Несоблюдение жестоких законов, подавлявших свободу совести, квалифицировалось как восстание против власти. Характеризуя эти законы, В. И. Ленин в статье «К деревенской бедноте» писал в 1903 г.: «Только в России да в Турции из европейских государств остались ещё позорные законы против людей иной, не православной веры, против раскольников, сектантов, евреев. Эти законы либо прямо запрещают известную веру, либо запрещают распространять ее, либо лишают людей известной веры некоторых прав. Все эти законы — самые несправедливые, самые насильственные, самые позорные. Каждый должен иметь полную свободу не только держаться какой угодно веры, но и распространять любую веру и менять веру. Ни один чиновник не должен даже иметь права спрашивать кого ни на есть о вере; это дело совести, и никто тут не смеет вмешиваться»27.
Преследования за несоблюдение этих позорных законов носили массовый характер. Об этом говорит хотя бы количество уголовных дел по религиозным преступлениям. Например, за 1842 - 1846 гг. зарегистрировано 3192 дела, а за 1847-1852 гг. — 3971 дело. Более подробные данные, извлечённые из официальных источников, приводятся ниже28.
| 1842 - 1846 гг. | 1847 - 1852 гг. | |
| Привлечено к суду | 12973 | 26306 |
| Присуждено к наказанию плетьми, к ссылке в Сибирь, в каторжные работы, в крепость и другие места | 1020 | 938 |
| Заключено в тюрьмы на разные сроки | 1992 | 1688 |
| Отдано под надзор полиции | 847 | 1931 |
| Отдано под надзор духовенства для увещания | 8520 | 17363 |
| Обращено в православие | 1266 | 1420 |
Из этих данных видно, что преследование за веру в 1847-1852 гг. значительно активизировалось. Наказание плетьми, ссылка в каторжные работы, в отдалённые места Сибири и Закавказья, тюрьмы — вот чем расплачивались народные массы, отказывавшие верить так, как требовали царское правительство и церковь.
Во второй половине XIX в. религиозные преследования усилились. За 1874-1885 гг. таких дел зарегистрировано 3615, а за 1886-1893 гг. — 7540. Среднее число привлечённых к суду в год составляло29:
| 1885 - 1889 гг. | 1890 - 1893 гг. | |
| За богохуление, нарушение благочиния | 277 | 452 |
| За отвлечение и отступление от православия, ереси и раскол | 165 | 450 |
| За скопчество | 37 | 22 |
Каждый год в среднем судили до тысячи человек, главным образом за выступление против церкви и религии («богохуление»), за отказ от казённой церкви и переход в разные секты. Естественно, что царский суд редко оправдывал лиц, привлечённых к суду за нежелание верить и молиться так, как требовала казённая церковь. Виновных ждала каторга, ссылка в отдалённые места Сибири.
Огнём и мечом боролись правительство и церковь против сектантов. Во многих проявлениях сектантства до 1905 г. отражался народный протест против социального неравенства, против феодально-крепостнического гнёта и против официальной церкви, освящавшей этот гнёт. Сектантство в те годы было одной из форм демократического движения, направленного против самодержавия и власти помещиков-крепостников. «Известен факт роста в крестьянской среде сектантства и рационализма, — писал В. И. Ленин, — а выступление политического протеста под религиозной оболочкой есть явление, свойственное всем народам, на известной стадии их развития, а не одной России»30. Поэтому В. И. Ленин считал необходимым привлекать оппозиционные элементы сектантства к борьбе с царизмом и использовать факты преследования сектантов для политической агитации.
Уже в 60-х годах XVIII в. широко распространилось антикрепостническое и антицерковное движение, направленное против господства помещиков и казённой церкви. Религиозные вольнодумцы называли казённую церковь содомом и сходбищем нечистого духа, а иконы — идолами. Они отрицали почитание святых, а священников считали слугами сатаны и злого духа. Это антикрепостническое движение под религиозной оболочкой жестоко подавлялось при содействии духовенства. В села, где распространялось это движение, вводились войска, а следствие над захваченными представителями движения вело духовенство. Так, в 1769 г. Синод вёл следствие над 232 участниками такого антицерковного движения в Тамбовской и Воронежской губерниях. Сенатским приговором, вынесенным по представлению Синода, участники движения были приговорены к смертной казни. Ее заменили затем военной службой и ссылкой на крепостные работы. Жён участников этого движения отправили вместе с мужьями, а детей распределили по военным школам. Имущество осуждённых поступило в казну31.
Жестоким преследованиям подвергались и последователи секты духоборов. Эта ересь представляла собой чисто крестьянское движение, в ней проявлялось недовольство крестьян социальным гнётом. Духоборы иносказательно толковали догмат святой троицы (бог-отец — память, бог-сын — разум, бог-дух святой — воля), отрицали необходимость церквей, икон, церковной обрядности, попов, угодников, монашества. Они, однако, не выступали против царя и его власти, считая, что основа зла — это не царь, а его чиновники и духовенство. Духоборчество было признано особо вредной сектой, и против неё начались массовые гонения. Так, в 1799 г. в Новгородской губернии за принадлежность к этой секте было осуждено более 30 крестьян. Их сослали в Екатеринбург навсегда в рудничные наитягчайшие работы, причём их велено было содержать на работе скованными. «Пусть они, — отмечалось в приговоре, — отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствуют ее через сие как следует». В 1804 г. духовенство села Троицкая Дубрава Тамбовской губернии пыталось при содействии полиции заставить крестьян-духоборов исполнять обряды православной церкви. Крестьяне отказались, и священник Агеев учинил над ними зверскую расправу. Крестьянам рвали усы и бороды, смазывали дёгтем и секли в три кнута. Два крестьянина — Пётр Добышев и Филипп Дубасов были засечены до смерти. Тело одного из засечённых духоборов крестьяне привезли в Тамбов и как протест против зверской расправы оставили в передней губернаторского дома. Участников этой политической демонстрации наказали кнутом и сослали в Кольский острог, а их имущество отобрали в казну32. В 1807 г. за переход в духоборчество приговорили к смертной казни двух казаков войска донского — Прокудина и Артемьева. Смертный приговор им был заменён затем вечным заключением в Соловецкий монастырь33. Чтобы изолировать духоборов от остального крестьянского населения и усилить контроль за ними со стороны священников и полиции, их ссылали из центральных губерний в Крым и Закавказье. В конце XIX в. свыше трёхсот духоборов за отказ служить в царской армии и сожжение оружия было отправлено в бессрочную каторгу в Якутию. Многие крестьяне во время насильственного переселения гибли, многие, спасаясь от преследования, бежали в Канаду и другие страны.
Жестоким преследованиям подвергались и молокане. Основателем секты молокан был крестьянин села Уварово Борисоглебского уезда Тамбовской губернии Семён Уклеин. Молокане отрицательно относились к крепостничеству, но не к царской власти. Они считали, что все зло идёт от чиновников и духовенства. Они признавали свободу человеческой природы и равенство всех, независимо от состояния, выступали против церковных обрядов и духовенства. Молоканство получило широкое распространение особенно в среде государственных и помещичьих крестьян, а также среди городских элементов. В 30-х годах XIX в., по официальным данным, их насчитывалось около 200 тысяч. Карательными действиями против молокан отличался тамбовский епископ Арсений. Он заточал упорствующих сектантов в монастыри, закрывал их школы, разрушал семьи, содействовал массовому выселению в Закавказье. Молоканам не разрешалось иметь в услужении православных, равно как самим служить у православных, им не давали паспортов для поездок по торговым и иным делам. Этими мерами правительство и церковь пытались ограничить распространение сектантства. С другой стороны, в XIX в. вожаками сектантства становились буржуазные элементы, влияние секты на крестьянские массы уменьшилось, сами сектанты становились более лояльными по отношению к самодержавию.