Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный учёный, профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Аничков отвергал божественное происхождение религии и обвинял духовенство в невежестве и шарлатанстве. Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте. Другой профессор Московского университета, И. Мельман, за критику им религии и церкви по доносу московского митрополита Платона был отстранён от преподавания и отправлен в Тайную канцелярию, где его подвергли пыткам. Затем учёного выслали в Восточную Пруссию. В припадке безумия он покончил с собой.
Ненависть духовного ведомства вызвала деятельность выдающегося русского просветителя Н. И. Новикова, сумевшего за короткий срок издать много книг по всем отраслям знания. В книгах резко критиковались религиозный фанатизм и суеверия. По доносу Петра Алексеева, протоиерея московского Архангельского собора, Новикова арестовали, а изданные им книги конфисковали. За оппозиционное отношение к самодержавию, за активную просветительную деятельность и критику религии и церкви Новикова как опасного государственного преступника заключили в Шлиссельбургскую крепость, откуда он вышел только через 15 лет, после смерти ненавидевшей его Екатерины.
Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н. Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все ещё опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.
Французская буржуазная революция 1789 г. напугала самодержавие и помещиков. Опасаясь проникновения в Россию революционных идей, самодержавие усилило цензурные репрессии. Во многих городах были организованы цензурные комитеты с участием представителей духовного ведомства. Эти комитеты были настоящими инквизиционными трибуналами. Они сжигали на кострах «вредные» книги, преследовали их авторов и лиц, заподозренных в хранении этих книг. Не довольствуясь деятельностью этих инквизиционных трибуналов, Синод организовал в 1797 г. ещё особую духовную цензуру, которой были предоставлены самые широкие полномочия. Духовная цензура вторгалась во все области науки, в литературу, общественно-политическую жизнь, старалась в корне заглушить все прогрессивное. Она накладывала свою руку на все, что имело хотя бы отдалённое отношение к религии.
Талантливые книги французских философов-материалистов, разоблачавших реакционную сущность религии, встречены были духовным ведомством с особенной враждебностью. Уже с 80-х годов XVIII в. церковники боролись с распространением этих идей. Духовное ведомство издавало литературу, в которой подвергало критике идеи Вольтера и философов-материалистов, добивалось конфискации и сожжения их произведений. Гонения на эти произведения не прекращались и в XIX-XX ее. Так, в 1868 г. в труде Вольтера «Философия истории» духовные цензоры нашли «глумление над истинами и опровержение священного писания». По их настоянию этот труд Вольтера был уничтожен. В 1890 г. уничтожили «Сатирические и философские диалоги» Вольтера, а в 1893 г. — его поэтические произведения, в которых были найдены «антирелигиозные тенденции»5.
Такая же участь постигла произведения «корифея безбожия», выдающегося представителя домарксова материализма и атеизма Дени Дидро (1713-1784). Начиная с конца XVIII в., духовные власти добивались запрещения и уничтожения не только его философских, но и художественных произведений. Ненависть духовного ведомства вызывали и атеистические трактаты Гольбаха (1723-1789). Его знаменитая книга «Система природы» считалась одной из самых страшных книг и справедливо называлась «библией материализма». Ещё в 1770 г. эту «адскую книгу» предали огню католические инквизиторы и с тех пор ее неоднократно запрещали и в России. Даже в 1898 г., опасаясь «адского» действия этой книги, разрушавшей, по словам духовных цензоров, основные начала религии, духовные инквизиторы настояли на ее уничтожении. Так же расправились они и с книгой английского философа-материалиста Томаса Гоббса (1588-1679) «Левиафан», которую католические инквизиторы включили в список вредных книг ещё в XVII в. и подвергли ее публичному сожжению. Через 200 лет ее осудили православные инквизиторы. Они признали книгу Гоббса «противной священному писанию и православной церкви» и добились ее сожжения в 1874 г. За выступление против церкви и феодальной идеологии уничтожили в 1871 г. книгу «О человеке» другого выдающегося философа-материалиста XVIII в. — Гельвеция.
Во второй половине XIX в. в связи с ростом революционного движения для охраны самодержавия были приняты крайне реакционные меры. Для усиления влияния духовенства в области просвещения народа была организована широкая сеть церковно-приходских школ. Они должны были воспитывать детей в духе преданности самодержавию, православной церкви и так называемой «русской народности».
Церковно-приходская школа рассматривалась как дополнение к церкви. В ее программе главное место занимали церковные предметы — закон божий, церковнославянский язык, церковное пение, богослужение. Изо дня в день детям внушали, что власть царя дана от бога, им говорили об «избранности» русского народа, проповедовали религиозную нетерпимость и национальную вражду. На уроках русского языка, истории священники убеждали детей, что бог — творец и промыслитель мира, к которому дети должны проникнуться любовью и благодарностью. Из церковных школ «изгонялись» учебники прогрессивных педагогов — К. Д. Ушинского, И. А. Худякова, В. П. Вахтерова, так как они — по отзывам духовных цензоров — мешали развитию религиозных чувств. Их заменяли антинаучные учебники, составленные в религиозно-монархическом духе. К светским начальным школам духовные власти относились крайне враждебно, называя их «орудием растления народа». Церковники обвиняли эти школы в том, что они заражены «противорелигиозностью», «безнравственностью», пытались настроить крестьян против них и добиться их закрытия.
Церковно-приходская школа не удовлетворяла народные массы. Крестьяне сравнивали эту школу с лампочкой-коптилкой, которая пропускает тусклый свет. Как писала в 1912 г. большевистская «Правда», «крестьянская масса жадно искала знания, широкого знания, которое дало бы ответы на поставленные жизнью вопросы»6. Но этих знаний церковная школа не давала. Под влиянием большевистских идей о просвещении народа крестьяне высказывались против церковных школ. Они прекращали отпуск на них денег и требовали открытия светских школ, а также отделения церкви от школы. В ответ на эти требования правительство и духовное ведомство усилили террор в области народного просвещения.
Передовые учителя пытались разоблачить ложь религиозного толкования явлений природы, дать детям зачатки научного представления о мире. Но эти попытки встречали противодействие со стороны духовенства. Представители церкви писали доносы на прогрессивных учителей, добивались их увольнения. Они говорили: «Пусть дети лучше останутся тёмными людьми, но добрыми христианами и верными сынами царя и отечества, чем будут грамотными, но напитанными ядом революции»7. Особую ненависть вызвала пропаганда в школе идей дарвинизма. Священники внушали детям, что Дарвин — богоотступник, который восстал против Священного писания, что теория Дарвина — еретическая, так как она противоречит Библии. Священники запрещали пользоваться учебными пособиями — картинами по географии, зоологии, даже глобусом, ибо школа должна развивать не ум, а сердце и религиозность.