Передовые учителя пытались разоблачить ложь религиозного толкования явлений природы, дать детям зачатки научного представления о мире. Но эти попытки встречали противодействие со стороны духовенства. Представители церкви писали доносы на прогрессивных учителей, добивались их увольнения. Они говорили: «Пусть дети лучше останутся темными людьми, но добрыми христианами и верными сынами царя и отечества, чем будут грамотными, но напитанными ядом революции»7. Особую ненависть вызвала пропаганда в школе идей дарвинизма. Священники внушали детям, что Дарвин — богоотступник, который восстал против Священного писания, что теория Дарвина — еретическая, так как она противоречит Библии. Священники запрещали пользоваться учебными пособиями — картинами по географии, зоологии, даже глобусом, ибо школа должна развивать не ум, а сердце и религиозность.
Выступая в Государственной думе против ассигнования средств на содержание духовных школ, большевики разоблачали реакционную деятельность православной церкви в деле просвещения народа. Они говорили, что попы стараются воспитать в школе забитых рабов, затемнить народное сознание, что крестьянину, как и рабочему, нужно не поповское, а подлинное образование. Церковно-приходские школы они называли «духобойнями» и требовали сдать их в музеи как памятники народного невежества, одурманивавшие народ в интересах самодержавия к церкви.
Реакционные цели преследовались самодержавием и в средней школе. Учеников воспитывали «в духе истин религии, уважения к правам собственности». Древние языки и закон божий не оставляли времени на естественные науки. Писатель А.Серафимович, вспоминая свои ученические годы, писал: «Нас душили в гимназиях латинским, греческим, законом божьим, давили всем, лишь бы задушить живую душу»8
Духовные власти рассчитывали, что преподавание закона божьего спасет учеников от религиозного индифферентизма, от неверия. Поэтому закон божий считался главным предметом, его учили во всех классах, начиная с приготовительного. Для религиозного воспитания использовались и другие предметы школьной программы — русский язык, история, законоведение и др. Представители церкви превозносили значение православной церкви в истории России, расхваливали «любовь» духовенства к народу, говорили, что русскому народу якобы свойственна особая религиозность. Они затушевывали роль классовой борьбы в истории общества, разжигали национальную и религиозную рознь.
Религиозная идеология в школе насаждалась полицейскими мерами. От учителей требовалось, чтобы они поддерживали антинаучные религиозные взгляды. Изучение естествознания и других точных наук, говорили священники, действует отрицательно на нравственность молодежи. Спасение от неверия видели в пропаганде религиозной идеологи. Ученики и учителя обязаны были регулярно ходить в церковь, исповедоваться, принимать участие в церковных службах, в церковном хоре. За ними существовал неослабный надзор; учеников, пренебрегавших церковными обязанностями, изгоняли из школы как неблагонадежных. Изгонялись и прогрессивные учителя, которые пытались внести в преподавание живое слово, познакомить учеников с подлинной наукой.
Засилие религиозных взглядов вызвало протест со стороны учащихся, особенно сильно он проявился во время первой русской революции. Ученики отказывались посещать церковные службы, говеть, настаивали на исключении из школьной программы закона божьего, уничтожали ненавистный им «Катехизис» Филарета. Они открыто проявляли неуважение к священникам, требовали удаления из школ наиболее реакционных из них. Несмотря на господствовавший в школе «классический кошмар» и полицейский террор, в школу стали проникать учение Дарвина, революционные идеи. Учащиеся стали понимать, что религия и церковь поддерживают самодержавие и что священники - злейшие враги народа. Среди учащихся появилось отрицательное отношение к церкви и религии. Это вызвало усиление террора со стороны духовных властей, особенно после подавления русской революции 1905 г. Пытаясь изгнать из школы революционный дух, духовное ведомство стало усиливать в ней «церковность». В школе опять безраздельно господствовали религиозные представления о происхождении мира и человека, из школьной программы исключалось все, что противоречило религиозному представлению о мире. На языке священников это называлось борьбой с «нравственной дряблостью».