В то же время игумен Филарет советовал братии держаться царского пути, то есть середины в подвигах, предостерегая их тем самым от самообольщения, например, неумеренным постом. Однако в обители и в гостинице для богомольцев старец Филарет всегда строго соблюдал правила общих постнических установлений.
Большое внимание уделял о. Филарет новоначальным инокам, воспитывая их своим личным примером в духе кротости, смирения, терпения. Он принимал новых братий с большой любовью, искренно, просто, свято и поддерживал их первые шаги в иноческой жизни молитвой, добрым словом и делом. Так, увидев однажды, как в первый день пребывания в обители послушника из купеческого звания сильно покусали на пасеке пчелы, о. Филарет, зайдя на пасеку, похвалил его терпение и кротко заметил: «Добре, добре, сыну, доброе начало полагаеши послушания и терпения иноческого! Смотри, помни: теперь пчелы тебя кусают, а потом бесы станут кусать; как теперь терпишь, так и тогда терпи, ибо только претерпевый до конца, той спасен будет». Отец Филарет сказал старцу-пасечнику, чтобы не обижал новичка-послушника, благословил обоих и тихо удалился. Затем он прислал послушнику проволочную маску, предохраняющую от укусов. Духовно слабых иноков он особенно укреплял добрым словом, своевременным советом, мудрым наставлением. Приведем одно из них: «Страшливый да не исходит на брань, – говорил о. Филарет, – ибо воины царя земного, ратуя против врагов, за стыд себе вменяют не только бегство с поля битвы, но даже и раны, получаемые ими не лицом к лицу. Так и воины Христовы, приемля и терпя раны от супостата лицом к лицу, чрез искушения, наносимые им, этим доказывают свое мужество».
Как пастырь овец Христовых, о. Филарет непрестанно охранял души вверенных ему людей от происков врагов внешних и внутренних. Как предводитель на брани Христовой, он вооружал каждого воина оружием Слова Божия и молитвы, научал, как он должен действовать против врага и, наконец, постоянно напоминал об уготованной подвизающимся награде и тем самым поддерживал во всех воинах мужество. Столь кропотливый труд настоятеля как с сонмом братии, так и с каждым иноком в отдельности принес впоследствии свои плоды.
Вот как оценивали современники качества иноков Глинской пустыни: «Честность и бескорыстие между ними общие и весьма обыкновенные достоинства. Одни в обитель вступили нищими, другие все свое вложили в общину, дабы Христовою нищетою обогатиться. Несмотря на то, что не учились в народных школах, некоторые посредством простого внимания чтению и пению в церкви, очищением ума и сердца молитвою и деланием заповедей Господних достигают правого разумения словес Господа Иисуса Христа и опытного ведения путей Божиих в обращении и спасении душ человеческих, утешают и назидают друг друга беседами поучительными; любят очищать совесть свою исповеданием перед отцами духовными; все дела общежития разделяют между собою».
Строгость соблюдения Глинскими иноками благочиния в церкви и келлиях, устава обители, составленного о. Филаретом, была такова, что не исполнявшие их удалялись из монастыря, о чем записано в главе 25-й устава: «Аще кто из братии вознерадит, лености ради, приходит не к началу церковного пения или подает какой-либо соблазн, а паче мирским, или уставу противитися будет, такового настоятель по первому и второму увещанию наедине, при соборе увещевает, приводя ему Святых Отец писания и устав обители по установлению Святых Отец, увещевая его любовию. И аще таковый не смирится и не послушает наказания, изгоняется из обители».
Таким образом, под руководством духовно мудрого старца Филарета воспиталось новое поколение опытных подвижников, многие из которых стяжали глубокое смирение, кротость, милосердие и даже получили от Бога духовные дары прозрения, исцеления, назидания ближних.
Их духовно-подвижническая жизнь сияла подобно маякам, направляющим корабли – человеческие души – к тихому пристанищу Царствия Небесного.
Знаменательно, что двенадцать учеников о. Филарета были назначены настоятелями в другие святые обители.