Ненависть Синода и духовенства вызвал и великий русский ученый М. В. Ломоносов, исследования которого подрывали основы религии. Ломоносов отвергал церковное учение о неизменности природы и создании ее богом. «Напрасно думают, — писал он, — что все, как видим, сначала творцом создано. Таковые рассуждения весьма вредны приращению наук. Легко быть философом, выучив три слова: бог так сотворил, — и сие дая в ответ вместо всех причин»3. Ломоносов высмеивал тупость и невежество духовенства, выступавшего против науки. В 1740 г. по инициативе Ломоносова была издана книга французского ученого, академика Фонтенеля «Разговор о множестве миров», в которой в популярной форме излагались научные данные астрономии, шедшие вразрез с религиозными мифами о создании мира. Синод признал книгу Фонтенеля «противной вере и нравственности»; книгу изъяли и уничтожили. Раздраженный выступлениями М. В. Ломоносова против религии и церкви, Синод хотел помешать его научной деятельности. Он требовал, чтобы произведения Ломоносова были сожжены, а сам Ломоносов был отослан в Синод «для увещания и исправления»4. Нападки Синода не запугали Ломоносова, он продолжал настаивать на свободе научных исследований, требовал, чтобы духовенство «не привязывалось» к науке и не ругало ученых в своих проповедях.
В 1756 г. Московский университет хотел издать философскую поэму выдающегося английского писателя Александра Попа (1688-1744) «Опыт о человеке». В этой книге автор выступал против средневековых научных взглядов о строении вселенной. Естественно, это вызвало резкие нападки духовных цензоров, которые нашли в книге «зловредные идеи Коперника о множестве миров, противные Священному писанию», и книга была запрещена. «Исправление» книги поручили московскому митрополиту Амвросию. Тот переделал поэму Попа, заменив стихи, в которых говорилось о множестве миров и коперниковской системе, своими стихами. В таком искаженном виде книга и была издана в 1757 г.
Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный ученый, профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Аничков отвергал божественное происхождение религии и обвинял духовенство в невежестве и шарлатанстве. Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте. Другой профессор Московского университета, И. Мельман, за критику им религии и церкви по доносу московского митрополита Платона был отстранен от преподавания и отправлен в Тайную канцелярию, где его подвергли пыткам. Затем ученого выслали в Восточную Пруссию. В припадке безумия он покончил с собой.
Ненависть духовного ведомства вызвала деятельность выдающегося русского просветителя Н. И. Новикова, сумевшего за короткий срок издать много книг по всем отраслям знания. В книгах резко критиковались религиозный фанатизм и суеверия. По доносу Петра Алексеева, протоиерея московского Архангельского собора, Новикова арестовали, а изданные им книги конфисковали. За оппозиционное отношение к самодержавию, за активную просветительную деятельность и критику религии и церкви Новикова как опасного государственного преступника заключили в Шлиссельбургскую крепость, откуда он вышел только через 15 лет, после смерти ненавидевшей его Екатерины.
Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н. Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все еще опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.