При о. Филарете в Глинскую пустынь был принесен Чудотворный образ Нерукотворенного Спаса, в чем проявилось великое благоволение Божие к подвижническим трудам настоятеля и Глинских старцев. В монастырской описи сказано, что этот образ списан с «оригинальной иконы, писанной Евангелистом Лукою».
От образа Нерукотворенного Спаса в Глинской пустыни неоднократно происходили благодатные знамения и исцеления. Об этой иконе о. Филарет писал: «История знамений и чудес, во все времена совершавшихся в Церкви Христовой, показывает, что рабы и угодники Божии, пред лицем Божиим писавшие иконы святых, переводя на убрус или на доску Священные черты, в чистых душах их рождавшиеся, молитвою, пламенною ревностию к прославлению имени Божия и любовию к душам человеческим, призывали на дело рук своих благословение Божие, и помазав писанные ими иконы помазанием от Святого, которое имели в духе своем и слезами благоприятными в веществе, отверзали хляби небесные, чудодейственную благодать Божию источавшие им вскоре, а для будущности далекой, в своих произведениях они (благочестивые иконописцы) оставляли сокровенные ключи силы Божией, которую потомки долженствовали открыть верою и молитвою, соответствующею молитвам предшественников, уже ликующих в Небесном Царствии».
Духовные и внешние преобразования, осуществленные в период настоятельства игумена Филарета, положили начало систематической и плодотворной благотворительной деятельности Глинской пустыни, которая развивалась во все последующие периоды, вплоть до закрытия обители. Благотворительная деятельность была столь непреложным законом для монастыря, что о ней было записано в уставе Глинской пустыни. В соответствии с этим уставом все приезжавшие в обитель на богомолье получали бесплатно питание, временное жилье, а также пользовались бесплатным медицинским обслуживанием.
В обители всегда сохранялся порядок гостеприимства, определенный о. Филаретом в 23-й главе монастырского устава «О гостеприимстве», по которому назначенный гостинник обязан был устроить прибывших богомольцев, определить им порядок питания, пребывания в обители. В этой же главе было сказано: «Аще кто из богомольцев с братиею и трапезы вкусить восхощет, да веден будет по обычаю в трапезу; женск же пол да не входит, им же в гостинице трапеза да поставляется». Запрещалось гостиннику брать деньги с приезжих за пребывание в обители и трапезу.
Преобразовательная деятельность возобновителя Глинской пустыни была многогранной и всеохватывающей.
Основное внимание Глинский возобновитель обращал на духовное воспитание иноков и их монашеский образ жизни. Все виды внешнего благоустройства лишь способствовали этой цели. В описании Глинской пустыни 1837 года о. Филарет писал: «Хотя и видны некоторые успехи наружного благоустройства, но внутреннее духовное здание, зиждемое благодатию Господа нашего Иисуса Христа и помощью Владычицы Пресвятой Богородицы, паче и паче занимает умы и сердца братства Глинской пустыни, а все это вкупе принадлежит не нам, но имени Твоему, Господи».
Уделяя особое внимание вопросам духовно-нравственной жизни братий, о. Филарет наставлял их в молитве Иисусовой, различных добродетелях, например, строгом воздержании, уединении и молчании, избежании вражды, скорейшем примирении, усердном послушании и в целом исполнении заповедей Божиих.
Предъявляя строгие требования к самому себе, о. Филарет не пропускал и малейшей ошибки братии обители. К провинившимся, в зависимости от тяжести их вины, настоятель применял и убеждения, и легкие замечания, а когда требовали обстоятельства, то и самую высшую степень епитимий без всякого лицеприятия. Причем, справедливые вразумления богобоязненного старца Филарета всегда были растворены силой благодатных слов. Его духовная мудрость и прозорливость, сочетавшиеся с исключительной кротостью, любовью к ближнему, благотворно влияли на братию.
В деле начальствования о. Филарет, несомненно, обладал даром Божиим, искусно объединяя миром и любовью иногда совершенно несовместимых, на первый взгляд, людей различных званий, сословий, характеров, уровней образования, воспитания.
Игумен Филарет умел так искусно налагать послушания, что люди даже благородного сословия, изнеженные воспитанием, нередко ревностнее трудились, чем те, кто давно привык к телесным трудам. Опытно познав благотворность физического труда, помня слова апостола Петра: «Страдающий плотию перестает грешить» (1Пет.4:1), о. Филарет возбуждал к труду своим личным примером и братию. Старец говорил: «Пот, проливаемый монахом на послушании, при усердном труде и внимании к своему сердцу, имеет в очах Божиих такое же спасительное значение для трудящегося, какое имеет кровь, пролитая и проливаемая мучениками». Для новоначальных он считал труд первым условием и говорил: «Труждающийся да яст от хлеба общежития».