В действительности было не так. Церковь в союзе с самодержавием была гонительницей просвещения народа и насаждала невежество и мракобесие. Просвещение использовалось для оправдания крепостнических порядков и эксплуатации народа. Правительство и церковь старались помешать распространению грамотности, воспитать народ в духе преданности самодержавию и религии, увести его от революционной борьбы. Православная церковь признавала только такое просвещение, которое было основано на религии. Просвещение же, не освященное благодатным влиянием религии, говорили ее представители, скорее пагубно, чем полезно. Относясь враждебно к просвещению народа и развитию отечественной науки, церковь часто была инициатором травли наиболее талантливых ученых и прогрессивных учителей. Она тормозила развитие просвещения и науки, добивалась уничтожения книг передовых ученых.
Уже в древней Руси церковь выступала в роли гонительницы просвещения и науки. На церковных соборах XIV - XVII ее. рассматривались и утверждались индексы запрещенных книг. Древнейший церковный памятник — Кормчая книга — за чтение таких книг назначала церковное проклятие. Книги, признанные вредными, предлагалось сжигать на теле лиц, у которых они были обнаружены. Особенно ненавистны были духовным властям книги, пришедшие с Запада. Стремясь сохранить в неприкосновенности господствующую религиозную идеологию, освящавшую крепостнический строй и эксплуатацию народа, духовные власти боролись с проникновением в Москву западноевропейских идей, уничтожали привезенные оттуда книги, а распространителей этих идей и хранителей запрещенных книг подвергали жестокой казни. При Иване III за хранение и чтение иностранных книг в Москве сожгли в деревянной клетке князя Лукомского вместе с переводчиком Матиасом Ляхом, обвинив их в чародействе и злом умысле. Тогда же как колдуна, знавшегося с нечистой силой, казнили врача-иностранца Антона Эренштейна, а в 1580 г., в царствование Ивана IV, сожгли как «лютого волхва» придворного врача-иностранца Бомелия.
Нетерпимость к просвещению и науке проявлялась духовными властями и в XVII в. При царе Федоре Алексеевиче хотели сжечь голландского фельдшера Квиринуса по обвинению в волшебстве. Боярина Артамона Сергеевича Матвеева за его пристрастие к книгам в 1676 г. обвинили в чародействе и сослали в Пустозерский монастырь. При организации в 1687 г. «рассадника просвещения» — Славяно-греко-латинской академии на нее возложили обязанность наблюдать, чтобы иностранцы не производили «противностей» православной церкви. Инквизиторы академии должны были сжигать еретические, гадательные и «богохульные» книги, а лиц, виновных в их распространении, доставлять для наказания в «градский» суд.
В XVIII в., укрепляя власть помещиков-крепостников, правительство прикрывалось модным в то время лозунгом «просвещения». Но к просвещению правительство и духовное ведомство продолжали относиться с крайней враждебностью, подвергая гонениям прогрессивных мыслителей и ученых. Уже в начале XVIII в. авторов и распространителей сочинений против церкви предлагалось допросить с «очисткой» и прислать в Синод с расспросными речами. Даже Академия наук не была свободна от бдительного контроля представителей церкви. Они проверяли ее издания, выискивая в них места «сумнительные и противные христианским законам, правительству и добронравию». По их настоянию в 1743 г. был изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовные цензоры умудрились найти сведения о планетах, «к соблазну народному склонные». Они возражали также против предпринятого Академией наук издания русских летописей — этого ценнейшего источника для изучения русской истории. По отзывам духовных цензоров, в летописях содержится «много лжи явственные».