Инквизиторской жестокостью по отношению к противникам государственной церкви проникнут и «Духовный регламент», составленный архиепископом Феофаном Прокоповичем и утверждённый Петром в 1720 г. Людей, порвавших с официальной церковью, Духовный регламент называет «лютыми неприятелями, государству и государю непрестанно зломыслящими». Для борьбы с раскольниками регламент также предписывал наказывать их смертью и разорением их жилищ. Он мобилизовал для этого не только служителей культа, но и все население, обязывая всех доносить на раскольников церкви. За доносы «доводчикам» было обещано вознаграждение. Регламент считал, что лучшее средство распознать раскольников — это церковное причастие. За нехождение к исповеди и причастию назначались штрафы. Для раскольников ввели особое платье, которое должно было посрамить их в глазах народа. Особые штрафы назначены были за ношение бороды: раскольники считали бороду существенным признаком «истинного» православия.
Феофан создал также особый институт духовных инквизиторов, которые должны были «с прилежнотщательным радением» следить за деятельностью епархиальных архиереев по борьбе с расколом. Первым протоинквизитором был назначен игумен московского Данилова монастыря Пафнутий. С 1721 г. дела об антицерковных выступлениях велись непосредственно и во вновь организованном Синоде — высшем органе по управлению делами православной церкви. Если требовался допрос «с пристрастием», то обвиняемых посылали в Сыскной приказ. На основании утверждённых в 1722 г. «Докладных пунктов Синода» Сыскной приказ обязан был оказывать Синоду помощь в его борьбе с церковными противниками. Так, Синод отправил в 1743 г. в Сыскной приказ крестьянина села Покровского Полуекта Никитина, обвинив его в том, что он-де «злейший враг церкви и благочестия противник». Несмотря на преклонный возраст Никитина (ему было 70 лет), его подвергли пыткам — подняли на дыбу и били кнутом. Никитин умер под пытками, не раскаявшись в том, в чем обвиняли его духовные власти. Таким же пыткам подвергли крестьянина Павла Сахарова, который во время насильственного причастия выплюнул «святые дары». Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, дважды пытали, а затем за «богохульство и противность» приговорили к сожжению.
Раскольников, бежавших в Сибирь, ловили и отправляли на вечную каторгу в Рогервик (порт на берегу Балтийского моря), раскольничьи поселения, монастыри и скиты громили, «дабы и след того места не знаем был». Мощи, чтимые раскольниками, и могильные памятники раскольнических учителей истреблялись.
В 1722 г. Синод направил в Выговскую пустынь монаха Неофита для расправы с раскольниками. Другой представитель Синода, монах Иосиф Решилов разгромил стародубских раскольников на Украине. Даже представители светской власти называли монаха Решилова развратником, хищником, наглым проходимцем и грабителем Стародубского края. Представители Синода обладали большими полномочиями и наводили ужас на население. За укрывательство и защиту раскольников синодальные инквизиторы наказывали как «за противность власти». Жестокая расправа Решилова с крестьянами была причиной крестьянских восстаний. Поэтому Сенат хотел пресечь деятельность этого инквизитора, но Синод не дал его в обиду25. Большой воинский отряд в 1735 г. перешёл польскую границу и вторично разгромил крупнейшее раскольничье поселение Ветку. Были сожжены дома ветковских крестьян, монастырские постройки, церковь. Инквизиторы захватили свыше 13 тысяч раскольников и отправили их в глубь России. Раскольнический учитель Варлаам был заключён под крепким караулом в нижегородский Печерский монастырь, чтобы он как сказано в решении, не мог «рассевать плевелы своего учения».
В синодальной канцелярии содержали раскольников в таких условиях, что многие из них не выдерживали тяжести заключения, болели и умирали. Чтобы разгрузить свою тюрьму, Синод в январе 1732 г. велел 173 заключённых синодальной канцелярии разослать по монастырям для содержания «в цепях и железах и в трудах монастырских неисходно».
Полномочия церковных властей по борьбе с расколом все расширялись. При епископах были организованы особые мирские суды по раскольническим делам, следствие по этим делам велось в Приказе церковных дел. По настоянию Синода раскольнические дела были причислены к «злодейственным», «понеже, — как сказано в указе, — раскольничья прелесть упрямства наполненная, правоверию противна и злодейственна»27.
Особо важные дела рассматривались в Канцелярии тайных розыскных дел, но и тут на допросы и пытки являлись представители Синода. Так, в декабре 1720 г. Тайная канцелярия вела следствие о раскольнике Якове Семенове. Присутствовавший при допросах архимандрит Александро - Невского монастыря Феодосий предложил Семёнова нещадно бить кнутом и, сослав в Соловецкий монастырь, держать в земляной тюрьме «до кончины жизни неисходно». Так и было сделано. В распоряжение Синода для борьбы с раскольниками предоставлялись воинские отряды. Кроме того, повсеместно рассылались синодские указы о выделении в распоряжение епархиальных властей воинских команд.
Для усиления борьбы с церковными противниками Синод издал в 1721 г. особые «Пункты для вразумления раскольников», составленные архимандритом Заиконоспасского монастыря Феофилактом Лопатинским и архимандритом Златоустовского монастыря Антонием. В этих «пунктах» вновь была сделана ссылка на постановления Кормчей книги об еретиках и на необходимость их наказания по «градским» законам. Синод ссылался также на постановления церковного собора 1666/67 г. и на Уложение 1649 г. Гражданской власти оставалось только выполнять решения Синода о наказании еретиков.
При Синоде была организована в 1723 г. особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716 по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений 111 тысяч28. Феофилакт составил особое руководство для церковников — «Обличение неправды раскольнической». В нём раскольники именовались «злокозненными и деревенскими мужиками».
В 1745 г. «Обличение» дополнил известный ростовский митрополит Арсений Мациевич. И он не жалел бранных слов по адресу раскольников, называя их «сатановерами», «хищными волками, душепогубительными бесами». Приводя примеры из Ветхого и Нового заветов, а также из церковной истории, Арсений доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «Учение Христа, — говорил он, — даёт к тому достаточно оснований»29. И сожжение раскольников как врагов церкви в этот период было далеко не редким явлением.
Раскольника старца Варлаама обвинили в том, что он произносил хулу на бога и на иконы. У него вырвали язык, а затем сожгли. Сожгли живым и Матвея Николаева за его «великий раскол». Раскольник Денис Лукьянов умер под пытками, а после смерти тело его было сожжено30. Крестьянин Павел Сахаров во время насильственного причастия выплюнул дары, которые принимаются при этом. Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, где дважды пытали, затем за богохульство приговорили к сожжению. К смертной казни сожжением приговорили в 1752 г. дворцового коменданта Якова Куприянова, обвинённого в богохульстве. Иностранец Берхгольц, оставивший интересный дневник о своём пребывании в России, подробно рассказывает, как сжигали людей за богохульство. По его словам, в 1718 г. в Петербурге сожгли заживо человека, который сказал, что почитание икон является идолопоклонством, и который во время совершения церковной службы выбил икону из рук епископа. «Осуждённого, — писал Берхгольц, — поставили на костёр, сложенный из разных горючих веществ, и железными цепями привязали к устроенному на нём столбу с поперечной на правой стороне планкой, к которой прикрепили толстой железной проволокой и потом плотно насмолённым холстом руку, служившую орудием преступления. Сперва зажгли одну эту правую руку и дали ей одной гореть до тех пор, пока огонь не стал захватывать далее, а князь кесарь вместе с прочими вельможами не приказал поджечь костёр. При таком страшном мучении преступник не испустил ни одного крика и оставался с совершенно спокойным лицом, хотя рука его горела минут семь или восемь, пока, наконец, не зажгли всего возвышения. Он неустрашимо смотрел все это время на пылавшую свою руку и только тогда отвернулся в другую сторону, когда дым уже очень стал есть ему глаза и у него начали гореть волосы»31. Рассказ очевидца — лучшее свидетельство беспощадного отношения к лицам, выступавшим против церкви и ее обрядов.