Татары, башкиры, чуваши и другие нерусские народы ненавидели православное духовенство за насильственную христианизацию, за поборы, за помощь, которую оно оказывало правительству в деле национального угнетения. Эта ненависть с особой силой проявилась во время крестьянской войны 1773-1775 гг. под предводительством Емельяна Пугачева. Крестьяне уничтожали церкви, убивали особо ненавистных им священников. Они оставляли навязанное им силой православие и возвращались к вере отцов. По официальным далеко не полным данным, во время восстания Пугачева было убито 237 церковников и членов их семей и сожжено свыше 60 церквей16. Удмурты, чуваши, башкиры, татары просили Пугачева избавить их от гнёта священников. Пугачёвский атаман Герасим Иванов по просьбе крестьян сжёг дом сунгулеевского священника на Урале; в селе Нохмачи священника повесили, а его дом сожгли. После взятия восставшими Ижевского завода в селе Сретенском удмурты повесили весь притч, а церковь разграбили. Мордовцы села Кангуш Краснослободского уезда Тамбовской губернии избили священника Алексея Васильева, говоря при этом: «Не мешай нам, поп, молиться по-нашему»17. Удмурты также отказывались выполнять церковные обряды, платить поборы за требы и расправлялись со священниками. В виде протеста против христианизации удмурты возвращались к прежней «идолопоклонной» вере. В феврале 1774 г. новокрещённые удмурты, собравшись в селе Сретенском, решили послать к Пугачеву депутацию и просить его закрыть Ижевский завод, а им разрешить быть по-прежнему в идолопоклонной вере18.
Гнев народных масс обращался также против монастырских властей и монастырей, основанных на территории Мордовии для закрепощения мордовского народа и усиления феодально-крепостнического гнёта. Особенную ненависть мордвы вызвали власти Пудожского монастыря, захватившего крестьянские земли. Этому монастырю принадлежало более двух тысяч крепостных крестьян.
Принудительное крещение нерусских народов продолжалось и в XIX в. Оно использовалось как средство колониального угнетения и русификации. Духовенство продолжало обирать народ. По словам Магницкого, бывшего в то время попечителем казанского учебного округа, православное духовенство стремилось попасть в чувашские селения с не меньшим энтузиазмом, чем европейцы в Бразилию: здесь можно было обогащаться за счёт нерусских народов.
Центром русификаторской деятельности духовенства среди народов Поволжья было «Братство святого Гурия», основанное в 1867 г. Это братство получило своё название по имени епископа Гурия, жестокого инквизитора, действовавшего среди татар в интересах русификаторской политики самодержавия. Братство святого Гурия старалось уничтожить национальное единство татар и воспитать их в духе православия и покорности самодержавию. Открывая свои школы, братство делало их опорными пунктами для борьбы против мусульманства и других религий нерусских народов, для борьбы с национальной культурой.
На Кавказе русификаторскую политику самодержавия проводило основанное Синодом в 1860 г. «Общество распространения христианства». Общество располагало целой армией миссионеров, этих, по словам В.И. Ленина, «новейших инквизиторов», «душителей религиозной свободы». Общество насаждало всюду свои школы, строило церкви, внедряло православие не только проповедью, но и силой оружия, прибегая к содействию местной администрации. Оно добивалось обрусения нерусских народов, слияния их с русскими. Национальная культура и национальный язык изгонялись. Служители культа презрительно называли национальный язык «вымирающим наречием».
Очагами колонизации и христианизации на Кавказе были также Пицундский, Новоафонский, Драндский монастыри, основанные с этой целью в 70-80-х годах XIX в.
Церковники с презрением относились и к марийцам, называя их «тёмным черемисским царством». Они говорили, что задача церкви — «просветить этот полуязыческий мир светом христианской религии, слить его… в одно целое с Россией»19. С этой целью духовенство душило ростки национальной культуры, изгоняло из школы национальный язык, подачками и силой обращало народ в православие.
В Карелии священники говорили, будто карелы находятся на пути к вырождению и неспособны к самостоятельному государственному и культурному развитию, поэтому национальную культуру должны заменить православие и русская культура.
Отражая мнение правительства и духовенства, начальник Уфимского жандармского управления в отчёте за 1902 г. писал о башкирском коренном населении Уфимской губернии: «В культурном отношении почти все инородческое население находится в высшей степени с грубыми невежественными нравами и обычаями….. башкиры на пути вырождения, с явными признаками дегенерации». Этот документ, отражавший политику царизма к народам нерусской национальности, был приведён М. И. Калининым на чрезвычайном всероссийском XVII съезде Советов.
Епископ Вениамин, занимавшийся обрусением народов Севера, говорил: «Православие должно вести борьбу не просто с чужой верой, но и с чужой национальностью… чтобы сделать их (т. е. северные народы — Е. Г.) не только по вере, но и по национальности русскими»20. С этой целью миссионеры силой отбирали детей у родителей и отвозили их в церковные школы, где пытались привить им то, что они называли русской культурой. Но дети, как отмечал миссионер Никандр, «тосковали по родным местам… хирели и умирали»21.
С «просветительной» деятельностью жандармов в рясах среди нерусских народов хорошо познакомился А. И. Герцен, когда он был в ссылке в Вятской губернии. Герцен писал о чудовищном произволе и хищничестве чиновников и попов среди этих народов: «Настоящий клад для земской полиции — это вотяки, мордва, чуваши: народ жалкий, робкий, года через 2-3 исправник или становой отправляется с попом по деревням ревизовать, кто из вотяков говел, кто нет и почему нет. Их теснят, сажают в тюрьму, секут, заставляют платить требы»22.
В результате насилия за 1881-1894 гг. в православие было обращено 129 тысяч человек нерусской национальности23. Об усилении насильственного крещения говорили и на миссионерских съездах. Первый съезд «тёмных инквизиторов», как называли миссионеров, состоялся в Казани в 1885 г. На этом съезде присутствовали архиереи всех тех губерний, где было нерусское население. Съезд имел одну цель: разработать меры по внедрению православия, подготовить к этому жандармов в рясах. Второй миссионерский съезд, собравшийся в Москве в 1891г., отразил агрессивную политику духовенства по отношению к нерусским народам. Ещё более воинственно было настроено духовенство на третьем миссионерском съезде (Казань, 1897г.). Этим съездом руководил помощник обер-прокурора Синода Саблер. Он назвал православие «краеугольным камнем самодержавия». На этом съезде «опричники духовенства» — миссионеры требовали усиления полицейских репрессий по отношению к тем, кто отказывался принять православие, кто пытался бороться за свободу совести. Духовные власти не могли больше сжигать на кострах и гноить в тюрьмах сторонников ислама и других религий, как это они делали раньше. Но на стороне этих опричников был административно-полицейский аппарат самодержавия, они использовали школу и печать, изгоняли национальный язык, пытались уничтожить национальную культуру.
Насильственная христианизация и русификация вызвали массовый протест народных масс. Этот протест выражался в различных формах: крестьяне не давали средств на содержание духовенства, не посещали церкви, не соблюдали церковных обрядов, они избивали и убивали особо ненавистных им священников и монастырские власти. Одной из форм протеста было массовое отпадение от православия, несмотря на репрессии со стороны духовенства и полиции. Отпадение от церкви приняло особенно большие размеры в 80-х годах XIX в. в Казанской и других губерниях, населённых татарами. Обер-прокурор Синода Победоносцев вынужден был признать, что крестьяне, оставлявшие православие, по своему духу и обычаю с православием не имели ничего общего. Массовое отпадение от православия и отказ от выполнения церковных обрядов вызвали усиление репрессий со стороны правительства и церкви. В конце XIX и начале XX в. были организованы процессы против тех, кто не желал оставаться в рядах официальной церкви. У удмуртов вырубались их священные рощи, отбирались дети, которые затем помещались в монастыри для воспитания в православном духе; устраивались погромы, избивались те, кто хотел верить по-своему; крестьян подговаривали составлять приговоры о выселении из деревень неугодных духовенству лиц. Такая деятельность духовенства встречала сопротивление народа. Так, в 1901 г. по требованию сарапульского епископа Владимира полицией была вырублена в деревне Ерыксы священная роща. Местные крестьяне-марийцы оказали при этом сопротивление, обратили в бегство священников и полицейских. Для «усмирения» крестьян был послан полицейский отряд, в результате столкновения было ранено 25 человек, а одного крестьянина убили24.