Не только русские князья признавали за церковными иерархами право уничтожать противников «злою казнью». Это же право признавалось и монгольскими завоевателями. Так, по ярлыку хана Менгу Темира митрополиту Кириллу было предоставлено право наказывать смертью за хулу на православную церковь и за нарушение церковных привилегий.
Во второй половине XIV в. в Новгороде возникло антифеодальное движение, имевшее религиозную оболочку, известное под именем ереси стригольников. Стригольники выступали против епископов, их поборов и стяжательства; они отрицали некоторые догматы и обряды, связанные со смертью человека, необходимость исповеди и причастия, говорили, что их молитвы неугодны богу и что напрасно жертвовать им земли «на помин души». В ереси стригольников отразилась борьба против господствующей феодальной церкви; это был протест, хотя и пассивный, социальных низов против феодального гнёта, против установившейся феодальной идеологии. В критике церковных догматов и обрядов были элементы рационализма. Во главе ереси стояли рядовые люди, а также дьячество, т.е. низший слой духовенства.
Как указывал К. Маркс, «борьба против религии есть косвенно борьба против того мира, духовной усладой которого является религия» и что «критика религии есть, следовательно, в зародыше критика той юдоли плача, священным ореолом которой является религия»2.
Господствующая церковь сурово осудила новую ересь, как направленную против церкви и феодального гнёта. Ересь называли «прямой затеей сатаны», а её участников — «злокозненными хулителями церкви», «развратителями христианской веры». Новгородские епископы настояли на том, чтобы руководителей ереси - дьякона Никиту, ремесленника Карпа и др. сбросили в 1375 г. в реку Волхов. Затем стали вылавливать и казнить остальных участников движения в Новгороде и Пскове. Физическое уничтожение еретиков одобрил и московский митрополит Фотий. В посланиях 1416-1425 гг. он благодарил псковичей за расправу над еретиками. Он советовал им применять все средства уничтожения, однако без пролития крови, во имя «спасения души» казнённых. Послушные псковичи последовали советам инквизитора. Они переловили, обыскали и казнили многих еретиков3.
В XV в. широкое развитие получило новое антифеодальное движение, также имевшее религиозную оболочку, — новгородско - московская ересь. Сторонники этого антифеодального движения требовали уничтожения церковного землевладения, отмены исповеди, не верили в воскресение мёртвых. Они отрицали внешнюю обрядность и основные догматы православной церкви, например догмат о троице, не признавали икон.
Они выступали также против церковной знати, осуждая её стяжательство. В ереси отразился социальный протест городских людей против феодального гнёта. Она, однако, не была поддержана крестьянским движением, и в этом её слабость. Для борьбы с ересью в 1490 г. был созван церковный собор, на котором присутствовали самые воинствующие представители церкви. Собор отлучил от церкви и предал проклятию участников этого движения и потребовал от царской власти их смерти. Проповедуя необходимость жестокой казни еретиков, духовные власти руководствовались в своей практике Кормчей книгой, являвшейся переводом византийского Номоканона (свод правил византийских императоров, касающихся церкви и церковных дел). В главах 31-33 «градского» закона, вошедшего в состав Кормчей, были положения, которым в течение многих столетий следовали духовные власти: «Аще жидовин, христианина раба имый, и обрежет его, да отсекут ему голову; аще жидовин или агарянин дерзнет развратити от христианской веры христианина, главней повинен казни, иже сподобився святого крещения и еретичествует и еллинствует, конечной муце повинен есть» 4.
С требованием смерти еретиков обратился к царю Ивану III и новгородский архиепископ Геннадий Гонзов, прозванный современниками «кровожадным устрашителем преступников против церкви». Геннадий был в восторге от испанских инквизиторов, особенно от его современника Торквемады, который за 15 лет своей инквизиторской деятельности сжёг на кострах и предал различным наказаниям многие тысячи человек. Настаивая на казни еретиков, Геннадий писал в 1490 г. московскому митрополиту Зосиме: «Смотри, франки по своей вере какую крепость держат! Сказывал мне при проезде через Новгород посол цесарский про шпанского короля, как он свою землю очистил, и я с тех речей и список тебе послал»5. Геннадий советовал митрополиту Зосиме поставить деятельность «шпанского короля» Фердинанда и испанских инквизиторов в пример Ивану III. Но еретики своей агитацией против церковного землевладения и церковной знати облегчали Ивану III борьбу за ликвидацию крупного церковного землевладения, которую он вёл в интересах светских феодалов и служилых людей. Поэтому он ограничился лишь наказанием еретиков. Их били кнутом, а затем отослали к новгородскому епископу для осуждения церковным собором. Осудив еретиков и предав их проклятию, Геннадий, по примеру полюбившихся ему католических инквизиторов, устроил еретикам позорный въезд в Новгород. За 40 километров от города их посадили в шутовской одежде на коней «хребтом к глазам конским», т.е. задом наперёд, на головы им надели берестяные шлемы с надписью «Се есть сатанино воинство» и в таком виде возили по городу. Городские жители обязаны были плевать на еретиков и говорить: «Это враги божьи и христианские хулители». В заключение на их головах были сожжены берестяные шлемы. Некоторых еретиков, как рассказывает летопись, по требованию Геннадия сожгли на Духовском поле, а других он послал в заточение6.
После разгрома новгородского антицерковного движения его центр перешёл в Москву. Во главе этого движения стали Федор и Иван Курицыны. Московские еретики также боролись за ослабление власти крупных церковных феодалов и были противниками церковного землевладения. Они выступали против монашества, критиковали «творения» отцов церкви, но не посягали на основы христианства. Суровым и непримиримым гонителем этого движения был игумен Волоколамского монастыря Иосиф Санин (Волоцкий). Он был представителем воинствующей церкви, сторонником сильной светской власти, создателем теории божественного происхождения царской власти. Подобно новгородскому архиепископу Геннадию, Иосиф хорошо знал практику испанской инквизиции, восхищался её деятельностью по борьбе с ересями и пытался перенести на русскую почву теорию и методы её борьбы.
Иосиф обрушил на еретиков немало богословско-полемических «Слов», написанных в злобно воинствующем духе. В них много общего с писаниями францисканских монахов, боровшихся в XIII в. с ересью альбигойцев. Настаивая на казни еретиков, Иосиф доказывал, что даже те из них, которые, убоявшись смерти, покаялись, не заслуживают помилования и прощения. В «огненных казнях» и тюрьмах Иосиф видел «ревность» к православной вере. Он проповедовал, будто руками палачей казнит еретиков сам «святой дух». Убеждая царя в необходимости физического уничтожения еретиков, Иосиф говорил, что «грешника или еретика руками убить или молитвой едино есть» и что казнить еретика - значит «руку освятить». Иосиф призывал всех «истинных христиан» «испытывать и искоренять лукавство еретическое» и грозил строгим наказанием тем, кто «не свидетельствовал», т.е. не доносил, на еретиков. Вслед за католическими инквизиторами Иосиф учил, что в борьбе с еретиками допустимы все средства — обман, хитрость, ложь, предательство. Одно лишь сомнение в законности сожжения противников церкви этот инквизитор считал «неправославным». Необходимость суровых мер против еретиков Иосиф подтверждал примерами из ветхозаветной истории. Он ссылался также на примеры из жизни представителей церкви, например Льва Катежского, который якобы одной своей епитрахильей сжёг еретика Лиодора. Иосиф обращался также к «градским» законам, вошедшим в состав Кормчей книги, которые предписывали карать смертной казнью за переход из православия в другую религию. Жестокие «градские» законы, преследовавшие свободу совести, Иосиф называл «божественным писанием», подобным так называемым пророческим и апостольским книгам. Одобрив и освятив церковным авторитетом эти инквизиторские законы, духовные власти постоянно пользовались ими в борьбе с антицерковным движением.
Московских еретиков судил церковный собор 1504 г. По настоянию собора наиболее активных еретиков — Ивана Волка, Михаила Коноплева и Ивана Максимова сожгли в клетке в Москве, а Некраса Рукавова — в Новгороде, предварительно отрезав ему язык. Духовные инквизиторы во главе с митрополитом Симоном настояли ещё на сожжении юрьевского архимандрита Кассиана. Его брат Иван Черный бежал «в немцы».