Итогом этой дискуссии явился тот факт, что в 1822 году вышло «правительственное запрещение открывать тайные общества и масонские ложи». Лабзин А. Ф. в том же 1822 году был выслан из Петербурга в Симбирскую губернию, а князь А. Н. Голицын (протестантствующий министр духовных дел) уволен от управления министерством. Так сбылись на о. Филарете библейские слова Премудрого: «Подвизайся за истину до смерти, и Господь Бог поборет за тебя (Сир.4:32).
Весной 1823 года о. Филарет опять ездил в С.-Петербург. В 1825 году он вновь был вызван в столицу. В то время в одном кружке С.-Петербургского высшего белого духовенства, к которому примыкала и часть высшего светского общества, возникла крупная полемика против монашества. Император Николай I, вступивший на престол в 1825 году и всегда благосклонно относившийся к святым обителям и монашеству, повелел решить этот спорный вопрос немедленно. Для участия в дискуссии был приглашен и о. Филарет, который к этому времени был уже широко известен как петербургскому духовенству, так и интеллигенции.
Участвуя в названных дискуссиях, проходивших в присутствии императора, о. Филарет выступил как ревностный защитник монашества. Не имея никакого светского образования, он обнаружил такие обширные духовные познания, такой Богом дарованный ум, которые позволили ему успешно отстоять православное святоотеческое учение, победить неверие, ложные религиозные воззрения и пользоваться огромным вниманием, уважением со стороны духовенства, интеллигенции и даже царственных особ.
Об успехе о. Филарета в дискуссиях, состоявшихся в Петербурге, стало известно в разных концах России; поэтому его стали приглашать для разрешения сложных вопросов духовной жизни. Так, о. Филарета дважды приглашали в Киев, куда он ездил для участия в духовных беседах по вопросу о монашестве.
Широкая известность о. Филарета, высокодуховная жизнь Глинских иноков, возраставших под его руководством, привлекали к обители все новых благотворителей. Старец Филарет писал императору Николаю I, что «по мере духовного возрастания сего вертограда Иисусова (братии Глинской пустыни) увеличивалось и число усердствующих богомольцев».
Но, как он сам отмечал, особенно благоустройству обители способствовал дар императора Александра I – полученные пустынью 300 десятин леса.
Второй этап строительных работ начался в 1823 году. Сначала о. Филарет построил три корпуса: для настоятеля и письмоводителя с канцелярией; для ризничего, портного, пономарей и звонарей; большой корпус для священнослужителей; затем – братскую больницу и каменную столярную мастерскую с келлиями. Но все возраставшее братство пустыни и сложное монастырское хозяйство требовали сооружения новых зданий. За годы настоятельства о. Филарета, кроме упомянутых, им было построено также 19 деревянных жилых домов, экономия, конюшня, скотный двор, квасоварня, две крупорушки, сукновальня, ледники, навесы и амбары. Отец настоятель насадил при обители два обширных фруктовых сада, построил гостиный двор – с двумя домами, кухней, двумя избами, летними номерами для приезжающих, амбарами и сараями.
В 1823–1829годах заново была построена каменная ограда монастыря. По указанию о. Филарета иноки проводили осушение прилегающих болот, вырыли пруд с проточной водой.
Большую заботу проявил настоятель Филарет о создании скита на месте явления Глинской Чудотворной иконы Божией Матери, в четверти версты от обители. При о. Филарете на этом месте вместо старой была построена новая деревянная часовня с келлией. Сюда в 1828 году переселяется, по благословению отца Филарета, на безмолвие братский духовник иеросхимонах Пантелеимон, который всегда тяготел к духовным подвигам в безмолвии. Но на следующий же год к нему перешли из монастыря еще несколько человек, жаждущих подобного подвига. В скиту поставили еще три дома и обнесли его забором. Так был основан первый скит Глинской обители, называемый Ближним.
Но особенно большое внимание о. Филарет уделял строительству и украшению храмов обители. В 1826 году, всецело возложив надежду на помощь Матери Божией, о. Филарет приступил к строительству Иверской каменной церкви над святыми вратами «в благодарную память о чудесах Божией Матери с 1817 года», то есть со времени вступления его в должность настоятеля. В 1831 году церковь во имя Иверской иконы Божией Матери была окончена и в октябре освящена настоятелем пустыни. Над царскими вратами в этом храме о. Филарет поместил в резном позолоченном киоте копию Чудотворной Иверской иконы Божией Матери, данную ему в благословение от Софрониевой пустыни в 1817 году.