Против развития отечественной науки был и московский митрополит Филарет. Он осудил лекции выдающегося русского естествоиспытателя К.Ф. Рулье (1814-1858), отстаивавшего материалистические принципы в биологии, и обвинил его в том, что он подрывает веру в библейские мифы о сотворении мира. Преследование выдающегося ученого привело его к преждевременной смерти16. Гонениям со стороны Филарета подвергся и другой выдающийся ученый - историк, профессор Московского университета Т. Н. Грановский. Его обвинили в том, что он оказывает вредное влияние на студентов, так как в своих лекциях по истории он не упоминал о роли божественного промысла в историческом процессе. Под цензурным запретом были произведения выдающегося представителя русского материализма А.И. Герцена, который в страстных и гневных словах разоблачал реакционную сущность православной церкви, защиту ею самодержавия и помещиков, враждебное отношение церкви к развитию отечественной науки. В 1893 г. была сделана попытка издать в России сочинения А. И. Герцена, но из четырех тысяч страниц его сочинений цензурой было вымарано больше трех тысяч, и издание не увидело света. Причиной запрещения, как писали защитники духовного ведомства, был «атеизм А. И. Герцена и его социальные идеи». Представители духовного ведомства, добиваясь запрещения произведений А. И. Герцена, выпускали против него грязные книжонки, в которых называли Герцена «богоотступником и врагом христианской веры, противником православия».
С большой враждой встретили духовные власти учение великого английского ученого Чарльза Дарвина, основоположника материалистического учения о происхождении видов, нанесшего сокрушительный удар по религии. Дарвин-де и его последователи подрывают основы религии, не оставляя места для нравственности. Труды Ч. Дарвина преследовались и уничтожались. В 1890 г. была предпринята попытка познакомить русских читателей с книгой, популяризовавшей идеи Дарвина: «Чарлз Дарвин и его учение». Эту книгу духовные цензоры назвали «катехизисом материалистического отрицания религиозных идей». Она была запрещена. В 1895 г. за материалистический характер запретили книгу Ч. Дарвина «Происхождение человека и половой отбор». Не увидели русские читатели и книгу Сюдекума Альберта о жизни и учении Дарвина. Ее признали антирелигиозной и уничтожили17.
Борясь против учения Дарвина, духовные власти не ограничивались запрещением произведений Дарвина, книг и статей, популяризовавших его взгляды. Они выступали против дарвинизма в своих проповедях, печатали статьи в журналах, книги, направленные против Дарвина и его учения. Называя учение Дарвина «богохульным», они пытались доказать его «ненаучность», обвиняли Дарвина в том, что он разрушает нравственность. Духовные цензоры писали, что между эволюционной теорией и христианством существует противоречие самое серьезное, самое коренное, что учение Дарвина отрицает то, что составляет самую сущность религии.
Духовная цензура осуждала также материалистические идеи Эрнеста Геккеля (1834-1919) — крупнейшего немецкого ученого, естествоиспытателя и последователя Дарвина. В своих трудах Геккель клеймил идеализм и церковное мракобесие, вскрывал реакционную роль церкви, разоблачал религиозные суеверия, а руководителей церкви называл «бессовестными шарлатанами и обманщиками». По настоянию духовенства произведения Геккеля попали в черные списки. Так, в 1873 г. запрещению подвергся труд Геккеля «Естественная история мироздания», ниспровергавший основы религии, особенно потому, что автор развивал в нем материалистическое учение о мироздании и, как считали духовные цензоры, глумился над библейскими сказками о происхождении мира и человека. В 1879 г. в списках оказалась и его «История племенного развития организмов», в которой излагалась эволюционная теория; книга была сожжена. В 1902 г. сожгли и всемирно известную книгу Э. Геккеля «Мировые загадки». За беспощадную критику идеализма и поповщины, за «дерзкие выходки против высочайших предметов христианского почитания» эта книга числилась в черных списках еще в 1916 г.18
Опаснейшим врагом религии считали и крупнейшего материалиста домарксова периода Людвига Фейербаха (1804-1872). Работы Фейербаха «О сущности религии», «История новой философии», «Теогония», «Мысли о смерти и бессмертии», «Сущность христианства» считались цензорами разрушительными для религии и христианства, так как в них критиковались библейские сказания о создании мира, человека, жизни на земле, о бессмертии души, разоблачалось религиозное мировоззрение. Еще в 1907-1910 гг. по настоянию духовных цензоров произведения Фейербаха, подрывавшие устои религии, уничтожались. Опасаясь разрушительной силы идей философа, цензурное ведомство, защищавшее интересы православной церкви, не разрешало излагать взгляды Фейербаха даже в журнальных статьях.