Император уверил старца Филарета в непременном исполнении всех названных просьб и пожелал встретиться с отцом настоятелем при его отъезде из Петербурга.
При вторичной встрече Александр I, приняв благословение от старца, сообщил о. Филарету, что долги Глинской пустыни уже уплачены и просьба о лесе также будет удовлетворена. Об увеличении числа монашествующих в Святейший Синод был дан именной высочайший указ.
С радостью благодарил отец Филарет Господа и Божию Матерь, потому что только Им, а не себе приписывал смиренный настоятель успех дела. А когда было получено разрешение и на использование 300 десятин леса, торжество обители было неописуемым. Братия обители в знак благодарности Господу и Его Помазаннику императору Александру I устроили 4 ноября 1823 г. праздник с целодневным звоном. Торжество было столь велико, что даже службы в тот день совершались пасхальные, а по окончании литургии был отслужен благодарственный молебен с многолетием государю и всему царствующему дому. Такое «торжество бысть многим во удивление» – так писал игумен Филарет в своих записках в 1823 г.
В воспоминание этого радостного события настоятель Филарет, по согласованию с братией, установил ежегодный праздник в неделю Православия, а в субботу перед оной акафист Богородице «красного пения», что и вошло впоследствии в традицию этой обители.
Благодеяние Царского дома по отношению к Глинской пустыни проявилось и со стороны императрицы Елизаветы Алексеевны, которая по пути в Таганрог 25 сентября 1825 г. проезжала мимо принадлежавшей Глинскому монастырю старой часовни, устроенной у д. Заруцкой, недалеко от г. Глухова.
Благочестивая государыня была глубоко тронута торжественной встречей, которую оказали ей братия обители. Она с благоговением приняла окропление святой водой, благословение отца Филарета: просфору, копию явленной Чудотворной иконы Пустынно-Глинской и несколько книг духовного содержания, соответствовавших скорбному состоянию ее души. В знак благодарности она выслала настоятелю Глинской пустыни 500 руб. на украшение названной часовни. На эти средства часовня была вновь построена и украшена живописными иконами...
В течение 1821 – 1825 годов о. Филарет совершил четыре поездки в Петербург, во время которых он прославился как поборник Православия, выступая против еретических лжеучений, защищая святоотеческое учение о высших степенях богообщения и умно-сердечной молитве Иисусовой.
В первой четверти XIX века в Россию из Западной Европы проник еретический мистицизм, который распространился в придворных кругах и среди дворянства. Игумен Филарет своей духовной жизнью, прекрасным знанием Священного Писания и святоотеческих творений опроверг лжеучение еретических мистиков. Опираясь на учение святых отцов, о. Филарет сумел на конкретных примерах из святоотеческих творений убедить противников.
В своих духовных беседах о. Филарет «сеял Слово Божие и на песке, и на камне, и на доброй земле». О тех же слушателях, которым Слово Божие приносило мало пользы или совсем не приносило плода, игумен Филарет пишет: «Как теперь все люди умные, ученые, да нетолченые, то и перетолкуют, – как понимают, и другим будет в соблазн. Теперь полезнее много знать, кого Бог одарил познанием разума духовнаго, а мало говорить, тем более писать. Если антихристы века сего над Богодухновенными писаниями святых отцев смеются, то тем более посмеются над живущими еще в сем мире с миром о Господе» (Жизнеописание игумена Филарета. 1905. С. 88). Эти слова, сказанные богомудрым старцем Филаретом более 160 лет тому назад, актуально звучат и сегодня.
В ходе дискуссии об истинной и ложной умной молитве у о. Филарета потребовали доказательств правильности взглядов на вопрос об умной молитве. Тогда «старец, обладая необыкновенною памятью, указывал не только названия книг святых отцов, так или иначе об этом говорящих, но даже главы или страницы книг». Значение этой дискуссии было очень велико, так как от нее зависело, наступит ли конец заблуждениям интеллигенции или нет.
Господь благословил о. Филарету одержать победу и в столь важной дискуссии. Во время ее еретики, чтобы проверить о. Филарета, приносили названные им книги и убеждались в истинности слов Глинского настоятеля. Они удивлялись его памяти, глубокому духовному разуму, точному знанию и должны были признать себя побежденными. Лабзин (издатель еретического журнала «Сионский вестник») также участвовал в этих прениях. В предании Глинских иноков сказано, что он был побежден о. Филаретом. Сам о. Филарет в записках 1833 года написал: «Лабзин, побежденный, погиб, и ладия его поглощена, а адовы врата Церкви Божией не одолеют».