
Против свободы совести ополчились не только миссионеры, но и рядовые священники. В деревнях и рабочих поселках организовывались церковно-приходские попечительства, приходские советы, кружки ревнителей православия, где подвизались черносотенные элементы.
Уход от казенной церкви рассматривался как «натиск» на православие, как попытка его расшатать, а заодно разрушить и самодержавие46. Опасаясь отхода масс от религии и роста революционного движения, царское правительство пыталось пойти на некоторые уступки неправославным религиям и с этой целью подготовило проект закона о свободе совести. Царские чиновники доказывали духовным властям, что евангелисты лучше социалистов, духовные гимны лучше революционных песен, Евангелие лучше «Капитала» К. Маркса47.
Но духовные власти настаивали на сохранении жестоких законов о вероисповедании. Выступая в ноябре 1911 г. в Государственном совете против законопроекта о свободе совести, варшавский архиепископ Николай и новгородский архиепископ Арсений заявили, что задача православной церкви - обрусить и опровославить все нерусское и неправославное. Они говорили, что закон о свободе совести разрушит союз между самодержавием и церковью. Под влиянием Синода законопроект был отклонен. Через два года законопроект вновь обсуждался в Государственной думе. И на этот раз Синод протестовал против смягчения религиозной нетерпимости, считая, что эта мера вызовет возмущение народной совести и потрясение государственных основ. Он настаивал на предоставлении казенной церкви исключительных прав и на сохранении карательных мер против тех, кто пытался выйти из этой религиозной кабалы.