Нелегко приходилось и тем противникам официальной церкви, которым смертная казнь заменялась другим наказанием. Это наказание нередко было горше смерти. Например, Ивана Яковлева в 1753 г. за его «злодейственные богопротивные вины» нещадно били кнутом и, вырезав ноздри, сослали в ручных и ножных кандалах в тюрьму Соловецкого монастыря. В случае произнесения «непристойных слов» монастырские тюремщики обязаны были вкладывать ему в рот кляп34. Крестьянина костромских вотчин князя Куракина Дмитрия Белова за непринятие им икон и отказ посещать церковь подвергли в 1751 г. трехкратной пытке и сослали в Рогервик в каторжные работы навечно35. За отказ признавать святых и неверие в чудеса хотели сжечь в 1762 г. крестьянина села Большое Мартово Нижегородского уезда Петра Гаврилова, следствие над ним производила Астраханская духовная консистория. Смертную казнь ему заменили наказанием кнутом и ссылкой на Нерчинскую каторгу36.
Поддерживая официальную церковь, правительство беспощадно расправлялось с теми, кто выступал против нее, кто добивался свободы совести. В 1721 г. по случаю окончания Северной войны и заключения мира со Швецией была объявлена амнистия по всем преступлениям, но по настоянию Синода осужденных за выступления против церкви не амнистировали.
Террор церкви по отношению к церковным противникам наносил немалый ущерб интересам государства. Тысячи раскольников и других «врагов церкви» томились в тюрьмах, предавались смерти. Спасаясь от преследований, они покидали заводы и села. Помещики и заводчики пытались добиться смягчения террора, но наталкивались на сопротивление Синода и его представителей. Управляющий Олонецкими заводами де Геннин писал Петру I, что он опасается от новгородского архиерея Иова «погубления». Он просил освободить от заточения мастера Семена Денисова, «годного в сыске руд и радетеля в заводской работе», а также прекратить преследования заводских людей — раскольников «во избежание остановки» завода. Но ходатайство де Геннина не было удовлетворено — террор продолжался37.
В 1763 г. возник вопрос о предоставлении некоторых льгот раскольникам, бежавшим за рубеж, чтобы побудить их вернуться на родину, однако группа влиятельных архиереев во главе с петербургским митрополитом Гавриилом и крутицким епископом Амвросием предостерегала правительство о гибельности для церкви послабления в области религиозной свободы. Напомнив, что в России было принято «разноверцев всячески истреблять», эти иерархи старались запугать правительство, что от послабления раскольникам «церковь может разодраться на двое»38. В Уложенной комиссии 1767 г. церковники продолжали настаивать на применении суровой казни к раскольникам и разорении их жилищ и церквей39.
Одним из следствий кровавого террора по отношению к раскольникам было их самосожжение, принявшее большие размеры в XVII-XVIII ее. Самосожжение часто объясняется причинами мистического характера, проповедью, будто «мир во зле лежит», верой в пришествие царства антихриста, желанием очиститься от следов злого царства, совершить искупительную жертву огнем. Эта же идея легла в основу замечательной картины художника Г. Г. Мясоедова «Самосожигатели», в которой с большой силой изображена толпа раскольников вместе с женами и детьми, мечущихся в пламени, а среди них суровый старец — виновник самосожжения. Такой взгляд на самосожжение давал церковным писателям повод говорить о том, что самосожжение - результат деятельности особой секты, считавшей самосожжение необходимым условием духовного спасения. Это, однако, неправильно. Самосожжение, особенно в начале его распространения, не было догматом какой-нибудь секты, в нем проявлялось крайнее отчаяние людей, затравленных беспощадным преследованием со стороны правительства и церкви.
Одно из первых массовых самосожжений раскольников произошло в 1676 г. в Пошехоновской волости Белосельского уезда. Здесь сожглись «очарованные волшебством от раскольнических учителей» 1920 человек. В 1679 г. на реке Березовке в Тобольском крае по инициативе раскольнического чернеца Иванища и попа Домициана сожглось около 1700 раскольников. Жалуясь на притеснение духовных властей и приказных людей, крестьяне писали, что священники держат их без одежды на морозе и что если их не избавят от разорения, то они готовы «в огне сгореть»40. В 1683 г. розыск раскольников в селе Федове Новгородского края производил монастырский старец строитель Рафаил «нещадным битием, пытками и казнями смертными». Розыск привел к великому разорению крестьян. Помещик князь Долгоруков считал, что Рафаил мстил крестьянам за отказ давать ему деньги по его требованию. В 1687 г. массовое самосожжение было в местечке Березово Олонецкого уезда. До тысячи раскольников, видя «лютое нападение, суровое свирепство и звериную наглость» инквизиторов, предали себя огню. Инквизиторы хотели взять раскольников живыми и отправить к епископу на мучение, но они предпочли смерть от огня41. Церковь и правительство жестоко расправлялись с людьми, считавшимися организаторами сопротивления раскольников. Их подвергали трехкратному допросу под пыткой, затем сжигали в срубе, а пепел развеивали.
О массовом самосожжении раскольников под влиянием гонений свидетельствует сводный старообрядческий «синодик»; только за 1667-1700 гг. этой мучительной казни предали себя 8834 человека42. О самосожжении как результате отчаяния подвергавшихся гонениям людей повествует и старообрядческий стих того времени об антихристе. Стих призывал раскольников не сдаваться «духу нечистому — злому антихристу» и предпочесть смерть отказу от старой веры, обещая за это царство небесное:
Не сдавайтесь вы, мои светы, Тому змию седмиглаву. Вы бегите в горы, вертепы. Вы поставьте там костры большие, Положите в них серы горючей, Свои телеса вы сожгите43.
В XVIII в. самосожжение, хотя и не в таких больших размерах, продолжалось. Это была крайняя форма социального протеста против феодально-крепостнического гнета, для подавления которого правительство посылало воинские команды с участием представителей церкви. Так, тобольский митрополит Антоний в 1722 г. уговаривал раскольников Абацкой слободы «отдать кесарю кесарево», т.е. платить исправно подати, но раскольники отказались повиноваться увещеваниям митрополита. Его посланцев они предупреждали: «Аще вы нас погоните, мы в руки живы не дадимся, бересты и смолы и дрова и солома и пороху с пуд приготовлено»44. По тем же причинам сожгли себя в 1732 г. 210 раскольников около Олонца. В том же году решили подвергнуть себя сожжению крестьяне - раскольники деревень на реке Вышме Тобольской губернии. Тобольский митрополит Антоний выслал для «увещевания» воинскую команду с соборным протопопом Иваном Соболевым и иеродиаконом Иоанникием Павлоцким. Но крестьяне, зная, что за увещеваниями последуют пытки и казни, предпочли сжечь себя. В огне сгорело свыше двухсот человек.
Много зла причинил исетским раскольникам челябинский протоиерей Флоринский, жестоко преследовавший раскольников и разорявший их хозяйства. Раскольники, не желавшие отказаться от своей веры, по требованию Флоринского были отправлены в 1751 г. в кандалах в Тобольск. Боясь преследований, они притворно отказались от своей веры, и им разрешили вернуться на родину. Не видя возможности исповедовать свою веру и страшась новых гонений, они решили себя сжечь. В огне сгорело 64 человека45. Исетская канцелярия, опасавшаяся разорения работных людей и остановки заводов, запретила высылать раскольников по требованию духовного начальства на допросы, что вызвало с его стороны энергичный протест. В Ялуторовске карательную экспедицию против раскольников возглавлял протопоп Калиновский. Его действия вызвали массовые жалобы крестьян. Они заявляли, что сожгут себя, если их не избавят от этого инквизитора. Жестокие преследования терпели крестьяне - раскольники от наместника Далматова монастыря Митрофана, челябинского заказчика попа Петра Словинского, настоятеля тюменского Троицкого монастыря архимандрита Иосифа и игумена Троицкого Рафаиловского монастыря Александра. Эти преследования вызвали ряд самосожжений.